Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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NBDY_chrX_56724243_56824179	56776773	C C	CTCCTCCT others(5436): Show CTCCTCCTTCTTCTCGTTCTCGTTCTCCTTTTCCTTCTTCTTTTTCTTCT CATTTTTCTTCTTCTTCTTAATCTTTTTCTGCCTCCTCCTCCTCCTCCTC CTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCGCCTCCTCCT CCTCCGCCTCCTCCTCCTCCGCCGCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TCCTTTTCCTCTTCTTCTTTTTCTGCTTTTGCTTCTGCTTTTGCTTCCCT TTTTCCCTTCACACTCAGATCTGTTCGGGCAAGTGTTCTAGGAGACTGCT GCTGCTTTTGCTTTTTGGTGATTCGACATGTCCCTCTGCAGCACTAGGCC TGGAGGAAGCGTCACTTTTGTTCTCAAAGGAGCACTGATGAAGGTCACCA GTTTATTCCCTCTGGTCCACCAAAAAGCTGCCCACGTGTTACTTTTAAGT GAAATGTCGTGGTGAACCCACCGTTTACCCAGTACCTCATGTCTCACCGT TATTCCCCATTGTCCTTGTGGATGCTCTAAGTGTGCCTTTCTGAGCCATT AGGAGCTTTGGCAAGTTGTCCCCTGTCTCCTTTTTCTCCAGTCAAGCCAT GTGAACACATCGATCCAGATGTGTGCAGGCAGGGTGTCTCTGCCACGTGT TCATTTGCCCACTGTCACTCACACAGGCAGGCACCCACAGACCGCAGACT CAGGTACACAGGCACGCAATCATATGGGATCCGGCAACCCAAACTGAAAT ACACGCGCACACACAGACACATGCACACGCAGACACAAACGCACACGTTA AACACGCCCAAGTAGACACACGCATACATACACAAACACACGCACGTGCG CACACACGTCAGCTCACACTAGCAAAGGGGTGTGAGCTCAAGCATTATCG GACACAGACTCCTACACACCGCCACTGGCTCGAAAGCGCCCACAACCTCT TCCACGCTGGCTCTAAATGTGCAAAGCAGAACGGGAGACAGGCGAGCATT CCTGGCTCCAGTCCTGGGTCATCATGCCATTTATTGGGCAACTAGGGTCT TCTCCTGAGAATGAATGCGGGATGTGTGTCATCAGATAGGCCCAAGCAGC AGGTATGAAACTGGATCATCCTGGGTTATGCTGCTTAAAAAGGGACCCCA CTTTGGAGGAGGGGCAGAGACAGTCCCCCTGGAGTCTTGGCTCTGTGTGA TGCTATGAGTATCTGTGGCGCGGGGTGGCCTTCCCAGGCCTCCCTGAGCC GCCCCCCTCCCACCCTCTCCTGTGTGAAAGCCGAGACAGCCTGAGCAGAG TCAGACTTGAGTGTGTTGCTGAGTGTCTCCTGTGAGGGAGACTCCTGCCT CAGCCCTGTGGCTGCCTGTTGAGCCTTCGGCCCCGTTCTGGTGACCTCCG TGTGCCATGCCAAGGTGGTAAACACTACCTGCAGCTCCAGGCCTTGGGAG GACCCCCGGTCCTGGGGCAAATCCTTGTGTAAGCCAGCTGGGTGGCCAGC GCCTTGTCCTGGGGCGGCAGCCCTATGATCCCAGTCCTCCTGTGGTTTCC CAGAGGCGGTGATTATGTGTCCTTTGTGTTTTACTTCCTGCACCAGCGGG AGCCAAAATCCCTGAAGAGGGCCAAAGGAAAGGCAGAGGTTGGCTGCCTC CACCGCATTCCCGCAGGTTCTCCAGCCGGCTGGTCGTTGGTCCTAGGGTC CCCTGAGTTTGGCGGTCAACCTGGGACCAGGTGGCTGGTTCCTTTCTCTT