Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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MUC6_chr11_1007823_1041718	1017981	T T	TGTGATGG others(8773): Show TGTGATGGGGTTGGATAGGTAGTGGTGGTCTGGAAGGATGTTGCAGTCAT AGGACCTGTGGAAGAGAAGGGACTGCTCCCTGTAGGTGAGGAGTGTGTGG TGAAGGGTGTGGTTAGCCTGCTGCTGGTGGCTGAGGTGGTGTGGGCCACA GGGGTGCCGGTTCCTGGACTGGTGGGATTGGGGGTGATGGCGGTAGAAGT TGGGGTGACTTCAGGAAGGTGTGTGGAGGAAGTTTGTGAATGTAGGGATG TAGAGGTTTTGGCTGTGTTGAATGAGCTCAGGGCTTGGCTCGTCCCGCTG GTGGTCGGCGTCATTGTTGGCGCTGTGTGGGTGGACCCTGTGGCCTTGAG CGTTGTTGGTGGAGGAACGGTGCCTGTTGGCGTTGAGTGGATGGAGGCAG AAGTGGCCATCTGTGTGTGGGTAGTGATGATGACTGTGTGAGTACTTGGA GTCACCAAGGAGGTGGAGAAAGGTGGAATGTGAGTGGGAAGTGTGGTCTG AGGGTGTGATGGGGTTGGATAGGTAGTGGTGGTCTGAAAGGATGTTGCAG TCATAGGACCTGTGGAAGAGATGGGACTGCTCCCTGTAGGTGGGGAATGT GTGGTGAAGGGTATGGGTAGCCTGCTGCTGGTGGCCGAGGTGGTGTGGGC CACAGGGGTTCTGGTGCCTGTACTGGTGTGGTTGGGGGTGATGGTGGTGG TAGAAGTTGGGGTGACTTCAGGATGATGTGTTGAGGAAATGTGTGAATGT AGGGATGTAGAAGTTTTGGCCGTGCTAAATGAGCTTGGGGATTGGCTGGT CCCACTGGTGGTTGCCGTCATTGGTGGGGCTGTGTGGGTGGACCCTGTGG CCTTGATCGTGGTCGGTGGAGGAATAGTGCCTGTTGGCATTGAGTGGATG 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GGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATA GGATGGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGATAGGATG GTTAGGGTGGACAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGG ACAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGTTAGG GTGGACAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGA TAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGG TGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGAT AGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGTTAGGGTGGACAGGGT GGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATA GGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTG GAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAG GGTGGATAGGGTGGATAGGATGGTTAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGG TTAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGG GTGGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGA CAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGACAGGGTGGTTAGGGTGGACAGGG TGGACAGGGTGGACAGGGTGGTTAGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGAC AGGGTGGTTAGGGTGGATAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGTGGAGAGGGT GGATAGGGTGGATAGGGTGGATAGGGTGGACAGGGTGGATAGGGTGGACA 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TTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTG GTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTA CTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGG TGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTAT TACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGT GGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATG GTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGG TGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTAT TACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGT GGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATT ACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTG GTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTA CTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGT GGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGT AGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTG GTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTG GTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGG TGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAG TATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGT GATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGT AGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTG GTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTG GTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGG TGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAGTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGT TGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTT GGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGT GGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTG GTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTA CTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGG TGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTAT TACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGAT GGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGT ATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATG GTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTTTTGGTGGTGATGG TGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTAC TGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGT GGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTG TTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAG TTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGT TGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGT GGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACT GTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTG 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ATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTG ATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGG TGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAG TATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGT GATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGT ATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTG ATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTA GTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGG TGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGG TAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGT GGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTT GGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTG GTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTG GTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGG TGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGT TGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTT GGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTG GTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTG 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