Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DLEC1_chr3_38034208_38129025	38084560	A A	AGTAGTGG others(9288): Show AGTAGTGGGGGGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTAGTAGT AGTAGTGGTGGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGGGGGGT GGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTG GTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGT TGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGG TGGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTAGTGGTGGTGGT GGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGG TTGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTG GTGATGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGT GGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGG TGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTG GTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT AGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAA TAGTAGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTA GTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGT AGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGG TTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTCAGT 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AGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTA GTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGG TGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTA GTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGT AGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTG GTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTTGGTAGTAGTGGTAG TAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTA GTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGG TGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTG GTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTTGGGTGGTGGTAGTAG TAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTA GTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT GGTGGTAGTGGTGGTGGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTA 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TAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTG GTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGT GGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAG TGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTG GTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGT AGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAG TAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTG GTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTTG TGGTTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGT GGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGGGTGGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTTAGTAGTAGTG GTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGT AGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAG TAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTG GTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGT GGTTGGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGG TAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGGTGGTAGTAGTAGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTGGTTGTGGTTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT GGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGG TGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGGTGGTGGTGGTAGT AGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGGTGGTG GTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTTAGTAGTAGTGGTGG TGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTG GTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGT GGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGGT AGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAG TGGTGGTAGTAGTGGTATTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTT GTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGT GGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTAGTGGTAATAG TAGTAGTGGTGGTTGTGGTAGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTA GTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTAGTTAGTAG TGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTA GTAGTGGTAATAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGT AGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTA 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TAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTG GTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGT AGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTTG TGGTGGTAGTAGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGT GGTGGTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGT AGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGG TGGTGGTGGTAGTAGTGGTTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT GGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTA GTGGTGGTAGGTGGTAGTAGTAGTGGTTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAG TAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGGTAGTGGTAGT GGTGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGT GGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGG TAGTAGTAGTGGTTGGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGT TGGTAGTAGTAGTGGTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGGTAGTAGTAGTG GTGGTGGTGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAAGTGGTGGTGGTAGT AGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGG TTGTGGTGGTAGTAGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTG GTGGTTGTAGTAGTAGTGGTAGTGAGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTGGTG GTAGTGGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTGGTGGTGGTAGTAGTAGTAGTAGT 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