Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GALNT9_chr12_132191372_132334589	132241973	A A	ACACACCC others(5341): Show ACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTACACACACGCCACA CCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCC TTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCC GGAGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCAGGGGC CCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCC CTATACCCATTACACACACACCACACACCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATA CCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCAT TACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACGCCACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACA ACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACA CCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCC TTCCCGGAGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCA GGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGC CTTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCC CTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATA CCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCAT TACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACAACACACACCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACG CCACACACCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACA CCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCC TTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCC AGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGC CCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCC CTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGAGCCCTCCCTATA CCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCAT TACACACACAACACACACACTTCCCGGAGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACGCCACACACCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTAGACACACA ACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTACACACACGCCACA CCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCC TTCCCAGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCC GGAGCCCCCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGC CCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCC CTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATA CCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCAT TACACACACACCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACA CCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATCCCCATTACACACACAACACA 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ATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACC CATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTA CACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACAC ACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCC ACGCCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACGCC CCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACCCTT CCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGG GGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGGGGCCC TCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCT ATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACC CATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTA CACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACAC ACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG01106.hp2 HG01106.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0042 a0001c0001t0001g0042	1	183	0.0055	5348	c.107 others(5367): Show c.1077+5936_1077+5937insGTGTGTGTGTAATGGGTATAGGGAGG GCCCCGGGAAGGGGGTGTGGCGTGTGTGTAATGGGTATAGGGAGGGCCCC 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