CTCCGTGTCTTTCTTTTATTATTATGTTTTCTCCTTCCTCTTTGCTTTTT TCGCACGAGAAAGGGCGGAGGCCCTCGGATTGGAGGGGCAGGGTTGTGGT TGTACTTGGCATTTGTGGTGCCATACTGCCATCAAGCGGAAACCGTTTCT GGAAACCGGAGGCTGTAGGGCACAAGTACTGGGGAAAGGCCAGGAGCCCA AAAGGGAGGGTGGTGTGGGACCCCAGACTGAAGCGAGACGAGAGAGGAAC TCCTCGCTGGCCCTTGGCCTGGGCTCATTCCCAGGATGGCGCCCTGGCTC CGCAGCTGTATGTAAGAACGGGCAGGCGGGGCGGCCCGCCATGGCTTCCC CTGGCAGTCTCCAGGAACTGCCAGGCATGGGTCGCCCCACACTCAGCACT CCGAAACTTTTTTATTTCCCGGCAAGATAGAGGCTTTCTGGCCCCACTGT GGCCCCAGCCAAGGGCATCGCGGAGCTGCCCACAAAAGCGACCAGAGTAA ACGGCCCCGTTCTCTGGCTGTCAGTGGCCAGTGGCTTCCCTTATGCGTAT CTCAAAATGGCTGCCGGGGCAGCTGCACCCTGTGGGCTGACTGGTCTTCG GGATGCCTGGCTGATCTGTCTCGGGGCCTCTAGAGTAGCTGCTTCTCCAA GGGGTCCCAATGGCAGGTCCGCTTTGTTCTAGGGCTCTACGCCCGGGTCG GGGAAACCCTGGCTTAGGCAGAGTCCACCCCGCCCCGCCCATCCTCACTC TTCTCGGTGCCTGGCAGAAGGCAAGTGTCCCTGTCCCTGCAGCCTGTTGT CATGTCCAGAATCACCTTCCGCTGGATGGCACTGTGGCTCCGCCAATGGC GGTCACGTCTTTTCCTTCCCCCACCTTGCCTTTATCTTTCTCCATCTGCT GCCGACAGAATAAAACAAACGCCAAAAACAAAAAAAGCCAAGAAACAACG AAAGATACCGGCCAAGGAGCACCCACCTCACCTACAGCAGGGCTCTCCAC CTAGGTGGTCACTTTGGGGAAGCCTGCAACGGTAGGAGGGTTCTCTGCCT CCCTCCTTCCCTCTGGATTCTTCTCCGGGCAGGGTTCCCAGTGAACCAGA GAACGTCAAGAAATTCCACCCTTAGGGCTGTGGCTCGGTGGGGGTAGGTC GCACTGGGGGCAGTGTGAGGGGGTACAGGGGGAGGGATATGTGGGTGTGT GGGTCTGCATGCGGGCCGCTGCAGATTCCTCTAGGAATCTGCGCAGGCCG CCTGAGCAAGAGACCAGGCTGCATGCCTGTGCGCACCACACTTGTCCCTA GGTAGCACTCTTCCTCTTGGGGAAGGGATCAAAGTTGGATGGAAAGCAGC CAGGTCCAGCAGGCATCCGCACCTTGTTGAGCCATGGAGCTGCAGGGAGT CGGGCCGGATGTTTCTTGGGATGATGGGACTGGACGGGACGGACTCCTGT CTGAGGCCTTCAGCTCCCTCCCTCTCTGGAGCCCAGGCACTCGTCTGTGC ACAGTGGTGGGAGGAGCATGCCGGGTGGGTTTCACAGGTGGCTCTCCTGG AGAGAGAGCCTCTTGGCATGTCTGACGGAGCACGCGTGCTCAGTGGAACG TGGTGGTTCACCACTTAGTTGCCAGGCATCTTGGTCCTTGTACCCAAGTG CATGGGTAGCCAGGGCCCAGCCTGCCCCACTTCGCCTGGACCCCGTCTGA TTTCCTGTGCTGCGTGTGGAGGTGGAGGTTGAGCCTTGAGTATTTTGGGG GAGAAGGGGCTCGGGCGGGGGGCTGTGTTTTGGTTTGGTAGAGGGCTCAC TGGGCTCTCGAGCTAAACCCTGGTGCTTGCCGGATATTCAGCCCAGAAAA TGCATGAGACCGTCAAGGACAAATTATGCCGCCCATAATTAGGGTCTCCA GGCAGACATAAGAAAGCCTGATGCGGGACATCATACAGTGCCCATGTTGG