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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ATXN7L1_chr7_105599772_105881599	105619531	T T	TATATA TATATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG02735.hp1 others(2): Show HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG02735.hp1 NA18950.hp2 NA19009.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0028 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0028	a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0085 others(2): Show a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0003g0004 a0001c0001t0028g0037	5	252	0.0198	5	c.151 others(22): Show c.1517+668_1517+669insTATAT	ATXN7L1	ENSG00000146776.15	transcript	ENST00000419735.8	protein_coding	9/11			chr7	TogoVar
ATXN7L1_chr7_105599772_105881599	105624649	C C	CAAAAA CAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01981.hp1 HG02083.hp2 HG02135.hp1 others(5): Show HG01981.hp1 HG02083.hp2 HG02135.hp1 HG03831.hp1 HG03942.hp1 NA18994.hp2 NA19010.hp1 NA19066.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0015 others(4): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0009 a0001c0001t0015 a0001c0001t0023 a0001c0001t0042 a0001c0001t0043 a0001c0001t0058	a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0009g0020 others(5): Show a0001c0001t0002g0056 a0001c0001t0002g0187 a0001c0001t0009g0020 a0001c0001t0015g0019 a0001c0001t0023g0247 a0001c0001t0042g0161 a0001c0001t0043g0105 a0001c0001t0058g0018	8	252	0.0318	5	c.120 others(22): Show c.1203-387_1203-383dupTTTTT	ATXN7L1	ENSG00000146776.15	transcript	ENST00000419735.8	protein_coding	7/11			chr7	TogoVar
ATXN7L1_chr7_105599772_105881599	105641214	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp2 others(3): Show HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp2 HG03225.hp1 HG03471.hp2 HG03540.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0002 a0001c0001 a0002c0002	a0001c0001t0013 a0002c0002t0022 a0002c0002t0030 others(2): Show a0001c0001t0013 a0002c0002t0022 a0002c0002t0030 a0002c0002t0032 a0002c0002t0033	a0001c0001t0013g0156 a0002c0002t0022g0066 a0002c0002t0022g0220 others(3): Show a0001c0001t0013g0156 a0002c0002t0022g0066 a0002c0002t0022g0220 a0002c0002t0030g0212 a0002c0002t0032g0149 a0002c0002t0033g0221	6	252	0.0238	5	c.862 others(22): Show c.862+1619_862+1623dupAAAAA	ATXN7L1	ENSG00000146776.15	transcript	ENST00000419735.8	protein_coding	5/11			chr7	TogoVar
ATXN7L1_chr7_105599772_105881599	105656576	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00558.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 others(80): Show HG00558.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp1 HG00738.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp1 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01099.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01243.hp1 HG01255.hp1 HG01256.hp1 HG01257.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp2 HG01515.hp1 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp1 HG02056.hp1 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02165.hp1 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02723.hp1 HG02723.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02896.hp1 HG02896.hp2 HG02965.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp2 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03239.hp1 HG03471.hp2 HG03490.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03516.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp1 HG03579.hp2 NA18522.hp1 NA18522.hp2 NA18747.hp2 NA18906.hp1 NA18906.hp2 NA18945.hp2 NA18950.hp2 NA18957.hp2 NA18971.hp2 NA18995.hp1 NA19000.hp2 NA19003.hp1 NA19005.hp2 NA19010.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19043.hp2 NA19068.hp1 NA19074.hp2 NA19087.hp1 NA19087.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp1 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0006 a0001 a0002 a0006	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 others(3): Show a0001c0001 a0001c0004 a0001c0005 a0001c0006 a0002c0002 a0006c0010	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(37): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0012 a0001c0001t0013 a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0021 a0001c0001t0024 a0001c0001t0027 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0035 a0001c0001t0040 a0001c0001t0041 a0001c0001t0044 a0001c0001t0046 a0001c0001t0047 a0001c0001t0048 a0001c0001t0060 a0001c0001t0061 a0001c0001t0062 a0001c0001t0064 a0001c0004t0010 a0001c0005t0007 a0001c0006t0001 a0002c0002t0022 a0002c0002t0030 a0002c0002t0032 a0002c0002t0033 a0006c0010t0031	a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0078 others(80): Show a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0145 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0002g0016 a0001c0001t0002g0053 a0001c0001t0003g0006 a0001c0001t0003g0030 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0076 a0001c0001t0003g0086 a0001c0001t0003g0150 a0001c0001t0003g0238 a0001c0001t0004g0023 a0001c0001t0004g0124 a0001c0001t0004g0128 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0137 a0001c0001t0004g0211 a0001c0001t0004g0219 a0001c0001t0004g0246 a0001c0001t0006g0116 a0001c0001t0006g0117 a0001c0001t0006g0168 a0001c0001t0007g0202 a0001c0001t0007g0217 a0001c0001t0007g0218 a0001c0001t0007g0223 a0001c0001t0008g0073 a0001c0001t0008g0249 a0001c0001t0009g0054 a0001c0001t0009g0146 a0001c0001t0010g0111 a0001c0001t0010g0228 a0001c0001t0011g0101 a0001c0001t0011g0152 a0001c0001t0012g0028 a0001c0001t0013g0156 a0001c0001t0013g0236 a0001c0001t0013g0243 a0001c0001t0015g0060 a0001c0001t0015g0109 a0001c0001t0015g0193 a0001c0001t0016g0069 a0001c0001t0016g0136 a0001c0001t0016g0139 a0001c0001t0017g0113 a0001c0001t0017g0194 a0001c0001t0017g0195 a0001c0001t0018g0058 a0001c0001t0021g0184 a0001c0001t0021g0227 a0001c0001t0024g0077 a0001c0001t0024g0250 a0001c0001t0027g0008 a0001c0001t0029g0215 a0001c0001t0031g0172 a0001c0001t0035g0151 a0001c0001t0040g0207 a0001c0001t0041g0196 a0001c0001t0044g0110 a0001c0001t0046g0138 a0001c0001t0047g0121 a0001c0001t0048g0132 a0001c0001t0060g0192 a0001c0001t0061g0036 a0001c0001t0062g0007 a0001c0001t0064g0098 a0001c0004t0010g0154 a0001c0005t0007g0209 a0001c0006t0001g0112 a0002c0002t0022g0066 a0002c0002t0022g0220 a0002c0002t0030g0208 a0002c0002t0030g0212 a0002c0002t0032g0149 a0002c0002t0033g0221 a0006c0010t0031g0204	83	252	0.3294	5	c.578 others(22): Show c.578+8485_578+8489dupAAAAA	ATXN7L1	ENSG00000146776.15	transcript	ENST00000419735.8	protein_coding	4/11			chr7	TogoVar
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