Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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RBFOX2_chr22_35733736_36033824	35735298	T T	TCCACCTG others(6227): Show TCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGAAAGCA TTCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGAAAGC ATTCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGAAAG CATTCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGAAA GCATTCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGAA AGCATTCCACCTGTGTGAAACTGTGCGAGACCCGCGGATCCAGGCTCAGA AAGCATTCCACCTGTGTGAAACTGTGCAAGGCTCCTCCTGCCACTGTTGT GACTTTCTCACAAAACGGGGACGAGAATGAGGAGTTCTTATGAAGAACTC AGTTTCATTTTTAAGTGAAAATTAAATGAGATCTCATATGCGAAGGCACC TACGGTCACCCCCCGTAGCTGACAGACGTTCAGCCAATGCTGTGCTTCCA GAAAGCACAACAGGACACTCGGGAAGCATTTACTGACTGCTCTGGATGAA GAGAACCCTGGAGCAGGAACCCTGAGCTAGCACAGAAGACCCCAACTTTG GAGAACTTACCATTCCGCTGGAAAAACCATTTTATGCTCCTGTTTATTCT ATCAGGCAAACACTTTCAAACACCAGCAAGGCAACATTTGGAAAAGGGGA GGCTCCTTAGCCCCCACTCCTGCCAATAACTGGCGATATGCTCTTGCGTT TAGCCTCTCTGGGCCCTTTGCTCCTGTATTGGTCAAATAGAGGCTTGAAC TATTTGAATGTCAAGGGAAGGAGTGGAAGGGCCTCCACTCAGTGAAGAAA GACTCACGGAGCCCCCATGACCACTGGGTGCCAGGATCCACGCAGGGCCT AGGGGCACAGCCCCAGCAAAGCTGCCCGGGTTCTTGCTGGGGTTTGAGGC CTCGCTCTATGACCTCTCTGTGCCTCAGTTTCCTGAGGACACAAGAAGCA AACAATTCAGCAGGGAAGATATGACCTGACCAATTAGAACTGAGAGGTCA AGGGGATGTTGGGACTTAAGTCTCAGAACCCATGACATTGTCCTGTCTTT GGAACCTGGGGCGGTTGTCCAGAGCGCTTGGCTCATCCCTGTGGATCACA CGATTACTAATAACAGTAATGAAACATTTATTGAGTGAATACTATGTGCC ATGTATTTCTAAGCATTTTACATATATGAACATTTTTTTTTTGGTCTGAG ACAGAGTTTCACTCTTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGTTCCTG GCTCACTGCAACCTTTGCCTCTCAGGTTCGAGCGATTCTCCTGACTCAGC CTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATTTGCCACCATGCCTGGCTAATTT TTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCACGTTGGCCAGGCTGGT CTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCCGCCTCAGCCTCCCAGAGTGC TGGGATTACAGGCGTAAGCCACCGCGCCCAGCCCATATATGAACTTTTAA AATCCTTACATCAACCCTCTCAAGTAGAGACTAATACCATCTCCATTTGA CAGATGGAAACACTGAGGCAGGCTAAGCAACTCCTGCAAAGGCACATGTC CAGGAAGTGGCAGCGCCACATTTCAAGTTTAGACAGCTGGGATCCGGAGC CCATGCTTTACATCCTGAAAGAATAAGGCTTTCTCAGAGCAGAGGAGCAC ACCCTCTAGAGGCTCTTTCTCAGGCACATCCCTCGCCTCTTCTGGGTTCA TGAGCTGTCTTCTGTAGAGCAAGCAGATCTACAGTTACGCTGGGGTGTGG TAAAACCCACCTGAGGACGGCCCGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCC AACACTTTGGGAGGCGGAGGTGGGCAGATCACAAGGTCAGGAGATCGAGA CCAGCCTGACCAACATTGTGAAACACCGTATCTACTAAAAATACAAAAAT TAGTTGGGTGTGGTGGCACGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTG AGGCAGGAAAATTGCTTGAATCCCGGGAGGCAGAGGTTGCAGTAAGCTGA GATCGTGCCGCTGTACTCCAGCCTGGTGACAGAGTGAGACTCCATCTCAA GAAAAAAAAAAAGAACCACATGAAGGCTCTACTCAGATCAATCCTAGTCC TGACTCCCACAGCTGGCCTGGCAGGTCCCACAGACACTGAGGGATGTATG GCAGCTCCAGGGCTCTGGTACTGGAGACAGAGAGCTGAATACAAAAGAGG CCGCCTCAAAGAATTCAAAATAACACAGCACGAAGCCAAGTATGGCAAGA ATAAAGTCATGCTGCAGAGAGCTCAGAGGCAAACGAGATGATGGGGGCTG GATTATGTCGGAAATGTTCAGAGAAATGGTCTTGAGGGAAAAGGAGGTGG AAGGACAGGCTGTGTGGGAGAAAAAAAAAGGGGATTTCTGGTCAGGCATG GTGGCTCACGCCTATAATCCCAGCGCTTTGGGAGCTGAGGCAGGCAGATC ACTTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAATCCCA TCTCTACTAAAAATACAAAAACTAACCAGGCTTGGTGGCACATGACTGTA ATTTCAGCTACCCAGGAGGCTGAGTCAGGAGAATTGCTTGAATCTGGGAG GCAGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTGCACTCTGGCTTGGGTG ACAGAGTGAGACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAA GAAAAGAAAGAAATGAACGGTGGGGGGGCATTCAGTGGCTGGTGGCTGGG