Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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GALNT9_chr12_132191372_132334589	132241973	A A	ACACACAC others(5876): Show ACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACA CCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACCC TTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCC GGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCCGGGGC CCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCC CTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATA CCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCAT TACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGAGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACACCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACA ACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACA CACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCC TTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCA GGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCCGGGGC CCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCACCTTCCCGGGGCCCTCC CTATACCCATTACACACACGCCACACACCCTTACAGGGGCCCTCCCTATA CCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCTGGGGACCTCCCTATACCCAT TACACACACGCCACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACAC ACACGCCACACCCCCTTCCCAGGGACCTCCCTATCCCCATTACACACACG CCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACA CCCCCTTCCCAGGGACCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCC TTCCCGGGGCCCTCCCTATCCCCATTACACACACGCCACACACCCTTCCC GGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCAGGGA CCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCC CTATCCCCATTAAACACACAACACACACCCTTCCCGGAGCCCTCCCTATA CCCATTACACACACAACACACACTTCCCGGGGCCCTCCCTATCCCCATTA AACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACAC ACGCCACACACCCTTCCCGGGGCCGTCCCTATACCCATTAAACACACAAC ACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATCCCCATTAAACACACAACACACC CCCTTCCCAGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACTTCC CGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACCCTTCCCGGGG CCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTC CCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTAT ACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCA TTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACA CACACGCCACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACAC AACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCAC ACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCC CTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCC AGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGG CCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGAGCCCTC CCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTAT ACCCATTACACACACAACACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCA TTACACACACACCACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACA CACACGCCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACAC ACCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACAC ACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACC CTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACCCTTCC CGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACACCACACCCCCTTCCCGGGG CCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCCGGAGCCCTC CCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTAT ACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCA TTACACACACGCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACA CACACAACACACCCCCTTCCCGGGGCCTTCCCTATACCCATTACACACAC GCCACACCCCCTTCCAGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCAC ACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACACA CTTCCCGGAGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACCCTTCC 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TACCCATTACACACACAACACACACACTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCC ATTACACACACACAACACCCCCTTCCCAGGGACCCTCCCTATACCCATTA CACACACAACACCCCCTTCCCAGGGACCCTCCCTATACCCATTACACACA CAACACCCCCTTCCCAGGGACCCTCCCTATACCCATTACACACACACAAC ACCCCCTTCCCAGGGACCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACCCCC TTCCCAGGGACCCTCCCTATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCC TGGGGCCGTCCCTATACCCATTACACACATACCACACACCCTTCCAGGGG CCCTCATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCTGGGGCCGTCCCT ATACCCATTACACACACAACACACCCCCTTCCTGGGGCCCTCCCTATACC CATTACACACACAACACACACCCTTCCCAGGGCCCTCCCTATACCCATTA CACACACAACACACCCCCTTCCTGGGGCCGTCCCTATACCCATTACACAC ACACCACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCC ACACCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACC CCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACACCCCCTT CCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGG GGCCCTCCCTATACCCATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGGGGCCC TCCCTATACCCATTACACACACGCCACACACCCTTCCCGGGGCCCTCCCT ATACCCATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACC CATTACACACACGCCACGCCCCCTTCCCGGGGCCCTCCCTATACCCATTA 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