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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ACOT11_chr1_54543228_54615329	54576490	C C	CT CT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp2 HG02145.hp2 HG02486.hp2 others(7): Show HG00609.hp2 HG02145.hp2 HG02486.hp2 HG02572.hp1 HG02723.hp2 HG02922.hp2 HG03516.hp1 HG03516.hp2 NA18961.hp1 NA18962.hp1	a0001 a0002 a0012 a0001 a0002 a0012	a0001c0001 a0002c0002 a0002c0012 others(1): Show a0001c0001 a0002c0002 a0002c0012 a0012c0021	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0002c0002t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0002c0002t0003 a0002c0002t0006 a0002c0012t0006 a0012c0021t0002	a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0311 others(7): Show a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0002g0186 a0001c0001t0002g0311 a0002c0002t0003g0072 a0002c0002t0003g0156 a0002c0002t0006g0194 a0002c0012t0006g0074 a0002c0012t0006g0195 a0002c0012t0006g0197 a0012c0021t0002g0313	10	388	0.0258	1	c.34- others(8): Show c.34-8164dupT	ACOT11	ENSG00000162390.18	transcript	ENST00000343744.7	protein_coding	1/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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