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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACBD5_chr10_27190214_27245797	27230312	G G	GA GA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01109.hp2 others(17): Show HG00621.hp2 HG00735.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01255.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp1 HG01978.hp2 HG01993.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp1 NA18947.hp1 NA18948.hp2 NA18949.hp2 NA18957.hp1 NA18967.hp1 NA19009.hp1 NA19012.hp2 NA20300.hp2	a0002 a0004 a0002 a0004	a0002c0004 a0004c0007 a0002c0004 a0004c0007	a0002c0004t0001 a0004c0007t0001 a0002c0004t0001 a0004c0007t0001	a0002c0004t0001g0008 a0002c0004t0001g0173 a0002c0004t0001g0174 others(16): Show a0002c0004t0001g0008 a0002c0004t0001g0173 a0002c0004t0001g0174 a0002c0004t0001g0175 a0002c0004t0001g0176 a0002c0004t0001g0177 a0002c0004t0001g0178 a0002c0004t0001g0179 a0002c0004t0001g0180 a0002c0004t0001g0181 a0002c0004t0001g0182 a0002c0004t0001g0183 a0002c0004t0001g0184 a0002c0004t0001g0185 a0002c0004t0001g0197 a0002c0004t0001g0207 a0002c0004t0001g0208 a0002c0004t0001g0209 a0004c0007t0001g0302	20	384	0.0521	1	c.375 others(9): Show c.375+1435dupT	ACBD5	ENSG00000107897.20	transcript	ENST00000396271.8	protein_coding	4/12		chr10	TogoVar
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