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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACACA_chr17_37079992_37411836	37217748	A A	AC AC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02486.hp2 HG02630.hp1 HG02895.hp2 others(5): Show HG02486.hp2 HG02630.hp1 HG02895.hp2 HG03098.hp1 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03669.hp1 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009	a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0002g0020 a0001c0001t0002g0022 others(5): Show a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0002g0020 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0007g0093 a0001c0001t0007g0140 a0001c0001t0007g0275 a0001c0001t0009g0024 a0001c0001t0009g0031	8	299	0.0268	1	c.368 others(20): Show c.3683+3975_3683+3976insG	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding	29/55	chr17	TogoVar
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ACACA_chr17_37079992_37411836	37218147	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(136): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01106.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01515.hp1 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp2 HG01891.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp1 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp2 HG02080.hp1 HG02080.hp2 HG02083.hp1 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02145.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02280.hp2 HG02293.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp2 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