Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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LRRC27_chr10_132327193_132386508	132364392	C C	CGCTTACA others(7397): Show CGCTTACATCTACCTCCACACCCACGCTTACACCCACCCACACTTACACC CACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCACTTACACCCACCCTTACATCTA CCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCGCG CTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACT TACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACCCACACTTACACCCACC CTTACATCTACCTCCACGCCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTC CACACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTA CACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACCCACGCTTACA TCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACACTTA CATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACA CCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACC CACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCTA CCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACA CTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACT TACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCA CACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACA CCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTA CACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACT 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CCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCAC ACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCC ACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCT CCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTAC CTCCACGCCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCT ACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACCCACGC TTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCAC GCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCC ACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACAC CCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTAC ACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTT ACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACAC TTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCAC ACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCC ACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCAC CCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCC ACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACAC CCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACGCCCACACTCAC ACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTT ACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTAC ATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACCCTT ACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACCCACACTTACACCCACCC TTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCAC CCTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCC ACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCT ACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACATCTACCTCCACAC CCACACTTACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCC ACACTTACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCAC ACTTACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACAC TTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACCCAC ACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCC ACACTTACATCTACCTCCACACCCACACTTACACCCACACTTACATCTAC CTCCACACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACACTTACATCT ACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACATCTACCTCCACAC CCACACTTACACCCACACTTACATCTACCTCCACACTCGCACTTACACCC ACGCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACACCCACGCTTACATCTAC 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ACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCC ACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCAC CCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCC ACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACAC CCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCAC ACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACGCCCACACTC ACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACGCCCACAC TCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACGCCCAC ACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACACCC ACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCACAC CCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACATCTACCTCCAC GCCCACACTTACACTCATGCTTACATCTACCTCCACACCCGCGCTTACAC CCACGCTTACATCTACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTAC ACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCTACCTCCACACCCACACTC ACACCCACCCACACTTACACCCACCCACACTTACACCCACCCTTACATCT ACCTCCACACCCACACTCACACCCACCCACACTTACACCCACGCTTACAT CTACCTCCACGCCCACACTTACACTCAT	LRRC27	ENSG00000148814.18	transcript	ENST00000368614.8	protein_coding	9/10			chr10	TogoVar
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TGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGTGGGGTGTGGGGATGCACTG AGTCTGGGGGAGGGCGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGCG GGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGCGGGGCGTGGGGATGCA CTGAGTCTGGGGGGAGGGGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAG GGTGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGCGGGGTGTGGGGA TGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGCGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGG GGGAGGGCGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGTGGGGTGT GGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGTGGGGTGTGGGGATGCACTGAGT CTGGGGGGAGGGTGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGCGG GGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGCGGGGTGTGGGGATGCACT GAGTCTGGGGGAGGGCGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGG GGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGGAGGGCGGGGCGTGGGGATGC ACTGAGTCTGGGGGGAGGGTGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGA GGGCGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGCGGGGCGTGGGGA TGCACTGAGTCTGGGGGAGGGCGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGG GAGGGCGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGTGGGGTGTGGG GATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGCGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCTGG GGGAGGGTGGGGCGTGGGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGTGGGGCGTG GGGATGCACTGAGTCTGGGGGAGGGTGGGGTGTGGGGATGCACTGAGTCT 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