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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18496185	C C	CAAAAA CAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01192.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp1 others(12): Show HG01192.hp1 HG01243.hp2 HG01258.hp1 HG01358.hp1 HG01943.hp2 HG02109.hp2 HG02145.hp1 HG02280.hp1 HG02572.hp2 HG02647.hp2 HG02738.hp2 HG02970.hp1 HG03540.hp1 NA19030.hp2 NA20300.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 others(5): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0001t0005 a0001c0001t0007 a0001c0001t0022 a0001c0001t0031 a0001c0002t0002 a0002c0003t0067	a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0003g0282 others(12): Show a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0003g0282 a0001c0001t0003g0294 a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0005g0012 a0001c0001t0005g0065 a0001c0001t0005g0236 a0001c0001t0005g0249 a0001c0001t0007g0153 a0001c0001t0022g0038 a0001c0001t0031g0232 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0002g0210 a0002c0003t0067g0104	15	302	0.0497	5	c.172 others(22): Show c.172-2153_172-2149dupAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18513101	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01243.hp2 others(12): Show HG01070.hp1 HG01071.hp2 HG01243.hp2 HG01975.hp1 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02818.hp2 HG03041.hp1 HG03195.hp1 HG03225.hp1 NA18989.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0015 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0005 a0001c0001t0015 a0001c0001t0025 a0001c0001t0044 a0001c0002t0041 a0002c0003t0013 a0002c0003t0023 a0002c0003t0067	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0005g0090 a0001c0001t0005g0103 others(12): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0005g0090 a0001c0001t0005g0103 a0001c0001t0005g0188 a0001c0001t0015g0019 a0001c0001t0015g0020 a0001c0001t0015g0111 a0001c0001t0025g0241 a0001c0001t0044g0018 a0001c0002t0041g0150 a0002c0003t0013g0029 a0002c0003t0013g0162 a0002c0003t0023g0239 a0002c0003t0023g0292 a0002c0003t0067g0104	15	302	0.0497	5	c.509 others(22): Show c.509-1119_509-1115dupTTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	5/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18536242	C C	CCTTTT CCTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 others(17): Show HG00423.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01884.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp2 HG03195.hp2 HG03486.hp2 HG03540.hp1 HG03834.hp1 HG04199.hp2 HG04228.hp2 NA18943.hp1 NA18953.hp2 NA18971.hp1 NA18973.hp1 NA18975.hp2 NA18999.hp2 NA19079.hp2 NA19086.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0046 others(1): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0002t0046 a0001c0002t0047	a0001c0002t0002g0055 a0001c0002t0002g0056 a0001c0002t0002g0084 others(17): Show a0001c0002t0002g0055 a0001c0002t0002g0056 a0001c0002t0002g0084 a0001c0002t0002g0138 a0001c0002t0002g0203 a0001c0002t0002g0210 a0001c0002t0002g0220 a0001c0002t0002g0272 a0001c0002t0002g0288 a0001c0002t0004g0048 a0001c0002t0004g0070 a0001c0002t0004g0107 a0001c0002t0004g0113 a0001c0002t0004g0141 a0001c0002t0004g0175 a0001c0002t0004g0191 a0001c0002t0004g0199 a0001c0002t0004g0283 a0001c0002t0046g0069 a0001c0002t0047g0186	20	302	0.0662	5	c.114 others(20): Show c.1140+47_1140+51dupCTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	11/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18536243	C C	CTTTTT CTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01928.hp2 HG02451.hp1 HG02723.hp1 others(7): Show HG01928.hp2 HG02451.hp1 HG02723.hp1 HG03139.hp2 HG06807.hp2 NA19058.hp1 NA19068.hp2 NA19080.hp2 NA20300.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0014 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0014 a0001c0001t0026 a0001c0002t0011 a0001c0008t0068	a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 others(7): Show a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0007g0179 a0001c0001t0014g0122 a0001c0001t0026g0296 a0001c0002t0011g0221 a0001c0002t0011g0262 a0001c0008t0068g0066	10	302	0.0331	5	c.114 others(20): Show c.1140+73_1140+77dupTTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	11/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18538956	T T	TAAAAG TAAAAG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01891.hp2 HG02109.hp1 HG02280.hp1 others(1): Show HG01891.hp2 HG02109.hp1 HG02280.hp1 HG02922.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0010 a0001c0001t0003 a0001c0001t0010	a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0010g0026 a0001c0001t0010g0287 others(1): Show a0001c0001t0003g0298 a0001c0001t0010g0026 a0001c0001t0010g0287 a0001c0001t0010g0289	4	302	0.0133	5	c.132 others(22): Show c.1327-271_1327-267dupAAGAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding	12/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
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