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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACAP2_chr3_195269745_195448020	195412164	C C	CA CA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00558.hp2 others(57): Show HG00323.hp2 HG00438.hp1 HG00558.hp2 HG01257.hp2 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01934.hp2 HG01943.hp2 HG01975.hp2 HG01978.hp1 HG01981.hp1 HG02015.hp2 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02074.hp2 HG02132.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02273.hp1 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02523.hp2 HG02615.hp2 HG02630.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp2 HG02738.hp1 HG02818.hp2 HG03225.hp2 HG03239.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp1 HG03654.hp1 HG04184.hp1 NA18747.hp2 NA18942.hp2 NA18944.hp2 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18951.hp2 NA18974.hp2 NA18982.hp1 NA18989.hp2 NA18998.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19003.hp2 NA19006.hp2 NA19062.hp2 NA19068.hp1 NA19078.hp2 NA19080.hp2 NA19091.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0019 a0001c0001t0022 a0001c0001t0024 a0001c0002t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0015 a0001c0002t0035	a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0230 others(57): Show a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0002g0154 a0001c0001t0002g0155 a0001c0001t0002g0165 a0001c0001t0002g0179 a0001c0001t0005g0072 a0001c0001t0005g0077 a0001c0001t0005g0078 a0001c0001t0005g0079 a0001c0001t0005g0081 a0001c0001t0005g0082 a0001c0001t0005g0083 a0001c0001t0005g0085 a0001c0001t0006g0093 a0001c0001t0006g0100 a0001c0001t0019g0084 a0001c0001t0019g0086 a0001c0001t0022g0001 a0001c0001t0024g0003 a0001c0002t0001g0043 a0001c0002t0004g0004 a0001c0002t0004g0024 a0001c0002t0004g0025 a0001c0002t0004g0027 a0001c0002t0004g0028 a0001c0002t0004g0030 a0001c0002t0004g0031 a0001c0002t0004g0032 a0001c0002t0004g0033 a0001c0002t0004g0034 a0001c0002t0004g0035 a0001c0002t0004g0036 a0001c0002t0004g0040 a0001c0002t0004g0041 a0001c0002t0004g0042 a0001c0002t0004g0044 a0001c0002t0004g0045 a0001c0002t0004g0046 a0001c0002t0004g0047 a0001c0002t0004g0049 a0001c0002t0004g0050 a0001c0002t0004g0051 a0001c0002t0004g0052 a0001c0002t0004g0053 a0001c0002t0004g0054 a0001c0002t0004g0055 a0001c0002t0004g0057 a0001c0002t0004g0205 a0001c0002t0004g0319 a0001c0002t0015g0038 a0001c0002t0015g0039 a0001c0002t0035g0058	60	324	0.1852	1	c.54- others(9): Show c.54-20018dupT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22			chr3	TogoVar
ACAP2_chr3_195269745_195448020	195414005	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG01361.hp2 HG03098.hp1 others(3): Show HG00621.hp2 HG01361.hp2 HG03098.hp1 NA18943.hp2 NA18959.hp1 NA18978.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 others(2): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0014	a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0005g0074 others(3): Show a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0196 a0001c0001t0005g0074 a0001c0001t0009g0137 a0001c0001t0010g0297 a0001c0001t0014g0012	6	324	0.0185	1	c.54- others(9): Show c.54-21859dupT	ACAP2	ENSG00000114331.16	transcript	ENST00000326793.11	protein_coding	1/22			chr3	TogoVar
ACAP2_chr3_195269745_195448020	195415282	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp2 others(160): Show HG00280.hp2 HG00323.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00642.hp1 HG00673.hp2 HG00735.hp2 HG00738.hp1 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01123.hp2 HG01168.hp1 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01257.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01928.hp1 HG01943.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02055.hp2 HG02056.hp2 HG02074.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02523.hp1 HG02572.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02717.hp2 HG02723.hp2 HG02738.hp1 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG02896.hp1 HG02922.hp2 HG02965.hp1 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