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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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MSR1_chr8_16102881_16197651	16189622	A A	ATATTTTA others(822): Show ATATTTTATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATTTTATATATATA TAAAATCTTATTTTATATATATTTTATATATATTTTATATATATATAAAA TCTTACTTTATATTTTATATATATGAAATCTTACTTTATATATATTTTAT ATATATATAAAATCTTACTTTATATATATTTTATATATATAAAATCTTAT TTTATATATATAAAATCTTATTTTATATATATTTTATATATATATAAAAT CTTATTTTATATATATTTTATATATATATAAAATCTTATTTTATATATAT TTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATATATTTTATATATATATAAA ATAAGATTTTATATATATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATAT ATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATATATTTTATATATATATA AAATAAGATTTTATATATATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATAT ATATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATAAAATAAGAT TTTATATATATTTTATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATATAAA ATAAGATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATAAAATAA GATTTTATATATATATAAAATATATATAAAATAAGATTTTATATATATAT AAAATAAGATTTTATATATATAAAATATATATAAAATCTTATTTTATATA TATTTTATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAATCTTATT TTATATATATTTTATATATATATAAAATCT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG03834.hp1 HG01256.hp1 HG01258.hp1 HG03834.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035 a0001c0001t0001 a0001c0001t0034 a0001c0001t0035	a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0034g0176 a0001c0001t0035g0175 a0001c0001t0001g0174 a0001c0001t0034g0176 a0001c0001t0035g0175	3	330	0.0091	829	c.-5+ others(844): Show c.-5+2975_-5+2976insAGATTTTATATATATATAAAATATATATAA AATAAGATTTTATATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATAAAATA TATATAAAATAAGATTTTATATATATTTTATATATATAAAATCTTATTTT ATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATTTTATATATATATAAAATC TTATTTTATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAATCTTAT TTTATATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATAAAATATATATAAA ATCTTATTTTATATATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAATAT ATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAATATATATAAAATCTTATTT TATATATATATAAAATATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAAT ATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAAATATATATAAAATCTTAT TTTATATATATATAAAATATATATAAAATCTTATTTTATATATATATAAA ATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATAAAATATATATAAAATAAG ATTTTATATATATATAAAATATATATAAAATAAGATTTTATATATATAAA ATAAGATTTTATATATATAAAATATATATAAAGTAAGATTTTATATATAT ATAAAATATATATAAAGTAAGATTTCATATATATAAAATATAAAGTAAGA TTTTATATATATATAAAATATATATAAAATATATATAAAATAAGATTTTA TATATATATAAAATATATATAAAATAAGATTTTATATATATATAAAATA	MSR1	ENSG00000038945.15	transcript	ENST00000262101.10	protein_coding	1/9			chr8	TogoVar
NAALADL2_chr3_174854334_175815548	175670512	A A	AATTTATA others(822): Show AATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAA TGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTACATTAAATGTAAATTTAATA TATTTATATTAAATTTACATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAA TTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATG TAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATA TTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATT TATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTA AATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATT TATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTA TATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAA TTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTA TATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATA TTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATT TAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATA TTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATT AAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTA ATATATTTATATTAAATGTAAAATTAATAT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01884.hp1 HG01884.hp1	a0002 a0002	a0002c0005 a0002c0005	a0002c0005t0005 a0002c0005t0005	a0002c0005t0005g0009 a0002c0005t0005g0009	1	64	0.0156	829	c.189 others(850): Show c.1896+43150_1896+43151insATATTTATATTAAATTTATATTAA ATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTACATTAAATGTAAATTTAAT ATATTTATATTAAATTTACATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAA ATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAAT GTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATAT ATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAAT TTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGT AAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATAT TTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTT ATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAA ATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTT ATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTAT ATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAAT TTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTAT ATTAAATTTATATTAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATAT TAAATGTAAATTTAATATATTTATATTAAATTTATATTAAATGTAAATTT AATATATTTATATTAAATGTAAAATTAATATATTTATATTAAATGTAAAT TTAAT	NAALADL2	ENSG00000177694.16	transcript	ENST00000454872.6	protein_coding	11/13		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
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