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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACACA_chr17_37079992_37411836	37343763	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00558.hp2 HG01433.hp1 others(20): Show HG00408.hp1 HG00558.hp2 HG01433.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02895.hp2 HG03209.hp2 HG03471.hp1 HG03831.hp2 HG04115.hp2 NA18906.hp1 NA18946.hp1 NA18972.hp2 NA19030.hp2 NA19065.hp1 NA19066.hp1 NA19074.hp1 NA19076.hp1 NA19078.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0005c0016	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 others(7): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0032 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0003t0001 a0001c0004t0005 a0005c0016t0001	a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0116 others(20): Show a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0116 a0001c0001t0007g0093 a0001c0001t0007g0140 a0001c0001t0009g0024 a0001c0001t0009g0031 a0001c0001t0032g0296 a0001c0002t0001g0084 a0001c0002t0001g0239 a0001c0002t0001g0244 a0001c0002t0001g0257 a0001c0002t0001g0267 a0001c0002t0001g0272 a0001c0002t0001g0273 a0001c0002t0001g0274 a0001c0002t0001g0278 a0001c0002t0001g0287 a0001c0002t0002g0026 a0001c0003t0001g0056 a0001c0003t0001g0064 a0001c0004t0005g0268 a0005c0016t0001g0246	23	299	0.0769	1	c.39- others(8): Show c.39-3914dupT	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding	1/55	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37344077	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18973.hp2 NA18994.hp2 NA19000.hp1 others(3): Show NA18973.hp2 NA18994.hp2 NA19000.hp1 NA19003.hp1 NA19011.hp1 NA19076.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0016 a0001c0001t0027 a0001c0001t0001 a0001c0001t0016 a0001c0001t0027	a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 others(3): Show a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0016g0204 a0001c0001t0016g0235 a0001c0001t0027g0291	6	299	0.0201	1	c.39- others(8): Show c.39-4228dupT	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding	1/55	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37345242	C C	CG CG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03225.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 others(8): Show HG03225.hp2 HG03491.hp2 HG03492.hp2 NA18966.hp1 NA18970.hp1 NA18980.hp2 NA18991.hp1 NA18999.hp1 NA19068.hp1 NA19078.hp1 NA19085.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0007	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0007t0003 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0007t0003	a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0121 others(8): Show a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0121 a0001c0001t0003g0122 a0001c0001t0003g0123 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0146 a0001c0001t0003g0181 a0001c0001t0003g0182 a0001c0001t0003g0183 a0001c0007t0003g0067	11	299	0.0368	1	c.39- others(8): Show c.39-5393dupC	ACACA	ENSG00000278540.5	transcript	ENST00000616317.5	protein_coding	1/55	chr17	TogoVar
ACACA_chr17_37079992_37411836	37346316	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp2 others(122): Show HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00733.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp1 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01952.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02015.hp2 HG02071.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02293.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp1 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02723.hp1 HG02735.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp2 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02965.hp1 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03017.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03195.hp2 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