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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ARID4B_chr1_235161902_235333179	235215547	A A	ATGTGTG ATGTGTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp2 HG01975.hp1 HG02083.hp1 others(8): Show HG00438.hp2 HG01975.hp1 HG02083.hp1 HG02300.hp1 HG03017.hp1 HG03130.hp2 HG03139.hp2 HG03471.hp1 HG04184.hp1 NA18992.hp2 NA18999.hp2	a0001 a0005 a0001 a0005	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 others(1): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0009 a0005c0013	a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0009t0001 others(1): Show a0001c0001t0005 a0001c0002t0001 a0001c0009t0001 a0005c0013t0001	a0001c0001t0005g0255 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0023 others(8): Show a0001c0001t0005g0255 a0001c0002t0001g0011 a0001c0002t0001g0023 a0001c0002t0001g0037 a0001c0002t0001g0042 a0001c0002t0001g0073 a0001c0002t0001g0078 a0001c0002t0001g0092 a0001c0002t0001g0132 a0001c0009t0001g0096 a0005c0013t0001g0054	11	272	0.0404	6	c.158 others(25): Show c.1584-1527_1584-1522dupCACACA	ARID4B	ENSG00000054267.22	transcript	ENST00000264183.9	protein_coding	16/23			chr1	TogoVar
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