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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GLB1_chr3_32991617_33102146	33069956	C C	CCCACCCT CCCACCCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00544.hp1 HG00642.hp1 others(55): Show HG00140.hp1 HG00544.hp1 HG00642.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp1 HG01069.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp2 HG01123.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp2 HG01256.hp1 HG01258.hp2 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01934.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02559.hp2 HG02572.hp2 HG02630.hp1 HG02630.hp2 HG02886.hp1 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp1 HG03098.hp2 HG03139.hp2 HG03239.hp2 HG03490.hp2 HG03579.hp1 HG03688.hp2 HG04115.hp1 HG04184.hp2 NA18943.hp1 NA18946.hp1 NA18950.hp2 NA18959.hp2 NA18980.hp2 NA19002.hp1 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19060.hp1 NA19062.hp2 NA19084.hp2 NA20129.hp1 NA20752.hp2 NA21309.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0010 others(1): Show a0001c0001 a0001c0005 a0001c0010 a0001c0011	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(3): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0005t0001 a0001c0010t0001 a0001c0011t0001	a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 others(55): Show a0001c0001t0001g0001 a0001c0001t0001g0002 a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0035 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0040 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0044 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0049 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0057 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0002g0022 a0001c0001t0002g0041 a0001c0001t0002g0045 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0051 a0001c0001t0002g0052 a0001c0001t0002g0063 a0001c0001t0002g0064 a0001c0001t0002g0065 a0001c0001t0002g0066 a0001c0001t0002g0067 a0001c0001t0002g0068 a0001c0001t0002g0069 a0001c0001t0002g0226 a0001c0001t0002g0227 a0001c0001t0003g0062 a0001c0005t0001g0255 a0001c0010t0001g0230 a0001c0010t0001g0231 a0001c0010t0001g0232 a0001c0011t0001g0228 a0001c0011t0001g0229	58	394	0.1472	7	c.246 others(22): Show c.246-993_246-987dupAGGGTGG	GLB1	ENSG00000170266.16	transcript	ENST00000307363.10	protein_coding	2/15			chr3	TogoVar
GLCE_chr15_69155635_69277207	69273450	C C	CTTTTTTT CTTTTTTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG01255.hp2 others(10): Show HG00639.hp2 HG00673.hp1 HG01255.hp2 HG02015.hp2 HG02040.hp2 HG02723.hp2 HG03669.hp2 HG03704.hp2 HG03710.hp1 NA18946.hp1 NA18966.hp2 NA19004.hp2 NA19064.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0008 a0001c0001t0003 a0001c0001t0008	a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0171 others(9): Show a0001c0001t0003g0001 a0001c0001t0003g0145 a0001c0001t0003g0171 a0001c0001t0003g0172 a0001c0001t0003g0176 a0001c0001t0003g0184 a0001c0001t0003g0187 a0001c0001t0003g0189 a0001c0001t0003g0191 a0001c0001t0003g0196 a0001c0001t0003g0240 a0001c0001t0008g0158	13	342	0.0380	7	c.42 others(18): Show c.4206_*4207insTTTTTTT	GLCE	ENSG00000138604.10	transcript	ENST00000261858.7	protein_coding		1244		chr15	TogoVar
GLDC_chr9_6527467_6650729	6644050	A A	AAAAAAAC AAAAAAAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 others(43): Show HG00140.hp2 HG00280.hp1 HG00408.hp2 HG00438.hp2 HG00609.hp2 HG01070.hp2 HG01074.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01192.hp2 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01258.hp2 HG01346.hp1 HG01433.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp2 HG02132.hp1 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02818.hp2 HG03453.hp2 HG03492.hp1 HG03942.hp2 HG04184.hp2 HG04228.hp2 NA18941.hp1 NA18941.hp2 NA18942.hp1 NA18944.hp1 NA18945.hp1 NA18954.hp1 NA18955.hp2 NA18964.hp1 NA18969.hp2 NA18978.hp1 NA18979.hp2 NA19030.hp1 NA19030.hp2 NA19064.hp1 NA19064.hp2 NA19091.hp2 NA20752.hp2 NA20805.hp2	a0001 a0002 a0006 others(2): Show a0001 a0002 a0006 a0007 a0014	a0001c0002 a0001c0003 a0001c0014 others(5): Show a0001c0002 a0001c0003 a0001c0014 a0001c0020 a0002c0010 a0006c0011 a0007c0019 a0014c0023	a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 others(13): Show a0001c0002t0001 a0001c0002t0002 a0001c0002t0003 a0001c0002t0008 a0001c0002t0011 a0001c0002t0020 a0001c0003t0001 a0001c0003t0002 a0001c0003t0003 a0001c0003t0004 a0001c0014t0001 a0001c0020t0003 a0002c0010t0001 a0006c0011t0004 a0007c0019t0003 a0014c0023t0001	a0001c0002t0001g0001 a0001c0002t0001g0013 a0001c0002t0001g0015 others(42): Show a0001c0002t0001g0001 a0001c0002t0001g0013 a0001c0002t0001g0015 a0001c0002t0001g0016 a0001c0002t0001g0017 a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0025 a0001c0002t0001g0032 a0001c0002t0001g0035 a0001c0002t0001g0036 a0001c0002t0001g0047 a0001c0002t0001g0049 a0001c0002t0001g0084 a0001c0002t0002g0021 a0001c0002t0002g0048 a0001c0002t0002g0050 a0001c0002t0002g0052 a0001c0002t0003g0027 a0001c0002t0003g0042 a0001c0002t0008g0019 a0001c0002t0011g0029 a0001c0002t0020g0018 a0001c0003t0001g0023 a0001c0003t0001g0030 a0001c0003t0001g0034 a0001c0003t0001g0040 a0001c0003t0001g0041 a0001c0003t0001g0053 a0001c0003t0002g0024 a0001c0003t0002g0039 a0001c0003t0002g0043 a0001c0003t0002g0044 a0001c0003t0002g0045 a0001c0003t0003g0026 a0001c0003t0003g0028 a0001c0003t0003g0031 a0001c0003t0003g0033 a0001c0003t0004g0022 a0001c0014t0001g0037 a0001c0020t0003g0038 a0002c0010t0001g0014 a0002c0010t0001g0051 a0006c0011t0004g0083 a0007c0019t0003g0005 a0014c0023t0001g0046	46	342	0.1345	7	c.334 others(22): Show c.334+563_334+564insGTTTTTT	GLDC	ENSG00000178445.10	transcript	ENST00000321612.8	protein_coding	2/24			chr9	TogoVar
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