GATGCGAAGCCGCGACCGCCTTGCTCTAAAGGTTGCATAGGCTACTCATG 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CGGAGTTTTCCTCCCCTCACTTTTTTCTTCTTCACTTTCTTTACTTTTCG TCCACTTCTGTTTGGGGAGGTGAGAAGCAGCCTGGAAGGCAGGGTCGACT GGGCGCGGGGATACCGTTAGGGAAAACAGGCTTACTTTTCCTAAGGAAAT TAGGAGGACTCTAGCTGACCCCTGTGAGGAGAAATTGGCATTTCCCTCCC CTTTCTGCCCTGTCTCCATATTGCCGTGGGTGGCCGATTACCTCTTTTCC CTGGTGTCTGATTCCTCCCCGTTTATTACCTTCCTCTTTTTGGGGGGGGG GGGGCTCTTCCCTGCCTTGGCCTTGTAGACTTGGGGTTCGGTGACCCTTG CAGTCGGCTGATGGCATCCTCAGGGCAAGGTTCAGCCTGCACCTGTGTCC TCTGTAGCTTCTGTAGGCCGATTTGTGGATCAAAGTTTCGGTCCCACTCA GGAAAGATCCCATCGACAAGAAGCTTCCTGGTTGTTCGTCCTTTAAGCGG GACGTGACTGGTGGCTCCTTGTCCCTCGTTGTGCATGTCACCATGCATTG AGGTCTTCCTGAACTAGATCCTCCAGGACAGCTACAGTGGCATGGACCTC CCTCTTTCTTGTTCTTCTGATTCTTCTTCCTCTTCCTCCTTCTTCTTCTT CTTCTCTACTTTTATTCTTCCCTTTCTCCTCTATTTTACCTCTTGCTCCT CCTCCTCCAACTTCCTCTCCTCCTCCTCATGCTCCTCCTTTTTG	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG02486.hp1 HG02486.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0013	1	160	0.0063	5443	c.16 others(5464): Show 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CAAGCGGAAACCGTTTCTGGAAACCGGAGGCTGTAGGGCACAAGTACTGG GGAAAGGCCAGGAGCCCAAAAGGGAGGGTGGTGTGGGACCCCAGACTGAA GCGAGACGAGAGAGGAACTCCTCGCTGGCCCTTGGCCTGGGCTCATTCCC AGGATGGCGCCCTGGCTCCGCAGCTGTATGTAAGAACGGGCAGGCGGGGC GGCCCGCCATGGCTTCCCCTGGCAGTCTCCAGGAACTGCCAGGCATGGGT CGCCCCACACTCAGCACTCCGAAACTTTTTTATTTCCCGGCAAGATAGAG GCTTTCTGGCCCCACTGTGGCCCCAGCCAAGGGCATCGCGGAGCTGCCCA CAAAAGCGACCAGAGTAAACGGCCCCGTTCTCTGGCTGTCAGTGGCCAGT GGCTTCCCTTATGCGTATCTCAAAATGGCTGCCGGGGCAGCTGCACCCTG TGGGCTGACTGGTCTTCGGGATGCCTGGCTGATCTGTCTCGGGGCCTCTA GAGTAGCTGCTTCTCCAAGGGGTCCCAATGGCAGGTCCGCTTTGTTCTAG GGCTCTACGCCCGGGTCGGGGAAACCCTGGCTTAGGCAGAGTCCACCCCG CCCCGCCCATCCTCACTCTTCTCGGTGCCTGGCAGAAGGCAAGTGTCCCT GTCCCTGCAGCCTGTTGTCATGTCCAGAATCACCTTCCGCTGGATGGCAC TGTGGCTCCGCCAATGGCGGTCACGTCTTTTCCTTCCCCCACCTTGCCTT TATCTTTCTCCATCTGCTGCCGACAGAATAAAACAAACGCCAAAAACAAA AAAAGCCAAGAAACAACGAAAGATACCGGCCAAGGAGCACCCACCTCACC TACAGCAGGGCTCTCCACCTAGGTGGTCACTTTGGGGAAGCCTGCAACGG