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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ABHD12_chr20_25295214_25395835	25296044	G G	C C	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 others(167): Show HG00099.hp1 HG00140.hp2 HG00280.hp2 HG00423.hp1 HG00423.hp2 HG00438.hp1 HG00438.hp2 HG00544.hp2 HG00597.hp1 HG00597.hp2 HG00609.hp1 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00621.hp2 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp2 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01071.hp2 HG01081.hp1 HG01106.hp2 HG01109.hp2 HG01123.hp1 HG01167.hp2 HG01192.hp1 HG01256.hp2 HG01257.hp1 HG01258.hp1 HG01346.hp2 HG01358.hp2 HG01361.hp1 HG01496.hp2 HG01891.hp1 HG01934.hp1 HG01943.hp1 HG01978.hp1 HG01981.hp2 HG01993.hp2 HG02004.hp1 HG02027.hp2 HG02040.hp1 HG02040.hp2 HG02055.hp1 HG02056.hp1 HG02056.hp2 HG02083.hp2 HG02109.hp1 HG02129.hp1 HG02129.hp2 HG02132.hp1 HG02132.hp2 HG02145.hp1 HG02145.hp2 HG02148.hp2 HG02155.hp1 HG02155.hp2 HG02165.hp1 HG02165.hp2 HG02257.hp1 HG02258.hp1 HG02280.hp2 HG02300.hp1 HG02300.hp2 HG02451.hp1 HG02523.hp2 HG02559.hp1 HG02572.hp1 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ABHD12_chr20_25295214_25395835	25296128	G G	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1	a0001 a0001	a0001c0004 a0001c0004	a0001c0004t0004 a0001c0004t0004	a0001c0004t0004g0277 a0001c0004t0004g0278 a0001c0004t0004g0277 a0001c0004t0004g0278	2	316	0.0063	0	c.47 others(5): Show c.4717C>T	ABHD12	ENSG00000100997.20	transcript	ENST00000339157.10	protein_coding	4086	chr20	TogoVar
ABHD12_chr20_25295214_25395835	25296169	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03130.hp2 others(2): Show HG02896.hp1 HG02897.hp2 HG03130.hp2 HG03471.hp2 NA19030.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0009 a0001c0001t0009	a0001c0001t0009g0304 a0001c0001t0009g0305 a0001c0001t0009g0306 others(2): Show a0001c0001t0009g0304 a0001c0001t0009g0305 a0001c0001t0009g0306 a0001c0001t0009g0307 a0001c0001t0009g0308	5	316	0.0158	0	c.46 others(5): Show c.4676G>A	ABHD12	ENSG00000100997.20	transcript	ENST00000339157.10	protein_coding	4045	chr20	TogoVar
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