Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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PPFIA1_chr11_70265690_70389396	70371393	T T	TGGTGGCG others(7905): Show TGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGT TGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTCTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTG TTGTTGGGTGGATTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATAT TCTGTTGTTGGGTAGCGTGCTCTGTCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCT ATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTTTTGGGTGGATTG TATATTCTGGTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGT GTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAATGTTGTCTATTCTGTTGTTGGGTG GATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTTTATATTCTGTTGTTA GGTAGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTTTGTT GATGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTT GTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTC TGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTAA ATTCCGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTTTTGGGTGGATTGTT CTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGT GTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCCGTTGTTGGGTG GATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTGTATTCCGTTGTTG GTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGT TGGTGCAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGCAGTGTTCTATATTCTGTT GTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCCGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTC CGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTAT ATTCTGTTGTTGGTGTGGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGGAGTGTTCT ACATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTG TTCTATATTCCGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTGTGTTGTTGGGTGGA TGTTCTATATTCCGTTGTTGGATGGCATGTTCTATCTTCCATTATTGGGT GGATTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTT GGGTGGCATGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTGTCTTCTGT TGTTGGGTGGCGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATCTT CTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGCGCGGCATGTTCTG TATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGT CCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGTGGTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGA GTGTTCTGTATTCTGTTGTGTGGAATGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGG ATTGTTGTATATTCTCTTGTTCGGTGGCGTGTTTTATATTCTGTTGTTGA GTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATATTCTGTTG TTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCT GTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATA TTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATCTTCTGTTGTTGCGTGGCGTGTTC TATCTTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCTT 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ATATTTTGTTGGTGGAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAGTGTTGT ATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTG TTCTATAATCTCTTGCTAGGTAGAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGG CGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGTGGGGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGT GGAGTGTTCTGTATTCTGTTGGTTGGAGTGTTCTACTATTGTTGGGTGGA GTGTTCTATCTTCTGTTGGGTGGAGTGTTCTGCTGTTGTTGGGTGGCGTG TTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGG CGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGG TAGTGTGTTCTATATTCTCTTGTTGGGTGGCGCGTTCTATATTCTCTTGT TGGGTGGCGCGTTCTATATTCTGTTGCTGGGGGGATTGTTGTATATTCTG TTGGGTGGAGTGTTCTATCTTCCGTTGTTAGGTGAAGTGTTCTATATTCT GTTGTTGAGTGGAGCATTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGTGTTCTATC CTCTGTTGTTGGGTAGAGCATTCTATCCTCTGTTGTTGGGTGGAGGGTTC TGTCTTCTGTTGTTAGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATT GTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTG GCGTGTTCTAAATTCCGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTTTTG GGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTG TTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCC GTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTGTA 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