Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CROCC2_chr2_240901336_240998311	240923662	T T	TCCCCCAC others(881): Show TCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTGACCCGGCCCCCACACTGACCC GGCCCCCCACACTGACCCGGCCCCCACACTGACCCGGCCCCCCACACTAA CCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTGACCCGGCCCCCACACT GACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTGACCCAGCCCCCACAC TAACCCAGCCCCCCACACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCAGTCCCCAC ACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCA CACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCAGCCCC CACACTGACCCAGTCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCC CCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAG CCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACC CGGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAGTCCCCACACTAAC CCAGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACT AACCCAGTCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCAC ACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAGCCCCC ACACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCC CCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCAGT CCCCACACTAACCCAGCCCCCAACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCC GGCCCCCAACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCAGCC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18970.hp2 NA18970.hp2	a0002 a0002	a0002c0002 a0002c0002	a0002c0002t0002 a0002c0002t0002	a0002c0002t0002g0264 a0002c0002t0002g0264	1	350	0.0029	888	c.488 others(905): Show c.488+1021_488+1022insCACACTAACCCGGCCCCCACACTGACCC GGCCCCCACACTGACCCGGCCCCCCACACTGACCCGGCCCCCACACTGAC CCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACT GACCCGGCCCCCACACTGACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACAC TGACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCCACACTAACCCAGTCCCCAC ACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCA CACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCC CACACTAACCCAGCCCCCACACTGACCCAGTCCCCACACTAACCCGGCCC CCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAG CCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCC GGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCAGCCCCCACACTAAC CCAGTCCCCACACTAACCCAGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACT AACCCAGCCCCCACACTAACCCAGTCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACA CTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCACACTAACCCGGCCCCCC ACACTAACCCAGCCCCCACACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCGGCCCC CACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCCACACTAACCCAGT CCCCACACTAACCCAGTCCCCACACTAACCCAGCCCCCAACACTAACCCG GCCCCCCACACTAACCCGGCCCCCAACACTAACCCGGCCCCCACACTAAC CCAGCCCCCC	CROCC2	ENSG00000226321.6	transcript	ENST00000690015.1	protein_coding	4/31		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr2	TogoVar
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