Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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DHRS4_chr14_23948770_23974279	23972839	C C	CAATAGAA others(5354): Show CAATAGAATCTAATAATTCAGTTCAAGGGAAGGTACTATGACTGGACATG CACGTAAGCCAGATTTATGTTTCTCTCCACCCAAACATCTCGGTGGAGTA AAGAATAACGAGGCAGCATTGCTGCAAACATGTCTCGCCTCCCACCATAG GGCGGTTTTTCTCTCATCTCAGAACTGAACAAATGTACAATCGGGATTTA TACCGAGACTTTTAGTTCCCAGGAGCAGGCAGGAGGCAGTGGCCTTCCTC TATCTCAACTGCAAGAGGCCTTCCTTTTTTACTAACCCACCGCAGCACAG ACCCTTTATGGGTGTCGGGCTGGGGGACAGTCAGGTCTTTCTCATCCCAG GAGGCCATATTTCAGACTATCACATGGGGAGAAACCTTGGACAATACCCT GCTTTCAAGGGCAGAGGTCCCTGCGGCTTTCTGCAGTGCACTGTGCCCCT GGTTTATTGAGACTAGAGAATGGCGATGACTTTTACCAAGTATACTGCTT GTAAACATTTTGTTAACAAGGCACGTCCTACACAGTCCTAGATCCCTTAA ACCTTGATTTCATACAACACATGTTCTTGTGAGCTCCAGGTTGGGTCAAA GTGGTTGGGTCAAAGTGGCTGGGGCAAAGCTAAAAATTAACAACATCTCA GAAAAGCAATTATTTAAAGTACAGGTCTTTTTCAAAATGTAGTCTCTTAT GTCTTCCCTTTCTACATAGACACGGTAACAGTCTGATCTCTCTTTCTTTT CCCTACATATCCCCCTTTTCTTTTTGACAAAACTGTCATTGTCACCATGG CCTGTTTTTGCTGGTCACTGTCTTTCTGGAACTGCTGGATACACCTGTAG ACTAACAATAGAGAGGGCAGACATACAAGGATTAATACAAAATTTGCAAT AGTGGAATTTCCAATGGTTTTAACCCAAGTGATGGGGGCAAGAGGACAGT GTGGGTGCTCCGGCACCCAGGCAGTCTCCCTTCTCCTTTGTCTCTTAGTT GTTGTTTCTCATAGTTTTCAATCTTTCTCCTCACCTGCTCACTCGCACTT TTTGTTTCATTGTCTCCCTTCTCTTATGGTCTCTCTCTCTTTTTCTCTTT TTCTTCCTTTTACACTATTTCTTTTCCCAGTCTCACTTTCTGTGTCTCTC TCTGATCTCTGTCTTTCTCTTTTACATTATTTTTTTCCCCAGTCTCACCT TCTGTGTCTTTCTCTGATCTCTGTCTTTTCCAGTCTCTCTCTTACTCATT TTCTCCCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTGTCATCCCGT GTCCTCTCTCCTTCACACTCAGTCTCTTTTTCTTTTTCTTTTTCTCCCTG GCTCTCCACATCTGCCGTTTTCTCTCCTTTCTCTTTCTGATTTCTCTTCT CACTTTCTCTCTTCCTTTCTTTCCCAGTTTCTCTTTTTTCTCTGTTGGTC TTTCCCAAATAATGAAAAGGAGTGGAGGTCTGAATGTTATCAGATGCTAT TGTCAGGCCTGCGTTTGCAACCTCTGTCTGCAGAAATGTGTAACAGTCAA TTAATTTGTCTCTCGTTTCTGCAGCACACAAAATATCATCAACATAATGA ATAATATAACAGTCTGAAAACTTGTCTCTAACTGGTTGAAGAACTTGAGC TACAAAAGTCTGACAAATAGTTGGACTATTAAGCATTCCCTGAGGCAACA CTTTCCGCTGAAATCTGGTGGCTGGTTTTTTATTATTTATGGCTGGTATA GTAAAAGCAAATTTTTTTAAATCCTATTTTGCCAGAGGAATGGTAAAAAC GCAATCCTTTAGCTCAATTATAATTAAAGGCCAATCTTTGGGGATCATGG 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GCCTGATTTTTTCTGAATTACAAACGCAGGAGAATGCCAAGGTGAAAATG AAGGCTCAATGTTTCCCTTTTCTAATTGTTCCTTTGCCACTAAGTGTAAG GCCTCCAGTTTTTGCTTTGGTAGTGGCCACTGATTTACCCATACAGGCTT TTCTGTTTTCCCAGTTAATGGAATGGGTTTTGGAGGCTCTACAGTGGCCA CTCCTAAAAAGGATACCCTATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGATT TTTTTAGCCTCAATTGGGACTTTAATGCCTTCTCCATTTTTCCCTAGTCC TTTACCAGAGAGATATCCCATTTTAGTCATGATTTTTTGACTCGTGGGGC TGTATAGGGAGACTGGAATAGTAATCTCTGCATGCCACTGTTCTAACAAG TCTCGGCCCCATAAGTTAATTGGAATAGAAATAATCATAGGCTGAACTGT ACTCTCTTGATTATTAGGGCCTAGACAATGTAAAATCATGGCACTTTGAT ACACTTCTGAGGCGGTGCCCACACCAACAAATCCTGTAACAGGCTTTTGT TTAGGACAATTTTTTGGCCATTGATTTAAGACAATAATAGAAACATCAGC CCCAGTAGCCACTAATCCTTCAAACTGCTTTCCCTGAATAGTGACTGTAC ACACAGATCTATTCTCTGAGAGCTGACTAGCCCAATAAACAACTTTTCCA GCAGGGTTGGTACTTCCAAACCCTCCTGTTCTTTCTGTTTTGCTATTCCC AATTTTAATATAAGGCAAAAGCAATAATTGAGCAATTCTATCACCTGGAT TGGCACTCCAGGGAACAGCAGAGCTGATCACTAACTGAATTTCCCCTTTA TAATCTGAATCAATTACCCCAGTATGAATTTGGACTCCCTTTAAATTTAG ACTTGATCTTCCTAAAATAAGGCCTACCATCCCTTCTGGCAGCAGGCCAT 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