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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CAMK1D_chr10_12344547_12840545	12667025	G G	GCTGGA GCTGGA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp2 HG02040.hp2 HG02965.hp1 others(7): Show HG01069.hp2 HG02040.hp2 HG02965.hp1 HG03490.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp2 HG04184.hp2 NA18954.hp2 NA18990.hp2 NA19091.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0018 a0001c0001t0033 others(6): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0018 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0043 a0001c0001t0086 a0001c0001t0089 a0001c0002t0023 a0001c0002t0051	a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0018g0013 a0001c0001t0033g0185 others(7): Show a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0018g0013 a0001c0001t0033g0185 a0001c0001t0036g0022 a0001c0001t0043g0026 a0001c0001t0086g0181 a0001c0001t0089g0035 a0001c0002t0023g0102 a0001c0002t0023g0103 a0001c0002t0051g0179	10	214	0.0467	5	c.299 others(20): Show c.299+219_299+223dupGACTG	CAMK1D	ENSG00000183049.14	transcript	ENST00000619168.5	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CAMK1D_chr10_12344547_12840545	12694138	A A	ATTGTG ATTGTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02280.hp1 HG02717.hp2 HG02922.hp2 HG02280.hp1 HG02717.hp2 HG02922.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0039 a0001c0002t0044 a0001c0001t0002 a0001c0001t0039 a0001c0002t0044	a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0039g0157 a0001c0002t0044g0112 a0001c0001t0002g0032 a0001c0001t0039g0157 a0001c0002t0044g0112	3	214	0.0140	5	c.299 others(24): Show c.299+27329_299+27330insTGTGT	CAMK1D	ENSG00000183049.14	transcript	ENST00000619168.5	protein_coding	3/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CAMK1D_chr10_12344547_12840545	12694299	T T	TGTATA TGTATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG03490.hp2 HG04204.hp1 HG00735.hp2 HG03490.hp2 HG04204.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0002 a0001c0001t0034 a0001c0002t0060 a0001c0001t0002 a0001c0001t0034 a0001c0002t0060	a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0034g0083 a0001c0002t0060g0104 a0001c0001t0002g0172 a0001c0001t0034g0083 a0001c0002t0060g0104	3	214	0.0140	5	c.299 others(24): Show c.299+27489_299+27490insGTATA	CAMK1D	ENSG00000183049.14	transcript	ENST00000619168.5	protein_coding	3/10			chr10	TogoVar
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