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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
EDARADD_chr1_236389286_236489930	236431927	C C	CAAAAA CAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02257.hp2 HG02486.hp2 HG02717.hp2 others(4): Show HG02257.hp2 HG02486.hp2 HG02717.hp2 HG03540.hp2 NA18522.hp1 NA18906.hp1 NA18906.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0004 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0012 a0001c0004t0005 a0002c0002t0002	a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0002g0117 others(4): Show a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0012g0116 a0001c0001t0012g0119 a0001c0004t0005g0054 a0002c0002t0002g0250	7	294	0.0238	5	c.219 others(22): Show c.219+4498_219+4502dupAAAAA	EDARADD	ENSG00000186197.15	transcript	ENST00000334232.9	protein_coding	4/5		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
EDARADD_chr1_236389286_236489930	236488827	G G	GTTTAT GTTTAT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG03017.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp2 HG03017.hp1 HG03942.hp2 HG04204.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0013 a0001c0001t0013	a0001c0001t0013g0078 a0001c0001t0013g0142 a0001c0001t0013g0204 a0001c0001t0013g0078 a0001c0001t0013g0142 a0001c0001t0013g0204	3	294	0.0102	5	c.61 others(16): Show c.6178_*6179insTTTAT	EDARADD	ENSG00000186197.15	transcript	ENST00000334232.9	protein_coding		3898		chr1	TogoVar
EDAR_chr2_108889471_108994220	108990600	C C	CAGAAA CAGAAA	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	NA18963.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 others(1): Show NA18963.hp2 NA18969.hp2 NA18974.hp1 NA19011.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0008 a0001c0001t0002 a0001c0001t0008	a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0194 others(1): Show a0001c0001t0002g0192 a0001c0001t0002g0193 a0001c0001t0002g0194 a0001c0001t0008g0195	4	226	0.0177	5	c.-16 others(16): Show c.-1660_-1659insTTTCT	EDAR	ENSG00000135960.10	transcript	ENST00000258443.7	protein_coding		1381		chr2	TogoVar
EDA_chrX_69611113_70044472	69635566	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG02015.hp1 HG01069.hp1 HG02015.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0131	2	226	0.0089	5	c.396 others(24): Show c.396+18878_396+18882dupTTTTT	EDA	ENSG00000158813.18	transcript	ENST00000374552.9	protein_coding	1/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
EDA_chrX_69611113_70044472	69670183	G G	GTTTTT GTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00423.hp1 HG00733.hp1 others(27): Show HG00099.hp1 HG00423.hp1 HG00733.hp1 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01192.hp1 HG01346.hp1 HG01358.hp1 HG01433.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02074.hp1 HG02647.hp1 HG02683.hp2 HG02723.hp2 HG02922.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp2 HG03490.hp1 HG03831.hp1 HG03927.hp1 HG03927.hp2 HG04199.hp1 NA18522.hp1 NA18906.hp2 NA19072.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0004 a0003c0003 a0001c0001 a0001c0004 a0003c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0018 a0001c0004t0001 a0003c0003t0001	a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0043 others(27): Show a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0113 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0001g0198 a0001c0001t0002g0004 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0047 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0003g0041 a0001c0001t0003g0110 a0001c0001t0003g0111 a0001c0001t0003g0112 a0001c0001t0003g0115 a0001c0001t0004g0199 a0001c0001t0005g0120 a0001c0001t0012g0108 a0001c0001t0013g0138 a0001c0001t0015g0119 a0001c0001t0018g0042 a0001c0004t0001g0005 a0003c0003t0001g0109	30	226	0.1327	5	c.396 others(24): Show c.396+53494_396+53498dupTTTTT	EDA	ENSG00000158813.18	transcript	ENST00000374552.9	protein_coding	1/7		INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
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