TAGGAGGGTTCTCTGCCTCCCTCCTTCCCTCTGGATTCTTCTCCGGGCAG 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AACGCTCCCCGAATATTGCAAATGTTTTCTGTCTTGGCTTGTTACAAATC TTCCTGGATGTGTAGGCCACCCTGGGGACGAGCAGCCCTTCTTAGGGCAG AAAATTCACCCCACGGGTGATGATTCCCACGCTGGGGGTGTGTGAACCAC TCTCACAAGGAGGAATGTCAATCTCGTGAGCGGGCCTGCACTCTCACGGC ATTCCGGGCAGAAGAACCACATGACCATGGAACAGGAGTCACCCCCTTTC TGTCACTTGTCAACAAATGCGGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTC CTCATATGTAGGTAGCATGCACCAGGGTGCGCCTCTGGCGGTGCCTAGGG AGAACGCGAGAAGAAAAGAATGCAGGAAGATCTGGACTGCGTCTTTAGGG TTGGCACGGGGACTGTGAGTGTCAGAGGTCCTCGGTTTCAACTTTTAACT CCCATCACATCTCAACTGTTTCCTGTCTTCATCTGTGCTTCCACAGGTCC TGAGGCAGGCCCGTACACGTATCCCCACCCATACTCACAAGCGTCTGCCC AGACACCTTCATTCACAGCCGGGGCCGGTCATCTAGGCAACTCTCAGGGG GGCAGGTTTTCAGCTTTCGGGTTCCCTCTTGTTCACTTCACCTTCCTTGT CGCTTTCTGCCTGGCTTCCCAATATTTGCTGACGGAGTGTGCGGGATGGG GTTGAGGTGTGGGCAGCAGGGTGCAGAGCCGCCTACTGGCCCAACAGGCC TCTGGGCGGACGCGGTGCAGACCCGGGCCTAAGGGGCTGATGCTTTCTCC TAGCTGGTGGCTCTTTTTCTGTCAGGCCACTCACAGGGCTGCCAGCTGTC CAGCTGGGGCACTCTGCATTCCACTTCGCTCTCAACCTCATTGCTCACTC TGATTCTTTGTGTACTTTCGGAGTTTTCCTCCCCTCACTTTTTTCTTCTT CACTTTCTTTACTTTTCGTCCACTTCTGTTTGGGGAGGTGAGAAGCAGCC TGGAAGGCAGGGTCGACTGGGCGCGGGGATACCGTTAGGGAAAACAGGCT TACTTTTCCTAAGGAAATTAGGAGGACTCTAGCTGACCCCTGTGAGGAGA AATTGGCATTTCCCTCCCCTTTCTGCCCTGTCTCCATATTGCCGTGGGTG GCCGATTACCTCTTTTCCCTGGTGTCTGATTCCTCCCCGTTTATTACCTT CCTCTTTTTGGGGGGGGGGGGGCTCTTCCCTGCCTTGGCCTTGTAGACTT GGGGTTCGGTGACCCTTGCAGTCGGCTGATGGCATCCTCAGGGCAAGGTT CAGCCTGCACCTGTGTCCTCTGTAGCTTCTGTAGGCCGATTTGTGGATCA AAGTTTCGGTCCCACTCAGGAAAGATCCCATCGACAAGAAGCTTCCTGGT TGTTCGTCCTTTAAGCGGGACGTGACTGGTGGCTCCTTGTCCCTCGTTGT GCATGTCACCATGCATTGAGGTCTTCCTGAACTAGATCCTCCAGGACAGC TACAGTGGCATGGACCTCCCTCTTTCTTGTTCTTCTGATTCTTCTTCCTC TTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTCTACTTTTATTCTTCCCTTTCTCCTCT ATTTTACCTCTTGCTCCTCCTCCTCCAACTTCCTCTCCTCCTCCTCATGC TCCTCCTTTTTGTCCTCCT		NBDY	ENSG00000204272.13	transcript	ENST00000374922.9	protein_coding	2/2					INFO_REALIGN_3_PRIME	chrX	TogoVar
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