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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DNAJC11_chr1_6629170_6706816	6656100	T T	TAAAAA TAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG01106.hp1 others(12): Show HG00609.hp2 HG00621.hp2 HG01106.hp1 HG01175.hp1 HG01928.hp1 HG02055.hp1 HG02148.hp2 HG02630.hp2 HG02738.hp2 HG02818.hp2 HG03831.hp2 NA18946.hp2 NA18952.hp2 NA18990.hp1 NA19006.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0004 a0001c0001 a0003c0004	a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 others(1): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0005 a0001c0001t0008 a0003c0004t0002	a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0051 others(12): Show a0001c0001t0002g0031 a0001c0001t0002g0039 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0061 a0001c0001t0002g0085 a0001c0001t0002g0091 a0001c0001t0002g0092 a0001c0001t0002g0100 a0001c0001t0002g0109 a0001c0001t0002g0111 a0001c0001t0005g0106 a0001c0001t0008g0020 a0003c0004t0002g0074 a0003c0004t0002g0081	15	366	0.0410	5	c.379 others(22): Show c.379-2066_379-2062dupTTTTT	DNAJC11	ENSG00000007923.17	transcript	ENST00000377577.10	protein_coding	4/15			chr1	TogoVar
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