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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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FBXL13_chr7_102806189_103079796	103054157	G G	GGCAATCT GGCAATCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp2 others(110): Show HG00140.hp1 HG00323.hp2 HG00438.hp2 HG00544.hp1 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00642.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01070.hp2 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01123.hp2 HG01169.hp1 HG01175.hp1 HG01175.hp2 HG01243.hp2 HG01257.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp1 HG01515.hp2 HG01517.hp1 HG01891.hp2 HG01928.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02027.hp1 HG02056.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02148.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02257.hp1 HG02273.hp1 HG02300.hp2 HG02523.hp2 HG02602.hp1 HG02809.hp2 HG02818.hp1 HG02886.hp2 HG02896.hp2 HG02897.hp2 HG03130.hp2 HG03139.hp1 HG03239.hp2 HG03471.hp1 HG03491.hp1 HG03492.hp1 HG03516.hp2 HG03654.hp2 HG03669.hp1 HG03688.hp2 HG03831.hp2 HG03834.hp1 HG03942.hp2 HG04115.hp2 HG04184.hp2 HG04199.hp1 HG04199.hp2 NA18522.hp2 NA18940.hp1 NA18942.hp1 NA18944.hp2 NA18945.hp2 NA18949.hp1 NA18950.hp1 NA18951.hp2 NA18955.hp2 NA18957.hp2 NA18959.hp1 NA18960.hp1 NA18961.hp2 NA18962.hp1 NA18965.hp1 NA18966.hp1 NA18969.hp2 NA18970.hp2 NA18972.hp2 NA18973.hp2 NA18975.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp2 NA18989.hp2 NA18993.hp2 NA18998.hp2 NA19001.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp2 NA19006.hp2 NA19007.hp2 NA19009.hp2 NA19010.hp1 NA19011.hp1 NA19056.hp1 NA19058.hp1 NA19062.hp1 NA19064.hp1 NA19070.hp2 NA19072.hp1 NA19077.hp2 NA19078.hp1 NA19080.hp1 NA19090.hp1 NA20300.hp2 NA20805.hp2 NA20905.hp1 NA21309.hp1	a0001 a0006 a0009 a0001 a0006 a0009	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 others(2): Show a0001c0001 a0001c0002 a0001c0006 a0006c0007 a0009c0020	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 others(8): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0004 a0001c0001t0006 a0001c0002t0001 a0001c0002t0009 a0001c0002t0020 a0001c0002t0021 a0001c0006t0001 a0006c0007t0001 a0009c0020t0001	a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0005 others(110): Show a0001c0001t0001g0003 a0001c0001t0001g0004 a0001c0001t0001g0005 a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0008 a0001c0001t0001g0009 a0001c0001t0001g0014 a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0016 a0001c0001t0001g0017 a0001c0001t0001g0018 a0001c0001t0001g0019 a0001c0001t0001g0020 a0001c0001t0001g0021 a0001c0001t0001g0022 a0001c0001t0001g0024 a0001c0001t0001g0025 a0001c0001t0001g0026 a0001c0001t0001g0027 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0030 a0001c0001t0001g0032 a0001c0001t0001g0034 a0001c0001t0001g0036 a0001c0001t0001g0038 a0001c0001t0001g0039 a0001c0001t0001g0041 a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0043 a0001c0001t0001g0047 a0001c0001t0001g0050 a0001c0001t0001g0051 a0001c0001t0001g0053 a0001c0001t0001g0054 a0001c0001t0001g0055 a0001c0001t0001g0056 a0001c0001t0001g0058 a0001c0001t0001g0059 a0001c0001t0001g0060 a0001c0001t0001g0061 a0001c0001t0001g0062 a0001c0001t0001g0065 a0001c0001t0001g0068 a0001c0001t0001g0072 a0001c0001t0001g0073 a0001c0001t0001g0074 a0001c0001t0001g0076 a0001c0001t0001g0077 a0001c0001t0001g0078 a0001c0001t0001g0080 a0001c0001t0001g0081 a0001c0001t0001g0082 a0001c0001t0001g0083 a0001c0001t0001g0084 a0001c0001t0001g0085 a0001c0001t0001g0087 a0001c0001t0001g0089 a0001c0001t0001g0090 a0001c0001t0001g0091 a0001c0001t0001g0092 a0001c0001t0001g0093 a0001c0001t0001g0096 a0001c0001t0001g0097 a0001c0001t0001g0099 a0001c0001t0001g0100 a0001c0001t0001g0101 a0001c0001t0001g0103 a0001c0001t0001g0107 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0110 a0001c0001t0001g0116 a0001c0001t0001g0118 a0001c0001t0001g0119 a0001c0001t0001g0120 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0124 a0001c0001t0001g0245 a0001c0001t0001g0246 a0001c0001t0002g0037 a0001c0001t0002g0046 a0001c0001t0002g0048 a0001c0001t0002g0049 a0001c0001t0002g0075 a0001c0001t0002g0104 a0001c0001t0002g0121 a0001c0001t0004g0070 a0001c0001t0004g0109 a0001c0001t0006g0102 a0001c0002t0001g0067 a0001c0002t0001g0086 a0001c0002t0001g0098 a0001c0002t0001g0105 a0001c0002t0001g0106 a0001c0002t0001g0122 a0001c0002t0009g0094 a0001c0002t0020g0095 a0001c0002t0021g0088 a0001c0006t0001g0013 a0001c0006t0001g0033 a0001c0006t0001g0035 a0001c0006t0001g0040 a0001c0006t0001g0044 a0001c0006t0001g0045 a0001c0006t0001g0057 a0001c0006t0001g0063 a0001c0006t0001g0064 a0001c0006t0001g0066 a0001c0006t0001g0069 a0001c0006t0001g0071 a0001c0006t0001g0079 a0006c0007t0001g0052 a0009c0020t0001g0031	113	328	0.3445	7	c.270 others(22): Show c.270+930_270+931insAGATTGC	FBXL13	ENSG00000161040.19	transcript	ENST00000440067.4	protein_coding	3/20			chr7	TogoVar
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FBXL13_chr7_102806189_103079796	103060064	A A	ATATATAC ATATATAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00438.hp1 HG00621.hp2 HG02155.hp1 others(5): Show HG00438.hp1 HG00621.hp2 HG02155.hp1 HG04184.hp1 NA18957.hp1 NA18962.hp2 NA19005.hp1 NA19058.hp2	a0003 a0004 a0003 a0004	a0003c0004 a0004c0005 a0003c0004 a0004c0005	a0003c0004t0001 a0004c0005t0001 a0003c0004t0001 a0004c0005t0001	a0003c0004t0001g0164 a0003c0004t0001g0191 a0003c0004t0001g0221 others(5): Show a0003c0004t0001g0164 a0003c0004t0001g0191 a0003c0004t0001g0221 a0004c0005t0001g0163 a0004c0005t0001g0165 a0004c0005t0001g0166 a0004c0005t0001g0185 a0004c0005t0001g0188	8	328	0.0244	7	c.76- others(22): Show c.76-4318_76-4317insGTATATA	FBXL13	ENSG00000161040.19	transcript	ENST00000440067.4	protein_coding	1/20			chr7	TogoVar
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