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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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KCNH7_chr2_162366407_162843767	162601399	C C	CTTTTTTT CTTTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 others(9): Show HG00621.hp1 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02895.hp1 HG02965.hp2 HG03041.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03209.hp1 NA18991.hp2 NA19004.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(1): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0017 others(9): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0090 a0001c0003t0001g0056 a0001c0005t0001g0086 a0002c0002t0001g0043	12	100	0.1200	7	c.308 others(26): Show c.308-64326_308-64320dupAAAAAAA	KCNH7	ENSG00000184611.14	transcript	ENST00000332142.10	protein_coding	2/15			chr2	TogoVar
KCNH7_chr2_162366407_162843767	162621252	C C	CTTTTTTT CTTTTTTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00735.hp2 others(18): Show HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00735.hp2 HG01106.hp2 HG01261.hp1 HG01261.hp2 HG02145.hp2 HG02523.hp1 HG02523.hp2 HG02622.hp2 HG02717.hp1 HG02886.hp1 HG03195.hp2 NA18959.hp2 NA18977.hp1 NA18991.hp2 NA19004.hp1 NA19084.hp2 NA20129.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 others(2): Show a0001c0001 a0001c0003 a0001c0005 a0001c0006 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001 others(2): Show a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0001c0005t0001 a0001c0006t0001 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0046 others(18): Show a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0098 a0001c0003t0001g0028 a0001c0003t0001g0056 a0001c0003t0001g0097 a0001c0005t0001g0086 a0001c0006t0001g0042 a0002c0002t0001g0014 a0002c0002t0001g0038 a0002c0002t0001g0043 a0002c0002t0001g0044 a0002c0002t0001g0072 a0002c0002t0001g0082	21	100	0.2100	7	c.308 others(26): Show c.308-84179_308-84173dupAAAAAAA	KCNH7	ENSG00000184611.14	transcript	ENST00000332142.10	protein_coding	2/15			chr2	TogoVar
KCNH7_chr2_162366407_162843767	162739897	A A	ATTGATTT ATTGATTT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00735.hp2 HG02055.hp1 HG02132.hp1 others(23): Show HG00735.hp2 HG02055.hp1 HG02132.hp1 HG02523.hp2 HG02615.hp1 HG02717.hp1 HG02886.hp1 HG02965.hp2 HG02970.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp2 HG03130.hp1 HG03139.hp1 HG03195.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03486.hp2 HG03516.hp1 NA18906.hp2 NA18965.hp2 NA18977.hp2 NA18982.hp2 NA19004.hp1 NA19043.hp2 NA20129.hp1 NA20129.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002 a0001c0001 a0001c0003 a0002c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0003 others(1): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0003t0003 a0002c0002t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 others(23): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0007 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0023 a0001c0001t0001g0037 a0001c0001t0001g0048 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0002g0001 a0001c0003t0003g0100 a0002c0002t0001g0034 a0002c0002t0001g0043 a0002c0002t0001g0044 a0002c0002t0001g0063 a0002c0002t0001g0072 a0002c0002t0001g0082	26	100	0.2600	7	c.307 others(26): Show c.307+96639_307+96640insAAATCAA	KCNH7	ENSG00000184611.14	transcript	ENST00000332142.10	protein_coding	2/15			chr2	TogoVar
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