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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	rank	distance	status	chr	external
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18496185	C C	CAAAAAA CAAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 others(12): Show HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02572.hp1 HG02622.hp1 HG02723.hp1 HG02896.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp2 HG03540.hp2 HG03942.hp2 NA18989.hp1 NA19030.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 a0002c0003	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 others(9): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0001t0008 a0001c0001t0035 a0001c0001t0048 a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0026 a0001c0002t0058 a0001c0006t0049 a0002c0003t0024 a0002c0003t0052	a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0008g0007 others(12): Show a0001c0001t0001g0098 a0001c0001t0006g0134 a0001c0001t0008g0007 a0001c0001t0008g0063 a0001c0001t0035g0086 a0001c0001t0048g0195 a0001c0002t0002g0042 a0001c0002t0002g0092 a0001c0002t0005g0100 a0001c0002t0026g0015 a0001c0002t0058g0159 a0001c0006t0049g0076 a0002c0003t0024g0110 a0002c0003t0024g0141 a0002c0003t0052g0024	15	200	0.0750	6	c.334 others(23): Show c.334-2154_334-2149dupAAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	3/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18536243	C C	CTTTTCT CTTTTCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 others(25): Show HG00408.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp1 HG00609.hp2 HG00738.hp2 HG01074.hp1 HG01109.hp2 HG01192.hp2 HG01358.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01978.hp1 HG02056.hp1 HG02257.hp2 HG02293.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG03041.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp1 HG03453.hp2 HG03491.hp1 HG03492.hp2 NA18981.hp2 NA19005.hp1 NA19009.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0017 others(8): Show a0001c0002t0002 a0001c0002t0005 a0001c0002t0017 a0001c0002t0020 a0001c0002t0026 a0001c0002t0027 a0001c0002t0030 a0001c0002t0034 a0001c0002t0044 a0001c0002t0059 a0001c0002t0060	a0001c0002t0002g0035 a0001c0002t0002g0041 a0001c0002t0002g0043 others(25): Show a0001c0002t0002g0035 a0001c0002t0002g0041 a0001c0002t0002g0043 a0001c0002t0002g0059 a0001c0002t0002g0065 a0001c0002t0002g0070 a0001c0002t0002g0071 a0001c0002t0002g0091 a0001c0002t0002g0092 a0001c0002t0002g0106 a0001c0002t0002g0112 a0001c0002t0002g0113 a0001c0002t0002g0142 a0001c0002t0002g0178 a0001c0002t0002g0179 a0001c0002t0002g0183 a0001c0002t0002g0184 a0001c0002t0002g0185 a0001c0002t0005g0105 a0001c0002t0017g0154 a0001c0002t0020g0103 a0001c0002t0026g0015 a0001c0002t0027g0016 a0001c0002t0030g0046 a0001c0002t0034g0068 a0001c0002t0044g0138 a0001c0002t0059g0054 a0001c0002t0060g0155	28	200	0.1400	6	c.130 others(21): Show c.1302+51_1302+52insCTTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	12/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18536243	C C	CTTTTTT CTTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01884.hp2 HG02523.hp2 others(5): Show HG00642.hp1 HG01884.hp2 HG02523.hp2 HG02572.hp1 HG02630.hp1 HG02965.hp2 HG03540.hp2 NA18522.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 others(4): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0016 a0001c0001t0048 a0001c0001t0051 a0001c0002t0015	a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0008g0063 others(5): Show a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0008g0063 a0001c0001t0016g0006 a0001c0001t0016g0089 a0001c0001t0048g0195 a0001c0001t0051g0107 a0001c0002t0015g0018	8	200	0.0400	6	c.130 others(21): Show c.1302+72_1302+77dupTTTTTT	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding	12/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18135424_18548557	18545868	T T	TAAAAAA TAAAAAA	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG01243.hp2 HG01433.hp2 others(10): Show HG00642.hp2 HG01243.hp2 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp2 HG01993.hp2 HG02615.hp1 HG02622.hp1 HG02896.hp1 HG03041.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0003 a0001c0001 a0002c0003	a0001c0001t0012 a0002c0003t0013 a0002c0003t0014 others(5): Show a0001c0001t0012 a0002c0003t0013 a0002c0003t0014 a0002c0003t0024 a0002c0003t0025 a0002c0003t0052 a0002c0003t0053 a0002c0003t0056	a0001c0001t0012g0003 a0002c0003t0013g0022 a0002c0003t0013g0109 others(10): Show a0001c0001t0012g0003 a0002c0003t0013g0022 a0002c0003t0013g0109 a0002c0003t0013g0175 a0002c0003t0014g0073 a0002c0003t0014g0078 a0002c0003t0014g0111 a0002c0003t0024g0110 a0002c0003t0024g0141 a0002c0003t0025g0012 a0002c0003t0052g0024 a0002c0003t0053g0027 a0002c0003t0056g0053	13	200	0.0650	6	c.61 others(17): Show c.6144_*6145insAAAAAA	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000324631.13	protein_coding		2312		chr10	TogoVar
CACNB2_chr10_18335709_18548557	18335784	A A	AACACAC AACACAC	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG03710.hp1 NA18967.hp2 others(4): Show HG02451.hp2 HG03710.hp1 NA18967.hp2 NA18972.hp2 NA19009.hp2 NA19084.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0040 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0004 a0001c0002t0040 a0001c0002t0050	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0299 others(4): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0299 a0001c0002t0004g0137 a0001c0002t0004g0301 a0001c0002t0040g0097 a0001c0002t0050g0080	7	302	0.0232	6	c.-51 others(17): Show c.-5143_-5142insACACAC	CACNB2	ENSG00000165995.24	transcript	ENST00000377329.10	protein_coding		4924		chr10	TogoVar
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