CCAGGGCATGCACTCCTACCTCGAGCCAGATCCGGGTGTAGGTCCCTGCC CTTGCAGACCCTGGTCATGTCCTAGGTCCTTGCGGTGAACAGACAAGGAA GGCCCCCGCCCTTGTGGGACTTACAATCTCGTGGGGATGGTCTTTGAGGT CCCTTTCAGTTTGGGCTCCTCATTGCTGATTCTAAGCCTGAAAGATGGTT TGAGGCCAGGACAGGGAGGTACCTTCAATGCCGGGCTAAGGAGTTTAGAA TTTTGCCCACGGACAACAGAAGCCGTCCATGGAGATGGAGCAGGCGCTTA TCTGAGAACAAAGGTGTTTAGGAAGAGTGATCTCGCGGAGAGGCACAGAA CCACAATCCTTGAATATTCCCACTGACTCCCTCATACCCTGGCTGCCTCT TCCCTGCATTTAAATTAATAGGCTTTAACATTAATAGACTTTATTTTTTA GAGTAAATTTGAGTGGAAAGCGCAGAGAGCTCCCCCACACCCTCTCCCCT CACCCTAGACCATCATCATCCAGCACCATGTGGTAACATTTGTTACCACT GATGAACCTTCATAGAGACAGCAATCCCAGCCTTTTTAAAAACGAGCTTT TCAGCCCAGCGTGGTAGCTCACGCCTCTAATCTCAGCACTTTGGGAGGCC GAGGTGGGTGGGTCACTTGAGGTCAGGAGTTCAAAACCAGCCTGATCAAC ATGGTGAAACTCTGTCTCCAGTTAAAAGAAAAAAAAATACAATATTAGCC AGGCGTGGTGGTGCACACCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCA GGAGAATCACTTGAACTCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGC ACCATTACACTTCACCCTGGGCAACAGGAGCAAAACTCCATCTCAAAACA 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TGGATTTTCTCTTAGGTAATTAGTACATGTCTCTCCCCACCACCAGACTG AGCTTCCAGAGGGTAAAGGACTAGATTAATCATGTCCAGCTTCCTAATAC CTCACTGAGGCACCTGCTGGAGCTCCCATCATATAAACCATACTGACGGT TCCACAAAGAGACACAGATTCAGACTCACAGCCAAGAATATGACAAGCAC AGGCAGAGTGTCTGAGAATGAAACCGCACATAGTTCTCTGAGACTTTATT TAAAACACAAGATGAATTTACAAAAAGTTTAAGATGAGTCAAAAGGTGGC CCTGGCCTCAGGCTTCCATTTCTGTGCCTCTGTTGAGGACAAGGAATGCT CAGAGAGTAGCCTCCTCTCCATGCTCCCAAGTAGCCAGTGGCCCCTGTGA TGGCAACGAATGATGCAGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGAAAAGAAAACTG GATTTCCAGGAGCAGCAGCCAAGTGTCTGTTTCTCCCTGAGCCATAGGAA GCTGTGTGGTCTCAGTGAAATCTCTGCCCATCTGCCCCACAGCTTCCCCA TCTGTAGGATGTCAGGACAGATAAGCTATTCTGGCCAGGCACGGTGGCTC ATGCCTGTAACCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATCTGA GGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGTCAACATGGTAAAACCCCATCTCTA CTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGCGTGATGCTGCACGCCTGTAACACCA GCTACTCGGGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCAGGAGGCGGGGGT TGCAGTGAGTTGAGATCATGTCACTGCACTCCAGCCTGGGTGGCAGAGTG AGATTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAGCTATTCTGTGGGGCCCCTCCCAAGGTGGAAGTGCTGAC 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TATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGAT GATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGT ATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATG GTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTA TTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGG TGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTAT TACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGAT GGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGT ATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATG ATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTA TTACTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGA TGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAG TATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGT GATGGTGGTAGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGT AGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTG GTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTG GTAGTATTACTGTTGGTGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGG TGATGGTGGTGGTTGGTAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTGG TAGTATTACTGTTGGTGGTGATGGTGGTGGTTAGTAGTATTACTGTTGGT 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