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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACMSD_chr2_134833616_134907034	134885298	T T	TA TA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp2 others(44): Show HG00408.hp1 HG00544.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG01952.hp2 HG01978.hp1 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02300.hp1 HG02602.hp2 HG02698.hp1 HG02735.hp2 HG03195.hp1 HG03491.hp1 HG03654.hp1 HG03688.hp1 HG03704.hp2 NA18939.hp1 NA18942.hp1 NA18943.hp1 NA18944.hp2 NA18947.hp2 NA18949.hp1 NA18952.hp2 NA18959.hp2 NA18961.hp2 NA18970.hp1 NA18971.hp2 NA18984.hp2 NA18988.hp2 NA18992.hp1 NA18998.hp2 NA18999.hp2 NA19002.hp1 NA19003.hp2 NA19005.hp2 NA19011.hp1 NA19055.hp1 NA19058.hp2 NA19060.hp1 NA19072.hp2 NA19079.hp2 NA19086.hp2 NA19089.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0004 a0005 a0001 a0004 a0005	a0001c0001 a0001c0009 a0004c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0009 a0004c0005 a0005c0007	a0001c0001t0001 a0001c0009t0001 a0004c0005t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0009t0001 a0004c0005t0001 a0005c0007t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0035 others(43): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0139 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0141 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0159 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0164 a0001c0001t0001g0165 a0001c0001t0001g0166 a0001c0001t0001g0167 a0001c0001t0001g0168 a0001c0001t0001g0170 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0175 a0001c0001t0001g0176 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0188 a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0290 a0001c0009t0001g0169 a0004c0005t0001g0143 a0004c0005t0001g0173 a0005c0007t0001g0157	47	382	0.1230	1	c.849 others(10): Show c.849+12658dupA	ACMSD	ENSG00000153086.14	transcript	ENST00000356140.10	protein_coding	8/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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ACMSD_chr2_134833616_134907034	134886243	A A	AT AT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02895.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 others(1): Show HG02895.hp1 HG03098.hp1 HG03098.hp2 NA19066.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0301 others(1): Show a0001c0001t0001g0126 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0001g0362	4	382	0.0105	1	c.850 others(10): Show c.850-12096dupT	ACMSD	ENSG00000153086.14	transcript	ENST00000356140.10	protein_coding	8/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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