Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DHRS4_chr14_23948770_23974279	23972839	C C	CAATAGAA others(5350): Show CAATAGAATCTAATAATTCAGTTCAAGGGAAGGTACTATGACTGGACATG CACGTAAGCCAGATTTATGTTTCTCTCCACCCAAACATCTCGGTGGAGTA AAGAATAACGAGGCAGCATTGCTGCAAACATGTCTCGCCTCCCACCATAG GGCGGTTTTTCTCTCATCTCAGAACTGAACAAATGTACAATCGGGATTTA TACCGAGACTTTTAGTTCCCAGGAGCAGGCAGGAGACAGTGGCCTTCCTC TATCTCAACTGCAAGAGGCCTTCCTTTTTTACTAACCCACCGCAGCACAG ACCCTTTATGGGTGTCGGGCTGGGGGACAGTCAGGTCTTTCTCATCCCAG GAGGCCATATTTCAGACTATCACATGGGGAGAAACCTTGGACAATACCCT GCTTTCAAGGGCAGAGGTCCCTGCGGCTTTCTGCAGTGCACTGTGCCCCT GGTTTATTGAGACTAGAGAATGGCGATGACTTTTACCAAGTATACTGCTT GTAAACATTTTGTTAACAAGGCACGTCCTACACAGTCCTAGATCCCTTAA ACCTTGATTTCATACAACACATGTTCTTGTGAGCTCCAGGTTGGGTCAAA GTGGTTGGGTCAAAGTGGCTGGGGCAAAGCTAAAAATTAACAACATCTCA GAAAAGCAATTATTTAAAGTACAGGTCTTTTTCAAAATGTAGTCTCTTAT GTCTTCCCTTTCTACATAGACACGGTAACAGTCTGATCTCTCTTTCTTTT CCCTACATATCCCCCTTTTCTTTTTGACAAAACTGTCATTGTCACCATGG CCTGTTTTTGCTGGTCACTGTCTTTCTGGAACTGCTGGATACACCTGTAG ACTAACAATAGAGAGGGCAGACATACAAGGATTAATACAAAATTTGCAAT AGTGGAATTTCCAATGGTTTTAACCCAAGTGATGGGGGCAAGAGGACAGT GTGGGTGCTCCGGCACCCAGGCAGTCTCCCTTCTCCTTTGTCTCTTAGTT GTTGTTTCTCATAGTTTTCAATCTTTCTCCTCACCTGCTCACTCGCACTT TTTGTTTCATTGTCTCCCTTCTCTTATGGTCTCTCTCTCTTTTTCTCTTT TTCTTCCTTTTACACTATTTCTTTTCCCAGTCTCACTTTCTGTGTCTCTC TCTGATCTCTGTCTTTCTCTTTTACATTATTTTTTTCCCCAGTCTCACCT TCTGTGTCTTTCTCTGATCTCTGTCTTTTCCAGTCTCTCTCTTACTCATT TTCTCCCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCATCCCGT GTCCTCTCTCCTTCACACTCAGTCTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTCCCTG GCTCTCCACATCTGCCGTTTTCTCTCCTTTCTCTTTCTGATTTCTCTTCT CACTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCCCAGTTTCTCTTTTTTCTCTGTTGGTC TTTCCCAAATAATGAAAAGGAGTGGAGGTCTGAATGTTATCAGATGCTAT TGTCAGGCCTGCGTTTGCAACCTCTGTCTGCAGAAATGTGTAACAGTCAA TTAATTTGTCTCTCGTTTCTGCAGCACTCAAAATATCATCAACATAATGA ATAATATAACAGTCTGAAAACTTGTCTCTAACTGGTTGAAGAACTTGAGC TACAAAAGTCTGACAAATAGTTGGACTATTAAGCATTCCCTGAGGCAACA CTTTCCGCTGAAATCTGGTGGCTGGTTTTTTATTATTTATGGCTGGTATA GTAAAAGCAAATTTTTTTAAATCCTATTTTGCCAGAGGAATGGTAAAAAC GCAATCCTTTAGCTCAATTATAATTAAAGGCCAATCTTTGGGGATCATGG CCGGAGAAAGCAGCCCAAGTTGGAGAGTCCCCATGGGTTGAATTACTGCA TTGATGGCTCTCAAATCAGTTAGGATGCACCATCTGCCTGATTTTTTCTG AATTACAAACGCAGGAGAATGCCAAGGTGAAAATGAAGGCTCAATGTTTC CCTTTTCTAATTGTTCCTTTGCCACTAAGTGTAAGGCCTCCAGTTTTTGC TTTGGTAGTGGCCACTGATTTACCCATACAGGCTTTTCTGTTTTCCCAGT TAATGGAATGGGTTTTGGAGGCTCTACAGTGGCCACTCCTAAAAAGGATA CCCTATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGATTTTTTTAGCCTCAATTGG GACTTTAATGCCTTCTCCATTTTTCCCTAGTCCTTTACCAGAGAGATATC CCATTTTAGTCATGATTTTTTGACTCGTGGGGCTGTATAGGGAGACTGGA ATAGTAATCTCTGCATGCCACTGTTCTAACAAGTCTCGGCCCCATAAGTT AATTGGAATAGAAATAATCATAGGCTGAACTGTACTCTCTTGATTATTAG GGCCTAGACAATGTAAAATCATGGCACTTTGATACACTTCTGAGGCGGTG CCCACACCAACAAATCCTGTAACAGGCTTTTGTTTAGGACAATTTTTGGC CATTGATTTAAGACAATAATAGAAACATCAGCCCCAGTAGCCACTAATCC TTCAAACTGCTTTCCCTGAATAGTGACTGTACACACAGGTCTATTCTCTG AGAGCTGACTAGCCCAATAAACAACTTTTCCAGCAGGGTTGGTACTTCCA AACCCTCCTGTTCTTTCTGTTTTGCTATTCCCAATTTTAATATAAGGCAA AAGCAATAATTGAGCAATTCTATCACCTGGATTGGCACTCCGGGAACAGC AGAGCTGATCACTAACTGAATTTCCCCTTTATAATCTGAATCAATTACCC 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AGTCTTTTAAATCTAAAGTTCCCTGTTCTGGAAACCATGGGCAGAATTGT TCTATTGTTTGAAATAGCATAATTAGATTCTCTGTAGAAGCTTAAACTCC CTGTCTTAAGAGAATTTTAATGAAGCTGAGATAAGAGGCATATTTACTTC CAGTTTGCCCCATTGTTACCCTGGATTCCTCCAAGTGCACAAGCTTACCG CAAGGCTGACCGTGGATGTACTCGGGAATCTCTTGTTGGCTGTCCTCAAT ACTCACTTAGCGTACTTTCACCCTAGAGAAAGGCCCCATGTTGGATGCCA GATGAAGGGGTGGCCTGCCCCTCCACACCTGTGGGTATTTCTAGTCAGGT GGGATGAGAGACTGAGAAAGAGAAATAAGACACAGAGACAAAGTATAGAG AAACAACAGTGGGCCGAGGGGACCGGCGCTCAGCATACCAAGGACCTGCA CCAGCACCGGTCTCTGAGTTCCCTCAGTTTTTATTGATTATTATTGTCAT TATTTCAGTAAAAAGGAATGTAGTAGGAGGGCAGGGTGATTATAAGGAGA AGGTCAGCAACAATCATGTGAGG	DHRS4	ENSG00000157326.19	transcript	ENST00000313250.10	protein_coding		3561	chr14	TogoVar
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