Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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PPFIA1_chr11_70265690_70389396	70371393	T T	TGGTGGCG others(5460): Show TGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGT TGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTCTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTG TTGTTGGGTGGATTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATAT TCTGTTGTTGGGTAGCGTGCTCTGTCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCT ATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTTTTGGGTGGATTG TATATTCTGGTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGT GTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAATGTTGTCTATTCTGTTGTTGGGTG GATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTTTATATTCTGTTGTTA GGTAGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTTTGTT GATGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTT GTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTC TGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTAA ATTCCGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTTTTGGGTGGATTGTT CTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGT GTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCCGTTGTTGGGTG GATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTGTATTCCGTTGTTG GTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGT TGGTGCAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGCAGTGTTCTATATTCTGTT GTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCCGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTC CGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTAT ATTCTGTTGTTGGTGTGGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGGAGTGTTCT ACATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTG TTCTATATTCCGTTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTGTGTTGTTGGGTGGA TGTTCTATATTCCGTTGTTGGATGGCATGTTCTATCTTCCATTATTGGGT GGATTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTT GGGTGGCATGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTGTCTTCTGT TGTTGGGTGGCGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATCTT CTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGCGCGGCATGTTCTG TATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGT CCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGTGGTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGA GTGTTCTGTATTCTGTTGTGTGGAATGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGG ATTGTTGTATATTCTCTTGTTCGGTGGCGTGTTTTATATTCTGTTGTTGA GTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATATTCTGTTG TTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCT GTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATA TTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTATCTTCTGTTGTTGCGTGGCGTGTTC TATCTTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCTT GTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCATGTTCTGTATTCTGTTGTTGGTGG AGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTAGATTGTTCTATATTCTCTTGTTGG GTGACAAGTTCTATATTCCGTTGTTGGATTGTGTGTTGTATATTCCGTTG TTGGGTGGTGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGGCATGTTCTATATTCTG TTGTTGGGTGGAGTGTTGCATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTGTAT TCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATATTCCATTGTTGGTGGCGTGTTCTA TATTCTGTTGTTGGGTGGAGTGCTGCATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGT TCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGGCGTTGGGTGGC GTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTTTGTTGGTGGA GTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGG TGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATAATCTCTTGC TAGGTAGAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTCTGTATTCTG TTGTTGGTGGGGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGTGGAGTGTTCTGTATTC TGTTGGTTGGAGTGTTCTACTATTGTTGGGTGGAGTGTTCTATCTTCTGT TGGGTGGAGTGTTCTGCTGTTGTTGGGTGGCGTGCTGTATATTCTGTTGT TGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTG TTGTTGGTGTAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTAGTGTGTTCTATATT CTCTTGTTGGGTGGCGCGTTCTATATTCTCTTGTTGGGTGGCGCGTTCTA TATTCTGTTGCTGGGGGGATTGTTGTATATTCTGTTGGGTGGAGTGTTCT ATCTTCCGTTGTTAGGTGAAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGAGTGGAGCA TTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGAGTGTTCTATCCTCTGTTGTTGGGTAG AGCATTCTATCCTCTGTTGTTGGGTGGAGGGTTCTGTCTTCTGTTGTTAG GTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTATCTTCTGTTG TTGGATGGCGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGATGGATTGTTCTGTA TTCTGTTGGGTGGCGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGGTGGATGGATTGTT CTGTATTCTGTTGGGTGGCATGTTCTATCTTCTGTTTTTGGGTGGAGCGT TCTATCTTCTGTTGGGTGGCGCATTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTG TTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGCTTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGG CATGTTCTGTATTCTGTTGTTGGTGGAGTGTTCTATCTTCTGTTGTTGGG TAGATTGTTCTATATTCTCTTGTTGGGTGACAAGTTCTATATTCCGTTGT TGGATTGTGTGTTGTATATTCCGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTATATTCTG TTGTTGGTGGCATGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAGTGTTGCATATT CTGTTGTTGGGTGGTGTGTTCTGTATTCTGTTGTTGGGTGGATTGTTCTA TATTCCATTGTTGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGAGTGCT GCATATTCTGTTGTTGGATGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGTGGCG TGTTCTATATTCTGGCGTTGGGTGGCGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGT GGCGTGTTCTATATTTTGTTGGTGGAGTGTTCTATATTCTGTTGTTGGGT GGAGTGTTGTATATTCTGTTGTTGGGTGGCGTGTTGTATATTCTGTTGTT 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GGGTGATGTGGTTGGTGGTAATAGTCGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGAT TGTGGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGT GGTGATAGTCGTGGGTGATGTGGTTGGGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGG TTGGTGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGCTTGGGGGTGATAGTGGTGGGTG ATGTGGTTGGTGTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTT GGGGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGATAGTGGTGGGTGAT GTGGTTGGTGGTAATGTGGTTGGTGGTGATGTGGTTGGTGTGATGTGGTT GGTGGTTATGTGGTTGGTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTGGTGGGTGATG TGGTTGGTGGTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGG TGGTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGAT AGTGGTGGGTGATGTGGTTGGTGGTGATGTGGTTGGTGATGATGTGGTTG GTGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTCGTGGGTGATG TGGTTGGGGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGATAGTGGTGG GTGATGTGGTTGGTGGTGATAGTCGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGATAG TGGTGGGTGATGTGGTTGGGGGTGATAGTGGTGGGTGATGTGGTTGGTGG TGATA	BAHCC1	ENSG00000266074.11	transcript	ENST00000675386.2	protein_coding	2/27		INFO_REALIGN_3_PRIME	chr17	TogoVar
TNFRSF6B_chr20_63691652_63703684	63693729	A A	ACCACCTC others(5480): Show ACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCAC CTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCA CCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCTCC ACCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCTC CACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCA CCTCCACCACCACCTCCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCTCCACC ACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCAC CACCACCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCA CCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACC TCCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCAC CACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCA CCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCTCCACCTCCACC TCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCAC CTCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCT CCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCC TCCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCAC CTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCACCT CCACCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACC 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