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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CDK8_chr13_26249129_26410238	26268256	A A	AACACAC AACACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02717.hp1 HG02965.hp2 others(3): Show HG02258.hp1 HG02717.hp1 HG02965.hp2 HG03209.hp1 HG03486.hp2 NA18906.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0002	a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0306 a0001c0001t0001g0309 others(3): Show a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0306 a0001c0001t0001g0309 a0001c0001t0001g0315 a0001c0001t0001g0318 a0001c0001t0002g0096	6	328	0.0183	6	c.128 others(25): Show c.128+13535_128+13540dupCACACA	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CDK8_chr13_26249129_26410238	26323334	A A	AGAGAGG AGAGAGG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG01261.hp2 others(3): Show HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG01261.hp2 HG02683.hp2 HG02735.hp2 HG02970.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 others(3): Show a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0186 a0001c0001t0001g0307	6	328	0.0183	6	c.129 others(25): Show c.129-14194_129-14189dupGAGGGA	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CDK8_chr13_26249129_26410238	26332488	C C	CATATAT CATATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp2 others(88): Show HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp2 HG00558.hp2 HG00597.hp1 HG00673.hp2 HG00733.hp2 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp2 HG01106.hp1 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG01175.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01261.hp1 HG01358.hp2 HG01361.hp2 HG01496.hp1 HG01517.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02071.hp1 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02148.hp2 HG02155.hp2 HG02280.hp2 HG02486.hp1 HG02523.hp1 HG02602.hp2 HG02683.hp1 HG02738.hp1 HG02809.hp1 HG02818.hp1 HG02922.hp1 HG03017.hp2 HG03669.hp1 HG03704.hp2 HG03710.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp1 HG04115.hp2 HG04199.hp2 NA18612.hp2 NA18747.hp1 NA18941.hp1 NA18942.hp2 NA18943.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp1 NA18948.hp1 NA18951.hp1 NA18952.hp1 NA18962.hp1 NA18969.hp1 NA18972.hp2 NA18977.hp2 NA18980.hp2 NA18981.hp2 NA18988.hp1 NA19000.hp1 NA19001.hp2 NA19002.hp1 NA19003.hp2 NA19004.hp1 NA19007.hp1 NA19012.hp2 NA19054.hp1 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19065.hp2 NA19068.hp2 NA19072.hp1 NA19074.hp1 NA19076.hp2 NA19077.hp2 NA19082.hp1 NA19083.hp1 NA19086.hp1 NA19088.hp2 NA19240.hp1 NA20129.hp2 NA20752.hp1 NA20805.hp2 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008 a0001c0001t0001 a0001c0001t0007 a0001c0001t0008	a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0010 others(86): Show a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0187 a0001c0001t0001g0190 a0001c0001t0001g0191 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0214 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0216 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0219 a0001c0001t0001g0220 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0222 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0224 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0228 a0001c0001t0001g0230 a0001c0001t0001g0231 a0001c0001t0001g0233 a0001c0001t0001g0234 a0001c0001t0001g0235 a0001c0001t0001g0236 a0001c0001t0001g0237 a0001c0001t0001g0238 a0001c0001t0001g0239 a0001c0001t0001g0240 a0001c0001t0001g0241 a0001c0001t0001g0242 a0001c0001t0001g0243 a0001c0001t0001g0244 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0249 a0001c0001t0001g0250 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0253 a0001c0001t0001g0254 a0001c0001t0001g0255 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0257 a0001c0001t0001g0258 a0001c0001t0001g0260 a0001c0001t0001g0261 a0001c0001t0001g0262 a0001c0001t0001g0263 a0001c0001t0001g0264 a0001c0001t0001g0265 a0001c0001t0001g0266 a0001c0001t0001g0267 a0001c0001t0001g0268 a0001c0001t0001g0269 a0001c0001t0001g0270 a0001c0001t0001g0271 a0001c0001t0001g0272 a0001c0001t0001g0273 a0001c0001t0001g0274 a0001c0001t0001g0275 a0001c0001t0001g0276 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0280 a0001c0001t0001g0283 a0001c0001t0001g0284 a0001c0001t0001g0285 a0001c0001t0001g0287 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0001g0292 a0001c0001t0007g0232 a0001c0001t0008g0229	91	328	0.2774	6	c.129 others(23): Show c.129-5069_129-5064dupTATATA	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CDK8_chr13_26249129_26410238	26335920	T T	TAACAAC TAACAAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01074.hp2 HG01261.hp1 HG02559.hp1 others(11): Show HG01074.hp2 HG01261.hp1 HG02559.hp1 HG02886.hp1 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03195.hp1 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG04199.hp2 NA18747.hp1 NA18972.hp2 NA19240.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0192 others(11): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0192 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0195 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0213 a0001c0001t0001g0279 a0001c0001t0001g0290 a0001c0001t0001g0320 a0001c0001t0001g0321 a0001c0001t0001g0323 a0001c0001t0001g0324	14	328	0.0427	6	c.129 others(23): Show c.129-1618_129-1613dupACAACA	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding	1/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CDK8_chr13_26249129_26410238	26339752	A A	AATATAT AATATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00597.hp1 HG01123.hp1 HG01168.hp1 others(15): Show HG00597.hp1 HG01123.hp1 HG01168.hp1 HG02083.hp2 HG02129.hp2 HG02273.hp2 HG02280.hp2 HG04115.hp2 NA18747.hp1 NA18943.hp1 NA18972.hp2 NA18977.hp2 NA18984.hp1 NA18988.hp1 NA19001.hp2 NA19004.hp1 NA19012.hp2 NA19086.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0008 a0001c0001t0001 a0001c0001t0008	a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 others(15): Show a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0013 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0215 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0001g0227 a0001c0001t0001g0251 a0001c0001t0001g0252 a0001c0001t0001g0256 a0001c0001t0001g0277 a0001c0001t0001g0278 a0001c0001t0001g0286 a0001c0001t0001g0288 a0001c0001t0001g0289 a0001c0001t0001g0291 a0001c0001t0008g0229	18	328	0.0549	6	c.204 others(23): Show c.204+2111_204+2112insTATATA	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding	2/12		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr13	TogoVar
CDK8_chr13_26249129_26410238	26408766	A A	AACACAC AACACAC	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01361.hp2 others(12): Show HG00738.hp1 HG01070.hp2 HG01361.hp2 HG01517.hp2 HG02258.hp2 HG02630.hp2 HG02723.hp2 HG02895.hp2 HG03195.hp2 HG03225.hp1 HG03486.hp1 HG03540.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp1 NA20805.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 others(12): Show a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0225 a0001c0001t0001g0226 a0001c0001t0001g0247 a0001c0001t0001g0248 a0001c0001t0001g0294 a0001c0001t0001g0295 a0001c0001t0001g0296 a0001c0001t0001g0301 a0001c0001t0001g0315 a0001c0001t0001g0319	15	328	0.0457	6	c.46 others(17): Show c.4685_*4686insACACAC	CDK8	ENSG00000132964.13	transcript	ENST00000381527.8	protein_coding		3529		chr13	TogoVar
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