Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ROBO2_chr3_77035099_77654964	77322971	T T	TTATATTA others(970): Show TTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAAT ATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATAT AATATATTATATTATATTATGGATAATCTAATATATTATATTATATTATG GATAATCTAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATT ATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTAT GGATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAAT ATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATTAT ATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGG ATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAATAT ATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATAT TATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTA TATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATA TTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAGTATATTATGGA TAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATA ATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAAT ATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATAT TATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAA TATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATA TTATGGATAATATAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATT ATATTATATTATGGATAATATAATATAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG00140.hp2 HG00140.hp2	a0001 a0001	a0001c0002 a0001c0002	a0001c0002t0001 a0001c0002t0001	a0001c0002t0001g0020 a0001c0002t0001g0020	1	160	0.0063	977	c.389 others(998): Show c.389-154406_389-154405insGGATAATATAATATATTATATTAT ATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATAT TATATTATGGATAATCTAATATATTATATTATATTATGGATAATCTAATA TATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATA ATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATT ATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTAT GGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAAT ATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATATTAT ATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGG ATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGAT AATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAA TATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATA TAATATATTATATTATGGATAATATAGTATATTATGGATAATATAATATA TTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATT ATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTAT ATTATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATAT AATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATAA TATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATATTATGGATAATA TAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATATTAT GGATAATATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATAT TAT	ROBO2	ENSG00000185008.19	transcript	ENST00000696593.1	protein_coding	2/27		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
ROBO2_chr3_77035099_77654964	77322971	T T	TTATATTA others(970): Show TTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAAT ATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATAT AATATATTATATTATATTATGGATAATCTAATATATTATATTATATTATG GATAATCTAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATT ATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATA ATATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAAT ATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTAT GGATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAAT ATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATAT ATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATAT TATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAGTATATTA TGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATG GATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGA TAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATA ATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAAT ATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATAT TATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAA TATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATA TTATGGATAATATAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATT ATATTATATTATGGATAATATAATATAA	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA20905.hp1 NA20905.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0039 a0001c0001t0039	a0001c0001t0039g0063 a0001c0001t0039g0063	1	160	0.0063	977	c.389 others(998): Show c.389-154406_389-154405insGGATAATATAATATATTATATTAT ATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATAT TATATTATGGATAATCTAATATATTATATTATATTATGGATAATCTAATA TATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATA ATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATT ATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTAT GGATAATATATTATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATATT ATATTATGGATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTAT GGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGG ATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGAT AATATAATATATTATATTATGGATAATATAGTATATTATGGATAATATAA TATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATA TATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATA TTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATT ATATTATGGATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTAT ATTATGGATAATATAATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATAT AATATATTATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATAA TATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATATTATGGATAATA TAATATATTATATTATATTATGGATAATATAATATATTATATTATATTAT GGATAATATAATATAATATATTATATTATGGATAATATAATATATTATAT TAT	ROBO2	ENSG00000185008.19	transcript	ENST00000696593.1	protein_coding	2/27		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr3	TogoVar
SCNN1D_chr1_1275436_1297025	1284170	G G	GGGGGGGT others(970): Show GGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGTTGGGGGGGTTGAGTGAGGGGGGT GGGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGGTGGGGTGGGGGGGGTT GGTGAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGG TGGGGGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGTGTTGGGTGAGGGGTTGGGTTGG GTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGAGTGAGG GGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGG GGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGG GTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGTGGGGGGGGGGTGGGTGAGGGGGGGTGGG GGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGTGGGGGGTTGGGT GAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGTGG GGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGG GTGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGGGGGGTG GGTGAGGGGGGTGGGGTGGGGGGTGAGTGGGGGGGGTGGGGGGTTGGGTG AGGGGTTGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGG GGGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGT TGAGTGAGGGGGGGGGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGTGGGGTTGGGGGGGT TGAGTGGGGGGGTGGGGGGGTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGG TGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGTGGGGGGGTTGGTGGGGGGGTG GGGTGTGGGTGAGGGGTTGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGGTGGGG TGAGGGGGGGGGGGTGGGGGGGTTGAGT	intron_variant intron_variant	MODIFIER	NA18967.hp1 NA18967.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0160 a0001c0001t0001g0160	1	290	0.0035	977	c.464 others(990): Show c.464+91_464+92insTGAGGGGGGTGGGGTTGGGGGGGTTGAGTGAG GGGGGTGGGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGGTGGGGTGGGG GGGGTTGGTGAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGG GTGGGGTGGGGGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGTGTTGGGTGAGGGGTTG GGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGA GTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGG GGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTG GGGGGGGTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGTGGGGGGGGGGTGGGTGAGGGGG GGTGGGGGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGTGGGGGG TTGGGTGAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTG GGGTGGGGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGGGGGGTTGGGT GAGGGGGTGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGTTGGGTGAGGGGGTTGGG GGGGTGGGTGAGGGGGGTGGGGTGGGGGGTGAGTGGGGGGGGTGGGGGGT TGGGTGAGGGGTTGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGG GGGTGGGGGGGTTGAGTGAGGGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGG GGGGGTTGAGTGAGGGGGGGGGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGTGGGGTTGG GGGGGTTGAGTGGGGGGGTGGGGGGGTGGGTGGGGGGTTGGGTGAGGGGG GTGGGGTGGGGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGTGGGGGGGTTGGTGGG GGGGTGGGGTGTGGGTGAGGGGTTGGGGTTGGGTGAGGGGGGTGGGGGGG GTGGGGTGAGGGGGGGGGGGTGGGGGGGTTGAGTGGGGGGTTGGG	SCNN1D	ENSG00000162572.21	transcript	ENST00000379116.10	protein_coding	5/17		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
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