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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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NEMF_chr14_49777083_49857788	49806257	T T	TATATATA TATATATA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG00741.hp2 others(10): Show HG00642.hp2 HG00735.hp1 HG00741.hp2 HG01167.hp2 HG01168.hp1 HG01952.hp1 HG01993.hp2 HG02055.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG03041.hp2 HG03239.hp1 HG03942.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0004 a0001c0001 a0001c0004	a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0004t0002 a0001c0001t0001 a0001c0001t0003 a0001c0004t0002	a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0128 others(10): Show a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0125 a0001c0001t0001g0128 a0001c0001t0001g0131 a0001c0001t0001g0132 a0001c0001t0001g0134 a0001c0001t0001g0144 a0001c0001t0001g0149 a0001c0001t0003g0179 a0001c0001t0003g0187 a0001c0001t0003g0193 a0001c0001t0003g0195 a0001c0004t0002g0029	13	222	0.0586	7	c.174 others(24): Show c.1745-125_1745-124insTATATAT	NEMF	ENSG00000165525.18	transcript	ENST00000298310.10	protein_coding	18/32			chr14	TogoVar
NENF_chr1_212427920_212451379	212440251	C C	CAAAAAAA CAAAAAAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01175.hp2 others(48): Show HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01175.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01261.hp2 HG01358.hp2 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01975.hp1 HG01978.hp2 HG02293.hp1 HG02486.hp2 HG02572.hp2 HG02723.hp2 HG02896.hp1 HG02970.hp1 HG03239.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03710.hp1 HG03927.hp1 HG04228.hp1 NA18940.hp1 NA18943.hp2 NA18946.hp1 NA18951.hp1 NA18954.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18963.hp1 NA18963.hp2 NA18977.hp2 NA18982.hp1 NA18987.hp2 NA18993.hp2 NA18995.hp2 NA18998.hp1 NA18999.hp2 NA19009.hp1 NA19057.hp1 NA19057.hp2 NA19070.hp1 NA19074.hp2 NA19078.hp1 NA19079.hp1 NA19082.hp2 NA19086.hp2 NA19087.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0001c0003 a0003c0008 a0001c0001 a0001c0003 a0003c0008	a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0003c0008t0001 a0001c0001t0001 a0001c0003t0001 a0003c0008t0001	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 others(25): Show a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0011 a0001c0001t0001g0012 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0033 a0001c0001t0001g0052 a0001c0001t0001g0067 a0001c0001t0001g0114 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0150 a0001c0001t0001g0158 a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0161 a0001c0001t0001g0163 a0001c0001t0001g0169 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0193 a0001c0001t0001g0194 a0001c0001t0001g0196 a0001c0001t0001g0197 a0001c0001t0001g0221 a0001c0001t0001g0223 a0001c0001t0001g0225 a0001c0003t0001g0036 a0001c0003t0001g0113 a0001c0003t0001g0198 a0003c0008t0001g0164	51	416	0.1226	7	c.178 others(24): Show c.178-2305_178-2299dupAAAAAAA	NENF	ENSG00000117691.10	transcript	ENST00000366988.5	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
NENF_chr1_212427920_212451379	212440415	A A	ACCTTATT ACCTTATT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp2 others(80): Show HG00423.hp1 HG00438.hp1 HG00544.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00733.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01255.hp2 HG01346.hp2 HG01934.hp1 HG01952.hp2 HG01975.hp2 HG01981.hp2 HG01993.hp1 HG01993.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02040.hp2 HG02071.hp2 HG02074.hp2 HG02080.hp1 HG02083.hp2 HG02132.hp1 HG02135.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp2 HG02300.hp2 HG02523.hp2 HG03831.hp2 HG04184.hp1 NA18747.hp1 NA18747.hp2 NA18939.hp2 NA18940.hp2 NA18941.hp1 NA18945.hp1 NA18950.hp2 NA18952.hp1 NA18953.hp1 NA18953.hp2 NA18956.hp1 NA18957.hp1 NA18961.hp1 NA18968.hp1 NA18968.hp2 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18971.hp1 NA18971.hp2 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18982.hp2 NA18983.hp2 NA18987.hp1 NA18991.hp2 NA18995.hp1 NA18999.hp1 NA19001.hp2 NA19006.hp1 NA19009.hp2 NA19010.hp1 NA19012.hp2 NA19054.hp2 NA19056.hp1 NA19059.hp1 NA19060.hp1 NA19060.hp2 NA19062.hp1 NA19063.hp1 NA19064.hp1 NA19066.hp1 NA19068.hp2 NA19074.hp1 NA19076.hp1 NA19081.hp1 NA19085.hp1 NA19085.hp2 NA19090.hp2 NA19091.hp1 NA19091.hp2	a0001 a0002 a0001 a0002	a0001c0001 a0002c0007 a0001c0001 a0002c0007	a0001c0001t0001 a0002c0007t0001 a0001c0001t0001 a0002c0007t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0014 others(47): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0031 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0064 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0069 a0001c0001t0001g0070 a0001c0001t0001g0071 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0075 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0079 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0086 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0088 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0102 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0104 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0130 a0001c0001t0001g0171 a0001c0001t0001g0172 a0001c0001t0001g0173 a0002c0007t0001g0063	83	416	0.1995	7	c.178 others(24): Show c.178-2147_178-2146insTATTCCT	NENF	ENSG00000117691.10	transcript	ENST00000366988.5	protein_coding	1/3		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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