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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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BICD1_chr12_32101847_32388633	32165513	C C	CACAAA CACAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG06807.hp2 others(1): Show HG03195.hp2 HG03453.hp1 HG06807.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0007	a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0002t0005 others(1): Show a0001c0001t0015 a0001c0001t0016 a0001c0002t0005 a0001c0007t0050	a0001c0001t0015g0042 a0001c0001t0016g0041 a0001c0002t0005g0290 others(1): Show a0001c0001t0015g0042 a0001c0001t0016g0041 a0001c0002t0005g0290 a0001c0007t0050g0186	4	290	0.0138	5	c.214 others(24): Show c.214-50717_214-50713dupCAAAA	BICD1	ENSG00000151746.15	transcript	ENST00000652176.1	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
BICD1_chr12_32101847_32388633	32215953	C C	CAAAAA CAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG01109.hp1 others(22): Show HG00280.hp2 HG00438.hp1 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01175.hp2 HG01891.hp2 HG02056.hp1 HG02109.hp1 HG02300.hp1 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02602.hp1 HG02615.hp1 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG03017.hp2 HG03540.hp1 HG03927.hp1 HG04204.hp2 NA18959.hp2 NA18977.hp2 NA18989.hp1 NA19002.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(12): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0013 a0001c0001t0016 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0005t0009	a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0258 others(22): Show a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0003g0050 a0001c0001t0003g0225 a0001c0001t0003g0239 a0001c0001t0004g0114 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0035 a0001c0001t0008g0108 a0001c0001t0009g0183 a0001c0001t0010g0161 a0001c0001t0013g0279 a0001c0001t0016g0037 a0001c0001t0017g0092 a0001c0001t0018g0227 a0001c0001t0018g0268 a0001c0002t0001g0066 a0001c0002t0001g0224 a0001c0002t0002g0076 a0001c0002t0002g0088 a0001c0002t0005g0104 a0001c0002t0005g0290 a0001c0005t0009g0270	25	290	0.0862	5	c.214 others(20): Show c.214-276_214-272dupAAAAA	BICD1	ENSG00000151746.15	transcript	ENST00000652176.1	protein_coding	1/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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BICD1_chr12_32101847_32388633	32243264	A A	ATTTTT ATTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00323.hp2 HG01167.hp2 HG01358.hp2 others(28): Show HG00323.hp2 HG01167.hp2 HG01358.hp2 HG02015.hp1 HG02109.hp1 HG02109.hp2 HG02451.hp1 HG02451.hp2 HG02602.hp2 HG02622.hp1 HG02630.hp2 HG02683.hp2 HG02818.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG03209.hp2 HG03225.hp2 NA18522.hp1 NA18944.hp2 NA18947.hp1 NA18968.hp1 NA18969.hp1 NA18975.hp2 NA18983.hp1 NA18994.hp1 NA18998.hp2 NA19082.hp2 NA19083.hp1 NA19240.hp1 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0005	a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 others(15): Show a0001c0001t0003 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0061 a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0005 a0001c0002t0007 a0001c0002t0021 a0001c0002t0025 a0001c0002t0027 a0001c0005t0009 a0001c0005t0012	a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0035 others(28): Show a0001c0001t0003g0246 a0001c0001t0006g0034 a0001c0001t0006g0035 a0001c0001t0006g0152 a0001c0001t0006g0156 a0001c0001t0006g0157 a0001c0001t0006g0164 a0001c0001t0007g0146 a0001c0001t0007g0250 a0001c0001t0009g0183 a0001c0001t0010g0161 a0001c0001t0017g0093 a0001c0001t0018g0219 a0001c0001t0018g0227 a0001c0001t0061g0226 a0001c0002t0001g0178 a0001c0002t0002g0063 a0001c0002t0002g0195 a0001c0002t0002g0212 a0001c0002t0002g0215 a0001c0002t0002g0253 a0001c0002t0002g0282 a0001c0002t0003g0238 a0001c0002t0005g0111 a0001c0002t0005g0248 a0001c0002t0007g0150 a0001c0002t0021g0249 a0001c0002t0025g0078 a0001c0002t0027g0120 a0001c0005t0009g0270 a0001c0005t0012g0271	31	290	0.1069	5	c.426 others(24): Show c.426+26822_426+26826dupTTTTT	BICD1	ENSG00000151746.15	transcript	ENST00000652176.1	protein_coding	2/9		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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