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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABTB2_chr11_34145987_34363010	34211902	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01192.hp1 others(12): Show HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01192.hp1 HG01261.hp2 HG01978.hp1 HG02080.hp2 HG02145.hp1 HG02451.hp1 HG02723.hp2 HG02886.hp2 HG03486.hp1 NA18906.hp2 NA18971.hp2 NA19030.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0003 others(1): Show a0001 a0002 a0003 a0004	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007 others(6): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0012 a0002c0002 a0002c0013 a0002c0015 a0003c0008 a0004c0006	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0005t0004 others(7): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0005t0004 a0001c0007t0001 a0001c0012t0001 a0002c0002t0002 a0002c0013t0002 a0002c0015t0024 a0003c0008t0014 a0004c0006t0012	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 others(12): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0003g0185 a0001c0005t0004g0149 a0001c0007t0001g0154 a0001c0012t0001g0044 a0002c0002t0002g0193 a0002c0002t0002g0207 a0002c0002t0002g0230 a0002c0013t0002g0225 a0002c0015t0024g0239 a0003c0008t0014g0022 a0004c0006t0012g0237	15	246	0.0610	1	c.884 others(9): Show c.884-7213dupT	ABTB2	ENSG00000166016.6	transcript	ENST00000435224.3	protein_coding	1/16	chr11	TogoVar
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ABTB2_chr11_34145987_34363010	34226204	T T	TA TA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp2 others(62): Show HG00609.hp2 HG00642.hp1 HG00733.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01978.hp1 HG02055.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp1 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02280.hp2 HG02572.hp2 HG02602.hp1 HG02683.hp2 HG02886.hp1 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp2 HG03516.hp1 HG03579.hp2 HG03654.hp2 HG03688.hp2 NA18522.hp2 NA18747.hp1 NA18944.hp1 NA18952.hp2 NA18968.hp1 NA18970.hp1 NA18971.hp1 NA18972.hp1 NA18980.hp2 NA18982.hp2 NA18992.hp2 NA18994.hp1 NA18997.hp1 NA19000.hp1 NA19001.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp1 NA19002.hp2 NA19003.hp1 NA19003.hp2 NA19011.hp2 NA19055.hp1 NA19056.hp1 NA19056.hp2 NA19060.hp1 NA19067.hp1 NA19067.hp2 NA19083.hp1 NA19085.hp1 NA19090.hp1 NA19090.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0005 a0001 a0002 a0005	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0010 others(2): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0010 a0002c0002 a0005c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0023 a0001c0004t0001 a0001c0010t0018 a0002c0002t0002 a0002c0002t0013 a0005c0011t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 others(62): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0045 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0111 a0001c0001t0001g0122 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0146 a0001c0001t0001g0147 a0001c0001t0003g0163 a0001c0001t0003g0164 a0001c0001t0003g0166 a0001c0001t0003g0167 a0001c0001t0003g0168 a0001c0001t0003g0174 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0005g0128 a0001c0001t0023g0188 a0001c0004t0001g0101 a0001c0004t0001g0117 a0001c0004t0001g0135 a0001c0010t0018g0062 a0002c0002t0002g0191 a0002c0002t0002g0196 a0002c0002t0002g0198 a0002c0002t0002g0199 a0002c0002t0002g0204 a0002c0002t0002g0208 a0002c0002t0002g0211 a0002c0002t0002g0213 a0002c0002t0002g0214 a0002c0002t0002g0215 a0002c0002t0002g0217 a0002c0002t0002g0224 a0002c0002t0002g0236 a0002c0002t0002g0238 a0002c0002t0013g0245 a0002c0002t0013g0246 a0005c0011t0001g0064	65	246	0.2642	1	c.884 others(10): Show c.884-21515dupT	ABTB2	ENSG00000166016.6	transcript	ENST00000435224.3	protein_coding	1/16	chr11	TogoVar
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