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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CNOT2_chr12_70238433_70359993	70339066	A A	ATGTGTG ATGTGTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp2 HG01123.hp2 HG01884.hp2 others(11): Show HG00621.hp2 HG01123.hp2 HG01884.hp2 HG02109.hp1 HG02257.hp1 HG02809.hp2 HG02886.hp2 HG02970.hp2 HG03098.hp2 NA18941.hp2 NA18945.hp1 NA18977.hp2 NA18988.hp1 NA18991.hp2	a0000 a0001 a0000 a0001	a0000c0003 a0001c0001 a0001c0002 others(1): Show a0000c0003 a0001c0001 a0001c0002 a0001c0004	a0000c0003t0002 a0001c0001t0001 a0001c0002t0002 others(2): Show a0000c0003t0002 a0001c0001t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0004 a0001c0004t0002	a0000c0003t0002g0229 a0000c0003t0002g0230 a0001c0001t0001g0024 others(11): Show a0000c0003t0002g0229 a0000c0003t0002g0230 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0188 a0001c0002t0002g0228 a0001c0002t0002g0233 a0001c0002t0002g0234 a0001c0002t0002g0235 a0001c0002t0002g0236 a0001c0002t0002g0240 a0001c0002t0004g0232 a0001c0002t0004g0238 a0001c0002t0004g0239 a0001c0004t0002g0227	14	280	0.0500	6	c.117 others(23): Show c.1178+250_1178+255dupGTGTGT	CNOT2	ENSG00000111596.14	transcript	ENST00000229195.8	protein_coding	11/15		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr12	TogoVar
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