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Regionname

e.g. ALDH2_chr12_111761933_111822532, HBB_chr11_5220464_5232071.

Chr

Chromosome name (e.g., chr11).

Snpeff genename

Exact SnpEff gene name.

Sampleids

Target sampleid (e.g. HG02615).

Snpeff haplotype class

Haplotype-annotation class (e.g., ahapid, ahapid+chapid).

Snpeff annotation impact

Exact impact level (e.g., HIGH, MODERATE, LOW).

Snpeff annotation impact detail

Keyword match in SnpEff annotation.

Hapid

One or more haplotype IDs (comma-separated; e.g., a0001, a01, a0001c0001, a01c02, a1c2, a0001c0001t0005, a0001c0001t0005g0018).

Samplehapid

Sample haplotype IDs to include (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

No_hapid

Haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., a0001, a0002, a0001c0001, a0001c0001t0005, a1, a01).

No_samplehapid

Sample haplotype IDs to exclude (comma-separated; e.g., HG02257.hp1, HG02615.hp2, HG00673.hp2).

Start

Start position (GRCh38).

End

End position (GRCh38).

Minac

Minimum alternate allele count (≥).

Maxac

Maximum alternate allele count (≤).

Minlen

Minimum variant length (≥).

Maxlen

Maximum variant length (≤).

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ADD2_chr2_70651784_70773200	70658893	C C	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00140.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 others(31): Show HG00140.hp1 HG01069.hp2 HG01071.hp1 HG01192.hp2 HG01243.hp2 HG01256.hp1 HG01256.hp2 HG01258.hp2 HG01358.hp2 HG01516.hp1 HG01517.hp2 HG01943.hp2 HG01952.hp1 HG01975.hp1 HG02258.hp1 HG02273.hp1 HG02451.hp2 HG02486.hp1 HG02486.hp2 HG02647.hp2 HG02809.hp2 HG02970.hp1 HG02976.hp2 HG03017.hp2 HG03195.hp2 HG03471.hp1 HG03540.hp1 HG03540.hp2 HG03579.hp2 HG03927.hp1 HG03942.hp1 NA18522.hp2 NA19043.hp1 NA19240.hp1	a0001 a0003 a0001 a0003	a0001c0001 a0003c0004 a0001c0001 a0003c0004	a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 others(13): Show a0001c0001t0007 a0001c0001t0017 a0001c0001t0018 a0001c0001t0030 a0001c0001t0034 a0001c0001t0036 a0001c0001t0038 a0001c0001t0039 a0001c0001t0044 a0001c0001t0053 a0001c0001t0055 a0001c0001t0058 a0001c0001t0059 a0001c0001t0061 a0001c0001t0081 a0003c0004t0016	a0001c0001t0007g0050 a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0007g0083 others(30): Show a0001c0001t0007g0050 a0001c0001t0007g0081 a0001c0001t0007g0083 a0001c0001t0007g0084 a0001c0001t0007g0085 a0001c0001t0007g0087 a0001c0001t0007g0088 a0001c0001t0007g0091 a0001c0001t0007g0092 a0001c0001t0007g0094 a0001c0001t0007g0138 a0001c0001t0017g0161 a0001c0001t0017g0171 a0001c0001t0017g0173 a0001c0001t0018g0005 a0001c0001t0018g0150 a0001c0001t0030g0102 a0001c0001t0030g0103 a0001c0001t0034g0237 a0001c0001t0034g0256 a0001c0001t0036g0007 a0001c0001t0038g0116 a0001c0001t0039g0118 a0001c0001t0044g0113 a0001c0001t0053g0120 a0001c0001t0055g0049 a0001c0001t0058g0101 a0001c0001t0059g0059 a0001c0001t0061g0051 a0001c0001t0081g0267 a0003c0004t0016g0063 a0003c0004t0016g0064 a0003c0004t0016g0078	34	302	0.1126	0	c.45 others(5): Show c.4532G>A	ADD2	ENSG00000075340.23	transcript	ENST00000264436.9	protein_coding	16/16	4532	chr2	TogoVar
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ADD2_chr2_70651784_70773200	70659145	TA TA	T T	3_prime_UTR_variant 3_prime_UTR_variant	MODIFIER	HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 others(118): Show HG00280.hp1 HG00323.hp1 HG00323.hp2 HG00408.hp2 HG00558.hp2 HG00609.hp2 HG00621.hp1 HG00639.hp1 HG00639.hp2 HG00642.hp1 HG00735.hp1 HG00741.hp1 HG00741.hp2 HG01069.hp1 HG01071.hp2 HG01074.hp1 HG01081.hp1 HG01081.hp2 HG01169.hp2 HG01192.hp1 HG01255.hp2 HG01261.hp1 HG01433.hp2 HG01496.hp1 HG01496.hp2 HG01515.hp1 HG01515.hp2 HG01516.hp2 HG01517.hp1 HG01884.hp1 HG01884.hp2 HG01943.hp1 HG01975.hp2 HG01978.hp2 HG01981.hp2 HG02040.hp2 HG02056.hp1 HG02071.hp1 HG02071.hp2 HG02155.hp2 HG02273.hp2 HG02293.hp1 HG02300.hp1 HG02523.hp1 HG02572.hp1 HG02602.hp2 HG02615.hp1 HG02615.hp2 HG02647.hp1 HG02698.hp1 HG02698.hp2 HG02735.hp1 HG02809.hp1 HG02886.hp1 HG02886.hp2 HG02895.hp1 HG02897.hp2 HG02970.hp2 HG03017.hp1 HG03209.hp1 HG03209.hp2 HG03225.hp2 HG03453.hp1 HG03471.hp2 HG03486.hp2 HG03491.hp1 HG03491.hp2 HG03492.hp1 HG03492.hp2 HG03579.hp1 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