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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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regionname	pos	ref	alt	annotation	impact	samples	ahapids	achapids	acthapids	actghapids	ac	an	af	len	hgvs_c	genename	geneid	featuretype	featureid	transcript_biotype	distance	chr	external
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205331	C C	CT CT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 others(44): Show HG00280.hp1 HG00738.hp2 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01106.hp2 HG01243.hp1 HG01256.hp2 HG01433.hp2 HG01891.hp1 HG02145.hp2 HG02258.hp1 HG02258.hp2 HG02293.hp1 HG02293.hp2 HG02486.hp1 HG02572.hp1 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02735.hp2 HG02738.hp2 HG02896.hp2 HG03041.hp1 HG03098.hp2 HG03486.hp1 HG03486.hp2 HG03579.hp1 HG04204.hp2 HG04228.hp1 NA18522.hp2 NA18612.hp1 NA18906.hp2 NA18948.hp1 NA18948.hp2 NA18965.hp1 NA18971.hp2 NA18978.hp2 NA18981.hp1 NA18983.hp2 NA19000.hp1 NA19000.hp2 NA19002.hp2 NA19004.hp2 NA19005.hp1 NA19030.hp2 NA19240.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0002 a0001c0001 a0001c0002	a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 others(16): Show a0001c0001t0001 a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0005 a0001c0001t0009 a0001c0001t0010 a0001c0001t0011 a0001c0001t0014 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0024 a0001c0001t0029 a0001c0001t0031 a0001c0001t0033 a0001c0001t0036 a0001c0001t0039 a0001c0001t0044 a0001c0002t0017	a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 others(44): Show a0001c0001t0001g0015 a0001c0001t0001g0028 a0001c0001t0001g0029 a0001c0001t0001g0046 a0001c0001t0001g0108 a0001c0001t0001g0117 a0001c0001t0001g0123 a0001c0001t0001g0179 a0001c0001t0001g0184 a0001c0001t0001g0202 a0001c0001t0001g0207 a0001c0001t0001g0212 a0001c0001t0001g0217 a0001c0001t0001g0218 a0001c0001t0002g0133 a0001c0001t0002g0141 a0001c0001t0002g0169 a0001c0001t0002g0197 a0001c0001t0002g0214 a0001c0001t0002g0219 a0001c0001t0002g0222 a0001c0001t0003g0049 a0001c0001t0003g0140 a0001c0001t0004g0065 a0001c0001t0004g0083 a0001c0001t0005g0125 a0001c0001t0009g0025 a0001c0001t0009g0163 a0001c0001t0009g0180 a0001c0001t0010g0007 a0001c0001t0010g0012 a0001c0001t0010g0032 a0001c0001t0010g0035 a0001c0001t0011g0138 a0001c0001t0014g0059 a0001c0001t0016g0066 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0024g0170 a0001c0001t0029g0122 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0033g0164 a0001c0001t0036g0178 a0001c0001t0039g0009 a0001c0001t0044g0090 a0001c0002t0017g0005	47	234	0.2009	1	c.99 others(12): Show c.9908_*9909insT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	2977	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205331	C C	CTT CTT	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01361.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp2 others(7): Show HG01361.hp2 HG01884.hp1 HG02055.hp2 HG02451.hp2 HG02738.hp1 HG02895.hp2 HG03098.hp1 HG03195.hp2 NA20300.hp2 homoSapiens_chm13v2.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 others(3): Show a0001c0001t0002 a0001c0001t0003 a0001c0001t0004 a0001c0001t0008 a0001c0001t0009 a0001c0001t0016	a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0004g0092 others(7): Show a0001c0001t0002g0055 a0001c0001t0003g0056 a0001c0001t0004g0092 a0001c0001t0008g0011 a0001c0001t0008g0082 a0001c0001t0008g0102 a0001c0001t0008g0232 a0001c0001t0009g0081 a0001c0001t0009g0144 a0001c0001t0016g0147	10	234	0.0427	2	c.99 others(13): Show c.9908_*9909insTT	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	2977	chr15	TogoVar
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ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205415	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG02572.hp1 HG02572.hp1	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0004 a0001c0001t0004	a0001c0001t0004g0065 a0001c0001t0004g0065	1	234	0.0043	0	c.99 others(5): Show c.9992C>T	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3060	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205454	C C	T T	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	NA18522.hp2 NA18906.hp2 NA18522.hp2 NA18906.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0010 a0001c0001t0010	a0001c0001t0010g0032 a0001c0001t0010g0035 a0001c0001t0010g0032 a0001c0001t0010g0035	2	234	0.0086	0	c.10 others(6): Show c.10031C>T	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3099	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205532	A A	G G	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02630.hp2 others(4): Show HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03139.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 a0001c0001t0031 others(1): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0018 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032	a0001c0001t0013g0096 a0001c0001t0013g0152 a0001c0001t0013g0154 others(4): Show a0001c0001t0013g0096 a0001c0001t0013g0152 a0001c0001t0013g0154 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0032g0034	7	234	0.0299	0	c.10 others(6): Show c.10109A>G	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3177	chr15	TogoVar
ABHD2_chr15_89083456_89207355	89205586	G G	A A	downstream_gene_variant downstream_gene_variant	MODIFIER	HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02258.hp2 others(8): Show HG01243.hp1 HG02109.hp2 HG02258.hp2 HG02615.hp1 HG02630.hp2 HG02717.hp2 HG02723.hp1 HG02976.hp1 HG03041.hp2 HG03098.hp1 HG03139.hp2	a0001 a0001	a0001c0001 a0001c0001	a0001c0001t0013 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 others(3): Show a0001c0001t0013 a0001c0001t0016 a0001c0001t0018 a0001c0001t0031 a0001c0001t0032 a0001c0001t0044	a0001c0001t0013g0096 a0001c0001t0013g0152 a0001c0001t0013g0154 others(8): Show a0001c0001t0013g0096 a0001c0001t0013g0152 a0001c0001t0013g0154 a0001c0001t0016g0066 a0001c0001t0016g0080 a0001c0001t0016g0147 a0001c0001t0018g0033 a0001c0001t0018g0036 a0001c0001t0031g0229 a0001c0001t0032g0034 a0001c0001t0044g0090	11	234	0.0470	0	c.10 others(6): Show c.10163G>A	ABHD2	ENSG00000140526.18	transcript	ENST00000352732.10	protein_coding	3231	chr15	TogoVar
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