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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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CA14_chr1_150252774_150270078	150258027	G G	GCT GCT	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01175.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 others(13): Show HG01175.hp2 HG02451.hp1 HG02486.hp1 HG02572.hp2 HG02622.hp2 HG02630.hp1 HG02895.hp1 HG02895.hp2 HG02897.hp1 HG02965.hp1 HG03041.hp1 HG03130.hp1 HG03209.hp1 HG03225.hp2 NA19001.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0003 a0001c0001t0003	a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0016 others(6): Show a0001c0001t0003g0008 a0001c0001t0003g0013 a0001c0001t0003g0016 a0001c0001t0003g0017 a0001c0001t0003g0053 a0001c0001t0003g0055 a0001c0001t0003g0059 a0001c0001t0003g0072 a0001c0001t0003g0073	16	416	0.0385	2	c.-84 others(9): Show c.-84_-83dupTC	CA14	ENSG00000118298.12	transcript	ENST00000369111.9	protein_coding	1/11	82	INFO_REALIGN_3_PRIME	chr1	TogoVar
CA14_chr1_150252774_150270078	150258027	G G	T T	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	NA19001.hp1 NA19001.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0034 a0001c0001t0005g0034	1	416	0.0024	0	c.-10 others(4): Show c.-102G>T	CA14	ENSG00000118298.12	transcript	ENST00000369111.9	protein_coding	1/11	102		chr1	TogoVar
CA4_chr17_60144973_60164546	60149988	C C	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02258.hp1 HG02630.hp2 HG02258.hp1 HG02630.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0101 a0001c0001t0004g0103 a0001c0001t0004g0101 a0001c0001t0004g0103	2	380	0.0053	0	c.-47 others(3): Show c.-47C>G	CA4	ENSG00000167434.10	transcript	ENST00000300900.9	protein_coding	1/8	47		chr17	TogoVar
CA4_chr17_60144973_60164546	60150011	G G	C C	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00639.hp1 HG01109.hp1 HG01884.hp1 others(20): Show HG00639.hp1 HG01109.hp1 HG01884.hp1 HG01891.hp2 HG02080.hp2 HG02109.hp2 HG02622.hp2 HG02647.hp2 HG02723.hp1 HG02809.hp2 HG03540.hp2 HG03579.hp2 NA18950.hp2 NA18967.hp1 NA18974.hp1 NA18975.hp2 NA18983.hp1 NA18995.hp2 NA18998.hp2 NA19012.hp1 NA19089.hp2 NA19090.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007 a0001c0001 a0001c0005 a0001c0007	a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 a0001c0007t0002 a0001c0001t0002 a0001c0005t0002 a0001c0007t0002	a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0040 others(10): Show a0001c0001t0002g0009 a0001c0001t0002g0027 a0001c0001t0002g0040 a0001c0001t0002g0115 a0001c0001t0002g0116 a0001c0001t0002g0117 a0001c0001t0002g0118 a0001c0001t0002g0119 a0001c0001t0002g0120 a0001c0001t0002g0122 a0001c0001t0002g0123 a0001c0005t0002g0041 a0001c0007t0002g0121	23	380	0.0605	0	c.-24 others(3): Show c.-24G>C	CA4	ENSG00000167434.10	transcript	ENST00000300900.9	protein_coding	1/8	24		chr17	TogoVar
CA4_chr17_60144973_60164546	60150029	C C	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG02451.hp2 HG02451.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0057 a0001c0001t0005g0057	1	380	0.0026	0	c.-6C others(2): Show c.-6C>G	CA4	ENSG00000167434.10	transcript	ENST00000300900.9	protein_coding	1/8	6		chr17	TogoVar
CA6_chr1_8940868_8980092	8945872	C C	A A	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG01109.hp2 HG02451.hp2 HG02622.hp2 others(2): Show HG01109.hp2 HG02451.hp2 HG02622.hp2 HG02886.hp2 NA18522.hp2	a0011 a0012 a0011 a0012	a0011c0019 a0012c0024 a0011c0019 a0012c0024	a0011c0019t0006 a0011c0019t0010 a0012c0024t0006 a0011c0019t0006 a0011c0019t0010 a0012c0024t0006	a0011c0019t0006g0424 a0011c0019t0006g0425 a0011c0019t0010g0426 others(2): Show a0011c0019t0006g0424 a0011c0019t0006g0425 a0011c0019t0010g0426 a0012c0024t0006g0422 a0012c0024t0006g0423	5	452	0.0111	0	c.-15 others(3): Show c.-15C>A	CA6	ENSG00000131686.15	transcript	ENST00000377443.7	protein_coding	1/8	15		chr1	TogoVar
CA7_chr16_66839414_66859147	66844484	C C	A A	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG04115.hp1 HG04115.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0005 a0001c0001t0005	a0001c0001t0005g0028 a0001c0001t0005g0028	1	394	0.0025	0	c.-4C others(2): Show c.-4C>A	CA7	ENSG00000168748.14	transcript	ENST00000338437.7	protein_coding	1/7	4		chr16	TogoVar
CA8_chr8_60180412_60286400	60281201	T T	G G	5_prime_UTR_variant 5_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 others(205): Show HG00099.hp1 HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00558.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00642.hp2 HG00673.hp2 HG00733.hp1 HG00735.hp2 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01070.hp2 HG01071.hp1 HG01074.hp2 HG01081.hp2 HG01099.hp2 HG01106.hp2 HG01109.hp1 HG01109.hp2 HG01168.hp2 HG01169.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp1 HG01243.hp2 HG01255.hp2 HG01261.hp2 HG01346.hp2 HG01358.hp1 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp2 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp2 HG01978.hp1 HG01978.hp2 HG02004.hp2 HG02015.hp2 HG02027.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02055.hp2 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02080.hp2 HG02129.hp1 HG02132.hp2 HG02135.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02155.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02280.hp1 HG02280.hp2 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