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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CREB5_chr7_28407518_28830894	28717086	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 others(21): Show HG00099.hp2 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01891.hp2 HG02015.hp2 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp2 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02897.hp2 HG03017.hp1 HG03654.hp2 HG03710.hp1 HG04115.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 NA18945.hp2 NA18957.hp2 NA19009.hp2 NA19056.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(10): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0013 a0001c0001t0014 a0001c0001t0022 a0001c0001t0028 a0001c0001t0034 a0001c0001t0046 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0052	a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0010 others(21): Show a0001c0001t0002g0143 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0185 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0004g0008 a0001c0001t0004g0128 a0001c0001t0006g0153 a0001c0001t0013g0085 a0001c0001t0013g0157 a0001c0001t0014g0067 a0001c0001t0022g0066 a0001c0001t0022g0106 a0001c0001t0028g0037 a0001c0001t0034g0111 a0001c0001t0046g0019 a0001c0001t0049g0076 a0001c0001t0050g0032 a0001c0001t0052g0193	24	198	0.1212	5	c.465 others(22): Show c.465-1652_465-1648dupTTTTT	CREB5	ENSG00000146592.17	transcript	ENST00000357727.7	protein_coding	5/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
CREB5_chr7_28407518_28830894	28732843	G G	GTTTTT GTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 others(23): Show HG00099.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01167.hp1 HG01168.hp2 HG01258.hp1 HG01433.hp1 HG01517.hp2 HG01934.hp2 HG02015.hp2 HG02083.hp2 HG02135.hp2 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG03017.hp1 HG03490.hp2 HG03710.hp1 HG04115.hp2 HG04228.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp2 NA18945.hp2 NA19057.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 others(6): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0013 a0001c0001t0022 a0001c0001t0049 a0001c0001t0050 a0001c0001t0052	a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0031 others(23): Show a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0010 a0001c0001t0003g0031 a0001c0001t0003g0045 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0003g0069 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0131 a0001c0001t0003g0135 a0001c0001t0003g0148 a0001c0001t0003g0177 a0001c0001t0003g0186 a0001c0001t0003g0188 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0198 a0001c0001t0004g0128 a0001c0001t0006g0052 a0001c0001t0006g0105 a0001c0001t0008g0103 a0001c0001t0013g0070 a0001c0001t0013g0085 a0001c0001t0022g0066 a0001c0001t0022g0106 a0001c0001t0049g0076 a0001c0001t0050g0032 a0001c0001t0052g0193	26	198	0.1313	5	c.702 others(22): Show c.702+8520_702+8524dupTTTTT	CREB5	ENSG00000146592.17	transcript	ENST00000357727.7	protein_coding	7/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr7	TogoVar
CREB5_chr7_28407518_28830894	28816583	T T	TTTTTA TTTTTA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00408.hp1 others(161): Show HG00099.hp1 HG00099.hp2 HG00408.hp1 HG00558.hp1 HG00558.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01106.hp2 HG01123.hp2 HG01167.hp1 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01169.hp2 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01361.hp1 HG01433.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01891.hp1 HG01891.hp2 HG01934.hp2 HG02004.hp1 HG02015.hp1 HG02015.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02129.hp2 HG02135.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02523.hp2 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