Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ZMAT4_chr8_40525590_40902826	40575656	A A	AGGAAAAA others(6111): Show AGGAAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAA TTGTTCGTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTT TATTATACTCTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTA CATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACCAATGTGTCAT CTAGCATTAGGTATATCTCCCAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCGACCC CACCACAGTCCCCAGAGTGTGATATTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGATCT CATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTT GTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGGTTTCCAATTTCATCCATGTC CCTACAAAGGATATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCAT GGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATT TGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATA CGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATACTCATTTGGGTATAT ACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCC TGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCC CACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCGCATCCTCTCCAGCACCT GTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGAT ATCTCATAGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAG CATTTCTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTG 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ACCTAAGCAAGCCTGGGCAATGGCGGGCGCCCCTCCCCCAGCCTCGTTGC CGCCTTGCAGTTTGATCTCAGACTGCTGTGCTAGCAATCAGCGAGATTCC GTGGGCGTAGGACCCTCCGAGCCAGGTGTGGGATATAGTCTCGTGGTGCG CCGTTTCTTAAGCCGGTCTGAAAAGCGCAATATTCGGGTGGGAGTGACCC GATTTTCCAGGTGCGTCCGTCACCCCTTTCTTTGACTCGGAAAGGGAACT CCCTGACCCCTTGCGCTTCCCAGGTGAGGCAATGCCTCGCCCTGCTTCGG CTCGCGCACGGTGCGCACACACACTGGCCTGCGCCCACTGTCTGGCACTC CCTAGTGAGATGAACCCGGTACCTCAGATGGAAATGCAGAAATCACCGTC TTCTGCGTCGCTCACGCTGGGAGCTGTAGACCGGAGCTGTTCCTATTCGG CCATCTTGGCTCCTCCCCC	intron_variant intron_variant	MODIFIER	HG03225.hp2 HG03225.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0001 a0001c0001t0001	a0001c0001t0001g0006 a0001c0001t0001g0006	1	228	0.0044	6118	c.674 others(6135): Show c.674+5508_674+5509insGGGGGAGGAGCCAAGATGGCCGAATAGG AACAGCTCCGGTCTACAGCTCCCAGCGTGAGCGACGCAGAAGACGGTGAT TTCTGCATTTCCATCTGAGGTACCGGGTTCATCTCACTAGGGAGTGCCAG ACAGTGGGCGCAGGCCAGTGTGTGTGCGCACCGTGCGCGAGCCGAAGCAG GGCGAGGCATTGCCTCACCTGGGAAGCGCAAGGGGTCAGGGAGTTCCCTT TCCGAGTCAAAGAAAGGGGTGACGGACGCACCTGGAAAATCGGGTCACTC 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AACTAAAGAGCTTCTGCACAGCAAAAGAAACTACCATCAGAGTGAACAGG CAACCTACAACATGGGAGAAAATTTTCACAACCTACTCATCTGACAAAGG GCTAATATCCAGAATCTACAATGAACTCAAACAAATTTACAAGAAAAAAA CAAACAACCCCATCAAAAAGTGGGCGAAGGACATGAACAGACACTTCTCA AAAGAAGACATTTATGCAGCCAAAAAACACATGAAGAAATGCTCATCATC ACTGGCCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACCACTATGAGATATCATCTCA CACCAGTTAGAATGGCAATCATTAAAAAGTCAGGAAACAACAGGTGCTGG AGAGGATGCGGAGAAATAGGAACACTTTTACACTGTTGGTGGGACTGTAA ACTAGTTCAACCATTGTGGAAGTCAGTGTGGCGATTCCTCAGGGATCTAG AACTAGAAATACCATTTGACCCAGCCATCCCATTACTGGGTATATACCCA AATGAGTATAAATCATGCTGCTATAAAGACACATGCACACGTATGTTTAT TGCGGCACTATTCACAATAGCAAAGACTTGGAACCAACCCAAATGTCCAA CAATGATAGACTGGATTAAGAAAATGTGGCACATATACACCATGGAATAC TATGCAGCCATAAAAAATGATGAGTTCATATCCTTTGTAGGGACATGGAT GAAATTGGAAACCATCATTCTCAGTAAACTATCGCAAGAACAAAAAACCA AACACCGCATATTCTCACTCATAGGTGGGAATTGAACAATGAGATCACAT GGACACAGGAAGGGGAATATCACACTCTGGGGACTGTGGTGGGGTCGGGG GAGGGGGGAGGGATAGCATTGGGAGATATACCTAATGCTAGATGACACAT TGGTGGGTGCAGCGCACCAGCATGGCACATGTATACATATGTAACTAACC 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ZMAT4_chr8_40525590_40902826	40575656	A A	AGGAAAAA others(6111): Show AGGAAAAAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAA ATTGTTCGTTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTT TATTATACTCTAAGTTTTAGGGTACATGTGCACATTGTGCAGGTTAGTTA CATATGTATACATGTGCCATGCTGGTGCGCTGCACCCACCAATGTGTCAT CTAGCATTAGGTATATCTCCCAATGCTATCCCTCCCCCCTCCCCCGACCC CACCACAGTCCCCAGAGTGTGATATTCCCCTTCCTGTGTCCATGTGATCT CATTGTTCAATTCCCACCTATGAGTGAGAATATGCGGTGTTTGGTTTTTT GTTCTTGCGATAGTTTACTGAGAATGATGGTTTCCAATTTCATCCATGTC CCTACAAAGGATATGAACTCATCATTTTTTATGGCTGCATAGTATTCCAT GGTGTATATGTGCCACATTTTCTTAATCCAGTCTATCATTGTTGGACATT TGGGTTGGTTCCAAGTCTTTGCTATTGTGAATAGTGCCGCAATAAACATA CGTGTGCATGTGTCTTTATAGCAGCATGATTTATACTCATTTGGGTATAT ACCCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTATTTCTAGTTCTAGATCCC TGAGGAATCGCCACACTGACTTCCACAATGGTTGAACTAGTTTACAGTCC CACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCGCATCCTCTCCAGCACCT GTTGTTTCCTGACTTTTTAATGATTGCCATTCTAACTGGTGTGAGATGAT ATCTCATAGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGATGAG CATTTCTTCATGTGTTTTTTGGCTGCATAAATGTCTTCTTTTGAGAAGTG 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