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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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EIF3D_chr22_36505855_36534166	36509035	C C	CAAAAA CAAAAA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 others(67): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp1 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01169.hp2 HG01175.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp1 HG01516.hp2 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02071.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02273.hp1 HG02273.hp2 HG02300.hp2 HG02451.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02698.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp2 HG03041.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp1 HG03490.hp1 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03669.hp1 HG03669.hp2 HG04115.hp2 NA18943.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18961.hp2 NA18978.hp2 NA18998.hp1 NA19009.hp2 NA19043.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0003t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0012 others(51): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0063 a0001c0001t0001g0066 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0095 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0109 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0084 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0205 a0001c0002t0001g0025 a0001c0002t0001g0184 a0001c0002t0001g0206 a0001c0002t0001g0217 a0001c0003t0001g0031 a0001c0003t0001g0065	70	400	0.1750	5	c.19 others(16): Show c.1951_*1952insTTTTT	EIF3D	ENSG00000100353.18	transcript	ENST00000216190.13	protein_coding		1819		chr22	TogoVar
EIF3D_chr22_36505855_36534166	36510406	C C	CAAAAA CAAAAA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 others(81): Show HG00099.hp1 HG00140.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00639.hp2 HG00735.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01123.hp1 HG01175.hp1 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01255.hp1 HG01255.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01346.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01928.hp2 HG01934.hp2 HG01943.hp1 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG01981.hp1 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02004.hp2 HG02071.hp1 HG02148.hp2 HG02273.hp2 HG02300.hp2 HG02486.hp2 HG02602.hp1 HG02683.hp2 HG02976.hp2 HG03239.hp2 HG03490.hp1 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03927.hp2 NA18944.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18954.hp2 NA18955.hp1 NA18963.hp2 NA18965.hp2 NA18969.hp2 NA18972.hp1 NA18975.hp2 NA18979.hp2 NA18986.hp2 NA18987.hp1 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA19002.hp1 NA19009.hp2 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19065.hp1 NA19075.hp2 NA19078.hp1 NA19079.hp1 NA19079.hp2 NA19081.hp1 NA20300.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0002t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0009 others(58): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0094 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0106 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0121 a0001c0001t0001g0133 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0140 a0001c0001t0001g0142 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0152 a0001c0001t0001g0153 a0001c0001t0001g0154 a0001c0001t0001g0155 a0001c0001t0001g0156 a0001c0001t0001g0162 a0001c0001t0001g0177 a0001c0001t0001g0185 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0208 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0002g0015 a0001c0001t0002g0084 a0001c0001t0002g0176 a0001c0001t0002g0203 a0001c0001t0002g0204 a0001c0001t0002g0205 a0001c0002t0001g0025 a0001c0002t0001g0206 a0001c0002t0001g0217	84	400	0.2100	5	c.58 others(14): Show c.580_*581insTTTTT	EIF3D	ENSG00000100353.18	transcript	ENST00000216190.13	protein_coding		448		chr22	TogoVar
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