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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GAS8_chr16_90017680_90049960	90028173	A A	ATTTTTTT ATTTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01261.hp2 others(14): Show HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01261.hp2 HG01928.hp2 HG02148.hp1 HG02293.hp1 HG02976.hp1 HG03669.hp2 HG04199.hp1 HG04228.hp2 NA18945.hp1 NA18948.hp1 NA18952.hp2 NA19057.hp1 NA19076.hp2 NA19090.hp1 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0010 a0001 a0010	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 others(1): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0004 a0010c0015	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 others(3): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0003t0011 a0001c0004t0001 a0010c0015t0001	a0001c0002t0001g0169 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0153 others(14): Show a0001c0002t0001g0169 a0001c0002t0002g0152 a0001c0002t0002g0153 a0001c0002t0002g0163 a0001c0002t0003g0205 a0001c0003t0011g0121 a0001c0004t0001g0149 a0001c0004t0001g0160 a0001c0004t0001g0167 a0001c0004t0001g0177 a0001c0004t0001g0193 a0001c0004t0001g0194 a0001c0004t0001g0204 a0001c0004t0001g0211 a0001c0004t0001g0217 a0001c0004t0001g0219 a0010c0015t0001g0168	17	390	0.0436	7	c.90+ others(20): Show c.90+474_90+480dupTTTTTTT	GAS8	ENSG00000141013.17	transcript	ENST00000268699.9	protein_coding	2/10		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr16	TogoVar
GAST_chr17_41707331_41720969	41708612	C C	CTTTTTTT CTTTTTTT	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG02145.hp2 HG02451.hp1 HG02723.hp2 others(5): Show HG02145.hp2 HG02451.hp1 HG02723.hp2 HG02895.hp1 HG02896.hp2 HG03579.hp2 HG06807.hp2 NA19043.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0007	8	396	0.0202	7	c.-37 others(18): Show c.-3781_-3780insTTTTTTT	GAST	ENSG00000184502.4	transcript	ENST00000329402.4	protein_coding		3718		chr17	TogoVar
GATA5_chr20_62458497_62480995	62477138	T T	TTTCTTTC TTTCTTTC	upstream_gene_variant upstream_gene_variant	MODIFIER	HG01175.hp2 NA19005.hp1 NA21309.hp1 HG01175.hp2 NA19005.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0002 a0002c0005 a0002c0006 a0001c0002 a0002c0005 a0002c0006	a0001c0002t0036 a0002c0005t0001 a0002c0006t0005 a0001c0002t0036 a0002c0005t0001 a0002c0006t0005	a0001c0002t0036g0104 a0002c0005t0001g0246 a0002c0006t0005g0017 a0001c0002t0036g0104 a0002c0005t0001g0246 a0002c0006t0005g0017	3	382	0.0079	7	c.-12 others(18): Show c.-1231_-1230insGAAAGAA	GATA5	ENSG00000130700.7	transcript	ENST00000252997.3	protein_coding		1144		chr20	TogoVar
GATA6_chr18_22164589_22207528	22204108	C C	CTCTCTCT CTCTCTCT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01981.hp1 HG03239.hp1 NA20129.hp2 HG01981.hp1 HG03239.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0002	a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0002g0014 a0001c0001t0002g0216 a0001c0001t0002g0222	3	286	0.0105	7	c.32 others(18): Show c.3285_*3286insTCTCTCT	GATA6	ENSG00000141448.11	transcript	ENST00000269216.10	protein_coding		1581		chr18	TogoVar
GATAD2A_chr19_19400675_19513932	19469431	C C	CAAAAAAA CAAAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG02257.hp2 others(14): Show HG01515.hp1 HG01884.hp1 HG02257.hp2 HG02258.hp1 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03239.hp1 HG03453.hp1 HG03516.hp1 HG03540.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0020 others(2): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0020 a0001c0001t0029 a0001c0004t0005	a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0005g0012 others(14): Show a0001c0001t0004g0148 a0001c0001t0004g0149 a0001c0001t0005g0012 a0001c0001t0005g0013 a0001c0001t0005g0014 a0001c0001t0005g0016 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0018 a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0026 a0001c0001t0020g0023 a0001c0001t0020g0024 a0001c0001t0029g0022 a0001c0004t0005g0015 a0001c0004t0005g0019	17	298	0.0571	7	c.269 others(24): Show c.269+3820_269+3826dupAAAAAAA	GATAD2A	ENSG00000167491.18	transcript	ENST00000683918.1	protein_coding	2/11		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr19	TogoVar
GATAD2A_chr19_19400675_19513932	19510409	C C	CTTTTTTT CTTTTTTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00642.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp2 others(44): Show HG00642.hp1 HG01099.hp1 HG01109.hp2 HG01258.hp2 HG01361.hp2 HG01433.hp1 HG01496.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01981.hp2 HG02055.hp1 HG02145.hp2 HG02257.hp2 HG02258.hp2 HG02451.hp1 HG02572.hp2 HG02615.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp2 HG02647.hp1 HG02647.hp2 HG02683.hp1 HG02717.hp1 HG02723.hp2 HG02735.hp2 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp2 HG02970.hp2 HG02976.hp2 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03486.hp1 HG03516.hp1 HG03579.hp1 HG03688.hp1 HG04228.hp2 HG06807.hp1 NA18906.hp1 NA19240.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 others(7): Show a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0006 a0001c0001t0007 a0001c0001t0009 a0001c0001t0014 a0001c0001t0017 a0001c0001t0024 a0001c0001t0041 a0001c0004t0005	a0001c0001t0004g0127 a0001c0001t0004g0131 a0001c0001t0004g0132 others(44): Show a0001c0001t0004g0127 a0001c0001t0004g0131 a0001c0001t0004g0132 a0001c0001t0004g0133 a0001c0001t0004g0134 a0001c0001t0004g0135 a0001c0001t0004g0137 a0001c0001t0004g0140 a0001c0001t0004g0142 a0001c0001t0004g0143 a0001c0001t0004g0146 a0001c0001t0004g0152 a0001c0001t0004g0155 a0001c0001t0004g0156 a0001c0001t0004g0157 a0001c0001t0004g0161 a0001c0001t0004g0162 a0001c0001t0005g0012 a0001c0001t0005g0013 a0001c0001t0005g0014 a0001c0001t0005g0016 a0001c0001t0005g0017 a0001c0001t0005g0018 a0001c0001t0005g0020 a0001c0001t0005g0021 a0001c0001t0005g0025 a0001c0001t0005g0026 a0001c0001t0005g0027 a0001c0001t0006g0028 a0001c0001t0007g0130 a0001c0001t0007g0154 a0001c0001t0007g0158 a0001c0001t0007g0159 a0001c0001t0007g0160 a0001c0001t0007g0163 a0001c0001t0009g0034 a0001c0001t0009g0035 a0001c0001t0009g0036 a0001c0001t0009g0048 a0001c0001t0014g0081 a0001c0001t0014g0082 a0001c0001t0014g0083 a0001c0001t0017g0086 a0001c0001t0024g0145 a0001c0001t0041g0151 a0001c0004t0005g0015 a0001c0004t0005g0019	47	298	0.1577	7	c.49 others(18): Show c.4935_*4936insTTTTTTT	GATAD2A	ENSG00000167491.18	transcript	ENST00000683918.1	protein_coding		1478		chr19	TogoVar
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