Joint Open Genome and Omics Platform (JoGo)

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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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EXD3_chr9_137301896_137428162	137328372	T T	CATGATGA others(7565): Show CATGATGAGTAAAAACAACTAATATACTCCCACATGATGAGTAAAAACAA CTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAAACAACTAATATACACCCACATG ATGAGTAAAACAACTAATATACTCCCATATAATGAGTAAAACAACTAATA TACTCCCATATGATGAGTAAAAACAATGAATATACACCCACATGATGAGT AAAAACAACTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAAACAACAAGTACACA CCCACATGATGAGTAAAAACAACTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAA ACAACAAGTACACACCCACATGATGAGTAAAAACAACTAATATACACCAA TATGATGAGTAAAAACAACTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAAACAA CGAATAAACACCCACATGATGAGTAAAAACAACTAATATACACCCATATG ATGAGTAAAAACAACTAATATACTCCAATATGATGAGTAAAAACAACTAA TATACACCCACATGATGAGTAAAAACAACTAATATACACCCATATGATGA GTAAAACAACTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAAACAACTAATATAT ACCCACATGATGAGTAAAACAACTAATATACTCCCATATGATGAGTAAAA CAACTAATATACTCCCATAAGATGAGTAAAAACAACAAATATACACCAAC ATGATGAGTAAAAAAAACGAATATACACCCACATGATGAGTGAAAACAAA AAATATACACCCACATGATGAGTAAAAACAACTAATATACACCCATATGA TGAGTAAAAACAATGAATATACAGACACATGGTGAGTAAAACAACTAATA TACACCCATATGATGAGTAAAAACAACTAATAAACACCCACATGATGAGT 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TACTTGTTGTTTTTACTCATCATATGGGAGTATATTAGTTGTTTTTACTC ATCATGTGGGTGTATATTCATTGTTTTTACTCATCATATGGGAGTATATT AGTTGTTTTACTCATTATATGGGAGTATATTAGTTGTTTTACTCATCATG TGGGTGTATATTAGTTGTTTTTACTCATCATATGGGAGTATATTAGTTGT TTTTACTCATCATGTGGGAGTATATTAGTTGTTTTTACTCATCATG		EXD3	ENSG00000187609.16	transcript	ENST00000340951.9	protein_coding	17/21					chr9	TogoVar
DCLK2_chr4_150073445_150262438	150251257	C C	CCCCACAC others(7569): Show CCCCACACATCCCCCACACCCCCACACATCCCCCACACCCCCACACATCC CCCACACCCCCCACACATCCCCCACACCCCCCACACATCCCCCACACCCC CACATCCCCCACACCCCCCACATCCCCCACACATCCCCCACACCCCCCAC ATCCCCCACACCCCCCACACCCCCCACATCCCCCACACCCCCCACACCCC CCACATCCCCCACACCCCCACACCCCCCACATCCCCCCACACCCCCCACA CATCCCCCACACCCCCCACACATCCCCCACACCCCCACATCCCCCACATC CCCCACACCCCCCCACATCCCCCACACATCCCCCACATCCCCCACATCCC CCACACCCCCACACATCCCCCACACCCCCCACATCCCCCACACCCCCACA CCCCCCACATCCCCCCACATCCCCCACACCCCCCACATCCCCCACACCCC CCACATCCCCCACACCCCCCACACCCCCCACACCCCTCACATCCCCCACA CCCCTCACATCCCCCACATCCCTCACATCCCCCACACCCCCACACCCCCC ACATCCCCCCACACCCCCCACATCCCCCACATCCCCCACACCCCCCACAT CCCCCACACCCCCCACATCCCCCACACCCCCCAGACATCCCCCACACCCC CCACACCCCCACACCCCCCACATCCCCCACATCCCCCACACCCCCCACAT CCCCCACACCCCCACACATCCCCCACACCCCCCACACCCCCACACCCCCC ACACCCCCACACCCCCCACATCCCCCACATCCCCCACACCCCCCACACCC CCCACACCCCTCACATCCCCCACACCCCTCACATCCCCCACACCCCCACA CCCCCCACATCCCCCACACCCCCACACATCCCCCACACCCCACACATCCC 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