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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CDK17_chr12_96273261_96405439	96393354	C C	CAAAAA CAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 others(9): Show HG00741.hp2 HG01346.hp1 HG01361.hp2 HG02004.hp2 HG02145.hp2 HG02258.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp1 HG02895.hp1 HG03516.hp2 HG03710.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0001 a0001c0001t0007	a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 others(9): Show a0001c0001t0001g0201 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0203 a0001c0001t0001g0204 a0001c0001t0001g0205 a0001c0001t0001g0206 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0209 a0001c0001t0001g0210 a0001c0001t0001g0211 a0001c0001t0007g0242	12	346	0.0347	5	c.-30 others(22): Show c.-30+6627_-30+6631dupTTTTT	CDK17	ENSG00000059758.8	transcript	ENST00000261211.8	protein_coding	1/16			chr12	TogoVar
CDK17_chr12_96273261_96405439	96405298	T T	TTTTTG TTTTTG	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 others(124): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00280.hp2 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00544.hp1 HG00639.hp1 HG00735.hp1 HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp2 HG01167.hp1 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01361.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp2 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp1 HG01978.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp1 HG02040.hp1 HG02055.hp1 HG02074.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp1 HG02109.hp1 HG02132.hp1 HG02145.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02293.hp2 HG02300.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp1 HG02683.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG02965.hp1 HG02976.hp2 HG03130.hp2 HG03195.hp1 HG03239.hp2 HG03453.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03654.hp1 HG03654.hp2 HG03669.hp2 HG03688.hp1 HG03710.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp2 HG03942.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 HG04204.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18906.hp2 NA18939.hp1 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18952.hp1 NA18960.hp2 NA18962.hp1 NA18964.hp1 NA18967.hp1 NA18977.hp1 NA18982.hp1 NA18990.hp2 NA18991.hp1 NA18992.hp1 NA18994.hp1 NA19002.hp1 NA19005.hp1 NA19009.hp1 NA19010.hp2 NA19011.hp1 NA19012.hp2 NA19043.hp2 NA19056.hp2 NA19057.hp2 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19077.hp2 NA19084.hp2 NA19085.hp2 NA19086.hp1 NA20129.hp2 NA20805.hp2 NA20905.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(10): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0011 a0001c0001t0017 a0001c0001t0020 a0001c0002t0002 a0002c0003t0004	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0033 others(124): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0002g0305 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0007 a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0009 a0001c0001t0003g0011 a0001c0001t0003g0012 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0014 a0001c0001t0003g0015 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0018 a0001c0001t0003g0019 a0001c0001t0003g0020 a0001c0001t0003g0021 a0001c0001t0003g0022 a0001c0001t0003g0023 a0001c0001t0003g0024 a0001c0001t0003g0025 a0001c0001t0003g0026 a0001c0001t0003g0027 a0001c0001t0003g0028 a0001c0001t0003g0029 a0001c0001t0003g0032 a0001c0001t0003g0034 a0001c0001t0003g0035 a0001c0001t0003g0229 a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0004g0307 a0001c0001t0004g0308 a0001c0001t0004g0310 a0001c0001t0004g0311 a0001c0001t0004g0313 a0001c0001t0004g0314 a0001c0001t0004g0315 a0001c0001t0004g0316 a0001c0001t0004g0317 a0001c0001t0004g0318 a0001c0001t0004g0319 a0001c0001t0004g0324 a0001c0001t0004g0332 a0001c0001t0004g0333 a0001c0001t0004g0334 a0001c0001t0004g0335 a0001c0001t0004g0336 a0001c0001t0004g0337 a0001c0001t0004g0338 a0001c0001t0004g0339 a0001c0001t0004g0340 a0001c0001t0004g0341 a0001c0001t0005g0257 a0001c0001t0005g0258 a0001c0001t0005g0264 a0001c0001t0006g0312 a0001c0001t0006g0320 a0001c0001t0006g0321 a0001c0001t0006g0322 a0001c0001t0006g0323 a0001c0001t0006g0325 a0001c0001t0006g0326 a0001c0001t0006g0327 a0001c0001t0006g0328 a0001c0001t0006g0329 a0001c0001t0006g0331 a0001c0001t0007g0238 a0001c0001t0007g0239 a0001c0001t0007g0240 a0001c0001t0007g0241 a0001c0001t0007g0242 a0001c0001t0007g0243 a0001c0001t0007g0244 a0001c0001t0007g0245 a0001c0001t0009g0230 a0001c0001t0009g0231 a0001c0001t0009g0232 a0001c0001t0009g0233 a0001c0001t0009g0234 a0001c0001t0009g0235 a0001c0001t0011g0236 a0001c0001t0011g0237 a0001c0001t0017g0030 a0001c0001t0020g0291 a0001c0002t0002g0270 a0001c0002t0002g0271 a0001c0002t0002g0272 a0001c0002t0002g0273 a0001c0002t0002g0274 a0001c0002t0002g0275 a0001c0002t0002g0276 a0001c0002t0002g0278 a0001c0002t0002g0279 a0001c0002t0002g0280 a0001c0002t0002g0281 a0001c0002t0002g0282 a0001c0002t0002g0283 a0001c0002t0002g0284 a0001c0002t0002g0285 a0001c0002t0002g0286 a0001c0002t0002g0287 a0001c0002t0002g0288 a0001c0002t0002g0289 a0001c0002t0002g0290 a0001c0002t0002g0292 a0001c0002t0002g0293 a0001c0002t0002g0294 a0001c0002t0002g0295 a0001c0002t0002g0296 a0001c0002t0002g0297 a0001c0002t0002g0298 a0001c0002t0002g0299 a0001c0002t0002g0300 a0001c0002t0002g0301 a0001c0002t0002g0302 a0001c0002t0002g0303 a0001c0002t0002g0304 a0001c0002t0002g0330 a0001c0002t0002g0342 a0001c0002t0002g0343 a0001c0002t0002g0344 a0001c0002t0002g0345 a0002c0003t0004g0306 a0002c0003t0004g0309	127	346	0.3671	5	c.-53 others(16): Show c.-5343_-5342insCAAAA	CDK17	ENSG00000059758.8	transcript	ENST00000261211.8	protein_coding		4860		chr12	TogoVar
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