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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CHRFAM7A_chr15_30355566_30398540	30365801	C C	CTTTTTT CTTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01934.hp2 HG02129.hp2 HG02735.hp1 others(2): Show HG01934.hp2 HG02129.hp2 HG02735.hp1 NA18979.hp1 NA19075.hp2	a0002 a0004 a0002 a0004	a0002c0009 a0004c0004 a0004c0014 a0002c0009 a0004c0004 a0004c0014	a0002c0009t0008 a0004c0004t0003 a0004c0014t0016 a0002c0009t0008 a0004c0004t0003 a0004c0014t0016	a0002c0009t0008g0105 a0004c0004t0003g0033 a0004c0004t0003g0035 others(2): Show a0002c0009t0008g0105 a0004c0004t0003g0033 a0004c0004t0003g0035 a0004c0014t0016g0116 a0004c0014t0016g0117	5	133	0.0376	6	c.720 others(23): Show c.720+1611_720+1616dupAAAAAA	CHRFAM7A	ENSG00000166664.15	transcript	ENST00000299847.7	protein_coding	9/9			chr15	TogoVar
CHRFAM7A_chr15_30355566_30398540	30393857	C C	CTGTGTG CTGTGTG	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02647.hp1 HG03486.hp1 HG02647.hp1 HG03486.hp1	a0002 a0002	a0002c0009 a0002c0015 a0002c0009 a0002c0015	a0002c0009t0008 a0002c0015t0012 a0002c0009t0008 a0002c0015t0012	a0002c0009t0008g0101 a0002c0015t0012g0029 a0002c0009t0008g0101 a0002c0015t0012g0029	2	133	0.0150	6	c.-76 others(15): Show c.-763_-762insCACACA	CHRFAM7A	ENSG00000166664.15	transcript	ENST00000299847.7	protein_coding		318		chr15	TogoVar
CHRM1_chr11_62903679_62926363	62924629	G G	GCGCTCT GCGCTCT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00408.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp1 others(15): Show HG00408.hp2 HG01496.hp1 HG01516.hp1 HG01517.hp1 HG02165.hp2 HG02523.hp1 HG03704.hp1 NA18941.hp2 NA18946.hp1 NA18956.hp2 NA18957.hp2 NA18968.hp2 NA18981.hp2 NA18983.hp1 NA18997.hp1 NA19011.hp1 NA19081.hp1 NA20752.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0029 others(3): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069	18	420	0.0429	6	c.-34 others(17): Show c.-3491_-3490insAGAGCG	CHRM1	ENSG00000168539.4	transcript	ENST00000306960.4	protein_coding		3267		chr11	TogoVar
CHRM1_chr11_62903679_62926363	62924629	G G	GCTCTCT GCTCTCT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00673.hp1 others(17): Show HG00609.hp1 HG00639.hp1 HG00673.hp1 HG01358.hp2 HG01943.hp1 HG01993.hp1 HG02004.hp1 HG02056.hp2 HG02698.hp1 HG03139.hp1 NA18522.hp2 NA18940.hp1 NA18940.hp2 NA18952.hp1 NA18952.hp2 NA18977.hp1 NA19000.hp1 NA19063.hp1 NA19066.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0012 a0003c0009	a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0012t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0002t0001 a0001c0012t0001 a0003c0009t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 others(12): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0010 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0149 a0001c0002t0001g0007 a0001c0002t0001g0011 a0001c0012t0001g0122 a0003c0009t0001g0048	20	420	0.0476	6	c.-34 others(17): Show c.-3491_-3490insAGAGAG	CHRM1	ENSG00000168539.4	transcript	ENST00000306960.4	protein_coding		3267		chr11	TogoVar
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