Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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MEIS3_chr19_47398124_47424527	47419530	T T	TCTCTGTG others(6366): Show TCTCTGTGGTCACATCCGGAAGTTCCACGGCGGAGATGCTTAACCCACTG TCCGCCGAAGCGAGCGGACGGGCGGGGCGGGGCGGGGCTGGAGCTGCGGG TCCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCC TCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCTCCCTC CCTCCCCTCCCCTCCTCCCTCCCTCCCCTCCCCTCCCTCCCCTCCCCTCC TCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCCCATCCGCGCCCCGCCCCGCCCCGCCCG GGCCCGCGGGCCTCTCCCGGCGGCTTTTGTATCGGAGTCTCCCTGAGACT CGTCCTCCTCGGCCCCCGCCCCTCCCGCCGCGCTCGCTCCGGGTCGCTCT CCCCCACCCCGCTCGGGGTCTCCCTCTCCCCCTGCCGGCAGCCACCCGCC TCTGTCTCTCTCACCCCCTCCTCTCTCTCCTCTTCTCTCTCTCTCTGTCT CTCTCCCTCTCTCTCTCCCCCACCCTGTCTCTTTTCTTTCTCATTTTCTC TGTTTTTTCTGTGTCTTCTCCCACCTCTTCCCGCCTCTCTCTCCCTGTTT CTCTGTCTCTCCCTCAACCCCCAACCTCTCTCCCTGTTTTTCTCTCTCCC CGCTTACCTCTCTCTCCTGTCTCTCCCCCACCTCTCTCTCTCCCTCTGTT TCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCCCCCACCTCTCTCTCTCCCTCTGTTTCTC TCTCTCCTCTCTCTCTGCCCTCCACCTCCCATTTTCTCTGTTTCTCTCCC CCTCACCTCTCTCCCTCTGTCTCTCTCCTCCCTCTCACCTCTTTGTTTTT CTCTCTCTTTTTTTCTGTTTCTCCCTCCTCCCACTTCTACCCCCCTCTCC CCGTCTCTCTGTTTCTGTGGCTCTCCCTCTCCTCCATCTCTCTCCGTTTC TCTCTCTTCCCCCTTACCTCTCTCTCTCCCTCACCTCTCTCTCCCTCTGT TTCTCTCCCCCCTAACTCCCACTCGCTCTGTTTCTCTCCCCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTC ACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCC CCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCT CTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCT CTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTC TCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCA CCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCC CCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTC TCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCT GTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCCCTCTGTTTCTCTCCCC CCTAACTCCCACTCGCTCTGTTTCTCTCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCT CTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTC TGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCA CCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCC CCTCACCTCTCTCTCTCTCTGTTTCTCTCCCCCCTAACTCCCACTCGCTC TGTTTCTCTCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCA CCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTC CTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTC TCCCCCTCACCTCTCTCTCTCTCTGTTTCTCTCCCCCCTAACTCCCACTC GCTCTGTTTCTCTCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCAC CTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCC CTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTC CCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGT CTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTC TCTGTCTCTCCCCTCCTCACCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCA CCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCC CCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCTCACCTCTCTCTCCCTCTGT TTCTCTCCCCCCTAACTCCCACTCGCTCTGTTTCTCTCCCCCTCACCTCT CTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCTCCTCA CCTCTCTCTCTGTCTCTCTCCCCCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCT CCTCACCTCTCTCTCTGTCTCTCCCCCTCCTCACCTCTCTCTCTGTCTCT 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TTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTT TTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATT TTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTAT TTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTA TTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTT ATTTTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATTTTTATTTTATTTT ATTTTATTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTTTATTTTATTTTATATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTT TATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTAGTTT		STARD7	ENSG00000084090.14	transcript	ENST00000337288.10	protein_coding	1/7						chr2	TogoVar
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