Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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NCKAP5_chr2_132666788_133573463	133186960	T T	TCTTCTCT others(6319): Show TCTTCTCTGATTTTAGTTACATCTTTTCCTCTGCAAGCTTCGGGTTTGGT TTGTTCCTCTTTCCTAGTTTCCTACTGCCATGTCAGATTGTTAATTTGAG ATTTTTCTAACTTCTTGATGAAGGTGTTTAATGCTATAAACTTTCCTCTT ATCATTGCTTTAGCTGAGTCCCAAAGATTTTCATAAGTTGTGTCTCTATT TTCATTAATTTTAAATAAAGTTTTTTGTTTCTGCTTTAACTTTGATTTTC ACCCAAGAGTTATTCAGGAGTAGGTTAATTTCCAGGCTTTTGTATAGTTT TGAGAGATCTTCTTTGTACTGACCAAGAACACTGTTGTACTGTGTTCTGA GAGTGAGCCTGATGCAATATAGATTTTTAAAAATTTATTGATACTTGGAA AGCACAATGTAAAAGACAATGCCATTTATAATCACACAAAAAATTAAAAT CCAGGCATGCTGGCATGCATCTGCAGTCCCAGCTACTTTGGAAGCTATAG TGGGAAGATCCCTTGAACCCAGGAGTTTGAGACCCACATGGGCAAATTAC TGCGACCCCATATATAAGTATACAATAAATATTTAGATGTCAAGCTAACA AAACATATATAAGATTGTATGCCAAAACTATACAATGATAATTAGATAAA TCAAAGATAATCTAAATAAGTGAACAGAAAGAACATATTTATGGATTGGA AGACTTAAAGATGTCAATTTTCCCAAATTGATATTTAAATTTAATGCCAT TTCTATAAAATTTCCAGTGAGATGGCCTTCTTTGTCTCTTTTGATCTTTG TTGGTTTAAAATCTGTTTTATCAGAGACTAGGATTGCAACACCTGCTTTT TTTTGTTTTCCATTTGCTTGGTAGATCTTCCTCCATCCCTTTCTTTTGAG 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GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGG TGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGAGGTGGAG GTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGA GGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGG TGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGT GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGAGGTGGAGG TGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTG GAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGT GGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTGG TGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTG GTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGG TGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTG GTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGA GGTGGTGGTAGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGG TGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTG GTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT GGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGG TGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTG GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGTGGTGGAGGT GGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAG AGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTG GTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGT GGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGG AGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGAGGTGG TGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTG GTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGT GGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGG AGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTAGAGGTGGT GGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGG TGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTG GTGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT GGTGGAGGTGGTGGTAGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGG AGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTG GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGG TGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAG GTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGA GGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGG AGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAG GTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGA GGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGG TGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAG GAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGA GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGG AGGTGGTGGTGGAGGTGGTGAAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTG GAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGG AGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAG GTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGT GGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGG TGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTG GTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGA GGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGG AGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGAGGTGGTGGTGGTGAAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGT GGTGGAGGTGGAGGTGCTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGG TGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGTGGAGGT GGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGAAGGTGGAGGTGGTGGTGG TGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTG GAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGT GGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGG AGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGT GGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGG TGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAG GTGGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGAGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGG TGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGAGGTGGTG GAGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGT GGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGG TGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTG GAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGT GGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGG AGGTGGAGGTGGTGGTGATGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAG GTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGT GGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGG AGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAG GTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGA GGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGG TGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAG GTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGT GGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGA TGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTG GAGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGA GGTGGAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGG AGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTG GTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGT GGTGGTGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGATGGTGGAGGTGGAGG TGGAGGTGGTGGAGGAGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGAG 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RTEL1_chr20_63653312_63701245	63693738	T T	ACCACCAC others(6335): Show ACCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCAC CACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCT CCACCACCTCCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCTACCACC ACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCAC CACCTCCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCTCCA CCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACC ACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCAC CTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCATCACCA CCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACC TCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCAC CACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCA CCACCTCCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCTCC ACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCTCCAC CACCTCCACCTCCACCTCCACCATCACCACCACCTCCACCTCCACCACCA CCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCTCCACC ACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCTC CACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCTCCACCA CCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACC TCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCTCCTCCACCACCTCCACCTCCAC CTCCACCATCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCT CCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACC TCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTC CACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCA CCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACC TCCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCTCCACCTC CACCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCT CCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCC ACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCATCACCACCAC CTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCA CCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACC TCCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCAC CTCCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCA CCTCCACCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACC ACCTCCTCCACCACCTCCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCAC CTCCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCACCA CCTCCACCACCTCCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCATCACCACC ACCTCCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCAC 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CCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCTCC ACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCTCCACCTTCACCACCTCCAC CACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCA CCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACC TCCACCTCCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCAC CACCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCTCCACCACCACCTCCA CCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACC ACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCAC CTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCT CCACCTCCTCCACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCACCACC ACCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCAC CACCTCCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCA CCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCTCCACC ACCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCCACCTCCACCACCACCTC CACCACCTCCACCACCACCACCACCTCCACCTCCACCACCTCTACCACCA CCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCTCCACCACCACCACCTCTACC ACCACCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCACCACCTCCACCTCCAC CACCTCCACCACCACCACCACCTCCACCACCTCCACCACCACCACCACCT CCACCTCCACCACCTCTACCACCACCACCACCTCCACCACCACCACCACC 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