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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ASTN2_chr9_116418112_117420057	116718972	G G	GTGTATA GTGTATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01884.hp2 others(7): Show HG01169.hp1 HG01243.hp2 HG01884.hp2 HG02896.hp1 HG03041.hp1 HG03130.hp2 HG03209.hp2 NA19030.hp1 NA20129.hp2 NA20752.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0008 a0001c0025 a0002c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001 a0001c0008t0005 a0001c0025t0001 a0002c0004t0002	a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0006g0016 others(7): Show a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0006g0016 a0001c0002t0001g0033 a0001c0002t0001g0036 a0001c0002t0001g0093 a0001c0008t0005g0073 a0001c0008t0005g0081 a0001c0025t0001g0080 a0002c0004t0002g0005	10	102	0.0980	6	c.280 others(25): Show c.2806+6798_2806+6799insTATACA	ASTN2	ENSG00000148219.18	transcript	ENST00000313400.9	protein_coding	16/22			chr9	TogoVar
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