Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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TGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGT TGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGT GGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTT GGTAGTATTGCTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTG GTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGG TTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTACTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTG GTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGT GGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTACTACTGTTGGTGGTGGTG GTGGTGGTTGGTAGTACTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTA CTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGG TGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTAC TACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTACTACTGTTGGTGGTGGT GGTGGTGGTTGGTAGTACTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATG GTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGA TGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAG TATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGT GGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTT GGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTG GTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTG GTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGG TGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGG TAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGT GGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTT GGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTG GTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGG TTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTG GTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTA CTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGT GGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTATTGGTGGTGATG GTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGA TGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAG TATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGT GATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGT AGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTG ATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTA GTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGG TGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGT TGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTT GGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTG GTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGG TGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTAGTTGGTAG 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TAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTT AGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGT GGATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATA GGGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTG GATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGG ATAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGTTAGGGTGGATAGG GTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGA TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGAT AGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGT GGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATA GGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTG GTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGG ATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGG GTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGA TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG 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TAGTGGTAGTGGGTAGTGTAGTTGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTA GTAGTGGTGAGTGGTGGTAGTAGTAGTGTGGTGTGTAGTAGGTAGTAGGT GGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTTGTGGTGGTAGTTGTGGTAGTGG TGAGTGGTGGTAGTGGTAGGTGGTAGTCAGTTAGTGGTGGTGGTGGTAGT GGTGGTGGTGGTAGTAGTCGGTGGTAGTAGTGGTGTGAGTAGTGGAATAG TAGTGGTGGTGGTAGTATGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTA GTGGTGGTGGTAGTGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTA GTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGT AGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTTGTAGTGGTTGTGGTGGTAG TAGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAG TGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTATGTGTGGTAGTTGTAGTAGTGGTG GTGGTAGTAGTGGTGGTGGTTGTAGTGGGTGGTAGTAGTGGTATTGTAGT GGTGGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTGGT TGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTGGTGGTGG TGGTGGTAGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGGTGGTGGTAGTGGT GGTGGTGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGT GGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGG 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GGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAG TGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGT AGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGG TGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTA GTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGT GGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAG TGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTA GTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGT GGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTTAGTGGTG GTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGG TAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTG GTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTAGTAGTGGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGG TGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGT GGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGG TGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTG 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